不久，黃萬裏在校內報紙《新清華》上，以小說的形式發表了《花叢小語》。
文章批評北京新修的道路反漿，公共汽車停駛，要是在美國，市長早幹不成了，等等。又從“文人多無骨”延伸到當年黃河三門峽工程的論證。其中一段說，“你看章×原來有他自己一套治理黃河的意見，等到三門峽計劃一出來，他立刻敏捷地放棄己見，大大歌頌一番。並且附和著說‘聖人出而黃河清’從此下流河治”雲雲。
很快，清華校方把黃氏“大作”《小語》上報毛澤東，毛看後隨即加上“什麼話”按語在6月19日的《人民日報》上刊出。同時，毛澤東還針對黃的文章說：“有這麼一些中國人，說美國一切都好，月亮也比中國的圓。”（曾昭奮《江河萬裏》，載《清華園隨筆》，清華大學出版社2004年出版。以下引文同）黃的文章立即成了反黨、反蘇、反社會主義的“鐵證”，黃萬裏被打成“右派”，下放農場接受勞動改造。後來黃萬裏曾對人說：“我的右派帽子是毛主席‘欽定’的，逃也逃不了。”
當1937年黃萬裏從美國學成歸來時，途經橫濱暫泊，偶遇在日本學醫的丁玉雋小姐，二人一見鍾情，同船歸國後即在廬山舉行了婚禮。丁玉雋的父親乃國民黨元老丁惟汾，第一次國共合作時期，丁任工人部長、秘書外常委、國民黨中央執行委員會常委、青年部長等職，毛澤東任宣傳部代理部長，二人同為黨國大員，且頗為友善。而黃炎培則是教育界名宿，國共合作時期亦擔任政府要職，因而黃、丁二位名門子女的廬山之戀，曾轟動一時，給世人留下了難以忘懷的印象。
事隔22年之後的1959年，毛澤東在廬山與彭德懷展開政治決戰，他在批彭時有“你彭德懷和黃萬裏一樣腦後長著一塊反骨”等語。
由於毛主席的這一“反骨”結論，黃萬裏在“右派”前又加了一個“大”字，成了罪大惡極的“大右派”，帽子一戴就是22年半，直到1980年2月26日，才獲得了“右派改正的決定”，成為清華大學最後一個摘帽的右派分子。
1957年4月13日，黃河三門峽水利樞紐工程正式開工。張光鬥因為讚成修壩成了三門峽工程的中方技術負責人。一時間，河南與陝西兩省熱鬧起來。同月，西安農業展覽館緊跟形勢，舉辦了“三門峽工程圖片資料展”。在門口最顯赫位置的一塊展板上，書有“聖人出，黃河清”六個金光閃閃的大字。其時簡化字剛推行不久，許多人不認識被簡化了的“聖”字（正體為“聖”），圍觀者交頭接耳小聲議論，忽見當地人送外號“二杆子”的中年漢子高聲朗讀曰：“怪人出，黃河清。”
話音剛落，“二杆子”就被現場的保衛人員三拳兩腳掀翻在地，五花大綁押入公安機關，而後以現行反革命分子罪名打入深牢關了起來。鑒於這一“怪人出”的政治事件，展覽館的領導者怕惹火燒身，很快就取掉了上寫六個大字的展板。
展板是取掉了，但那位不知名的“二杆子”高聲呼喊的話，像是一句讖語，昭示著未來的不祥。不但黃河沒有變清，反倒是滾滾泥沙淤塞了三門峽大壩，回水倒灌涇渭河，淹了富庶的八百裏秦川。千古民族宿願，又一次在混濁的黃水裏化為泡影。