也就在這一年，傅斯年夫人俞大綵懷有身孕，孩子尚未出生，就預先起了個傅仁軌的名字。按傅氏家族的輩分，自傅斯年以下皆以“樂”字相排，如一直跟隨傅斯年讀書、工作的傅樂成、傅樂煥、傅樂淑等同族兄妹，即沿用其例。傅斯年為自己的孩子命名而打破常規，並非諸如“破四舊，立四新”式的故弄玄虛或標新立異，而是另有深刻的寓意。據羅家倫回憶：“說到聰明的孩子仁軌的命名，確有一件可紀念的事，有一天孟真對我說，我的太太快要生孩子了，若生的是一個男孩，我要叫他做仁軌。我一時腦筋轉不過來，問他說，為什麼？他說，你枉費學曆史，你忘了中國第一個能在朝鮮對日本兵打殲滅戰的，就是唐朝的劉仁軌嗎？從這種史跡上，預先為兒子命名，他內心所蘊藏的是多麼強烈的國家民族意識。”[30]傅斯年認為，中國之抗戰須從每一個有良知有骨氣的人做起，政府與統治集團和無數的既得利益者醉生夢死，使廣大民眾失望絕望，但人民自身可望到別處，“淺看來是絕望，深看來是大有希望。這希望不在天國，不在未來，而在我們的一身之內”。[31]同時又清醒地意識到“中國人之力量，在三四萬萬農民的潛在力，而不在大城市的統治者及領袖。中國的命運，在死裏求生，不在貪生而就死”，“三千年的曆史告訴我們，中華民族是滅不了的，而且沒有今日天造地昧這形勢，民族是複興不來的”。[32]傅氏對民族抗戰與複興力量的認知，確是高瞻遠矚又細察分毫，準確地參透了中國的病根，把住了勝敗的命脈，惜當時大多數黨國大員與自譽為高等華人者，甚至包括最高領袖蔣介石在內，都沒有真正認識到內中的玄機奧妙，或已有意識但又從心理上不予承認並加深隔閡。倒是處於弱小地位的共產黨較早地參破了這一玄機並加以利用，日後國共交鋒的勝負與不同的命運歸宿，也因此而注定——這是傅斯年的過人之處，也是他傾全力維護的國民黨政府的一個悲劇。
1943年年初，傅斯年的侄子（傅斯嚴之子、傅樂成之弟）傅樂德欲報名參軍，傅斯年表示支持，不久，傅樂德隨青年遠征軍赴印度北部戰場與日軍作戰。得此消息，傅斯年特別去信勉勵道：“你這次從軍，實在是好事。此時青年總當以愛國第一，立起誌氣來，做於國家有益的事。我們這一輩的，太多自暴自棄，或者懶惰無能，把這樣的局麵交給你們一輩的手中，實在慚愧！隻盼中國在你們這一代的手中，成一個近代化的安樂國家。”[33]作為一個對國家民族具有深切使命感的長輩，在自謙的同時，字裏行間透露著對這個侄子及新一代中國青年熱切的期待。
1944年夏秋，日軍為實現“一號作戰計劃”圍困湘中重鎮衡陽。
在異常酷烈的戰事中，國民黨精銳方先覺第十軍全軍覆沒，其他戰場的國軍也連連喪師失地。消息傳到李莊，傅斯年心情異常沉重，在泥牆土屋的孤燈下，他展紙研墨，為9歲的兒子傅仁軌書南宋著名愛國將領文天祥《正氣歌》《衣帶讚》諸詩，並題跋曰：“其日習數行，期以成誦，今所不解，稍長必求其解。念茲在茲，做人之道，發軌於是，立基於是。若不能看破生死，則必為生死所困，所以異於禽獸者幾希矣。”[34]
當年文天祥被俘就義前，曾在衣帶中藏有詩文，被後人稱為《衣帶讚》，其中有“讀聖賢書，所學何事”兩句，傅斯年經常借以自勉自勵。而《衣帶讚》開篇即說“孔曰成仁，孟曰取義”，即孔子所說的“殺身以成仁”，孟子所言“舍生以取義”兩句。傅在題跋中所書“（人之）所以異於禽獸者幾希”則是孟子的名句。可見此時的傅斯年對於孔孟兩位大賢立身為人之道信守不渝，雖名為幼小的兒子題書，實乃麵對嚴酷的現實，借古喻今，抒發自己對古代仁人誌士的崇敬之情，以及為維護民族大義保持個人節操不惜以身殉道的精神氣概。