當學生們報名應征入伍，即將離開西南聯大時，在歡送會上，聞一多要求學生日後不要成為騎在人民頭上耀武揚威的軍閥與官僚老爺，而要積極參與改造這支舊軍隊，使之成為具有國際水準的現代化軍隊和國家依仗的真正棟梁等。遺憾的是，聞氏隻是一廂情願，曆史告訴世人的是，不但這些年輕學子未能改變這支舊式軍隊的模式，自己的鮮活生命與滿腔熱情連同那美麗的夢想，也一同被這支軍隊有形無形的巨輪碾得粉碎，由此演化成為一個時代的悲劇。
麵對風起雲湧的國際國內局勢，作為西南聯大實際主持工作的梅貽琦，極其清醒、沉著地駕馭了政局。從聯大保存下來的材料看，在幾次征召入伍的鼓噪聲中，梅貽琦從來沒有主動要求教師或研究生棄學從軍，整個西南聯大的從軍者，大都是本科以下學曆的青年學生。
即使在這類學生中，梅貽琦亦盡可能地保留下一批最有希望的讀書種子，使人文特別是科學知識結構不至於出現斷層或後繼無人，如理科方麵的楊振寧、黃昆、唐敖慶、郝詒純等一批經過嚴格篩選的優秀學子，均被妥善地保存於清華研究生院中。而李政道、鄧稼先等稍年輕的學術苗子，也無一例外地被保留了下來。這一大批學人日後為中華民族振興以及世界人類科學的進步做出了傑出貢獻。
當然，若有教師與研究生主動請求從軍，梅貽琦亦不加阻攔，任其自便，他自己的一兒一女就先後從聯大應征入伍。女兒梅祖彤加入國際救護組織，為抗戰效力。梅貽琦的獨子，當時就讀於西南聯大水利工程係二年級的梅祖彥，於1943年11月決定棄學從軍。梅貽琦認為當時國家形勢動蕩，能在大學讀書，機會難得，希望兒子把學業完成再做決定，報效國家的機會以後還有很多。但兒子去意已決，梅未阻攔。當時許多人認為，梅祖彥入伍之後會投奔他的姨父——國民黨名將衛立煌擔任總司令的滇西遠征軍任職，並依靠衛的關係得到照顧和升遷。梅祖彥卻出人意料地投奔了並沒有人際關係的空軍部隊當了一名普通的翻譯員，直到戰爭結束一年後的9月，譯員工作結束，才遵照美國軍方的安排到美國馬薩諸塞州伍斯特理工學院複學，插入機械係二年級繼續學業。
與西南聯大略有不同的是，地處川南長江上遊李莊的同濟大學，則對此次青年從軍保持高漲的熱情。據後來赴台灣的同濟學生王奐若回憶：“當年重慶市及四川、雲、貴各地中學生知識青年投筆從戎者風起雲湧，熱潮所至，如江水之奔騰，不可遏止。位於四川宜賓李莊的同濟同學紛紛響應，於紀念周會上舉行從軍簽名儀式時，鼓聲頻傳，個個摩拳擦掌，怒發衝冠，熱血沸騰。同濟同學當時簽名者達六百餘人之多，約占全校三分之一人數，為全國院校從軍人數之冠（未簽名者多因體弱多病受師長勸阻）。當年，留在同濟的德人教授看到這種陣勢，都感動得熱淚盈眶，伸出大拇指叫好，並高呼‘中國不會亡！’（Republic China ist nicht gestorben）‘中國一定強！’（Republic China muss sich starcken）”[28]
除學生外，同濟大學報名者還有幾位青年教師，其中一位剛從德國回歸的工學博士楊寶琳教授也踴躍加入了報名隊伍，當時的《中央日報》《掃蕩報》等主流媒體，都進行了大篇幅的報道宣傳，在全國引起了不小的轟動。
就在同濟大學報名參軍掀起熱潮之際，正在重慶辦理公務的傅斯年匆匆趕回李莊召集會議，動員史語所青年研究人員報名參軍。在傅斯年看來，國難臨頭，樹立國民的健全人格，守土抗戰乃整個民族最為急迫的責任和使命。遙想1935年，日本策動“華北特殊化”。時任冀察政務委員的蕭振瀛招待北平教育界名人，企圖勸說就範。出席招待會的傅斯年聞言拍案而起，當即斥責蕭氏賣國求榮，表示堅決反對，誓死不屈。據當年參與此事的陶希聖回憶說：“孟真在蕭振瀛的招待會上，悲憤的壯烈的反對華北特殊化，這一號召，震動了北平的教育界，發起了‘一二·九’運動。北京大學同人在激昂慷慨的氣氛中，開了大會，共同宣誓不南遷，不屈服；隻要在北平一天，仍然作二十年的打算，堅持到最後一分鍾。”[29]自此，整個北平的混沌空氣為之一變。