這件事被人告發後，朝廷派刑部官員前往查審。結果，已經病故的莊廷鑨被開棺戮屍梟首，他的父親、弟弟被斬首。凡是與這本書有關係的人都受到了株連，寫序、校閱、刻字、印刷、書賈等人全被處死，甚至買書、藏書的人也難逃厄運。原禮部侍郎李令晰曾為這部書寫過序言，自己連同四個兒子皆被殺。吳炎、潘檉章二人對明史很有研究，被列入校閱者的名單，因而被處死。杭州將軍鬆魁因事先未稟報，被削去官職，他的幕客程維藩被吹頭，代他去死。歸安、烏程兩縣學官被加上“查辦不力，有意包庇”的罪名，也掉了腦袋。湖州知府譚希閔到任剛半個月，案件就發生了。倉促間因抓不到莊家的人，以“隱匿”罪處以絞刑。號稱盛世的康熙王朝“明史案”共殺害了七十多條人命，這是一次有意識的小題大作，其目的是給懷有反清思想的漢族知識分子一個暴力的威脅。清代鉗製人們思想的精神牢獄——文字獄開始構建了。
戴名世《南山集》案。康熙五十年（1711）十月，清廷都察院左都禦史趙申喬向皇帝奏了一本，參劾當朝名士、現任翰林院編修戴名世，“妄竊文名，恃才放蕩。前為諸生時，私刻文集，肆口遊談，倒置是非，語多狂悖”。康熙閱疏後批曰：“這所參事情，該部嚴察，審明具奏”。刑部在戴名世十年前刊印的一本叫《南山集偶鈔》的書中查出，《與餘生書》文內錄寫南明三王年號，並將南明政權與偏居川中的蜀漢，退守崖州的南宋相提並論；《與弟子倪生書》文內提到清朝開端應是康熙元年，順治不得為正統等等，“悖逆”之言，隨處可見。康熙驚怒，刑部遂以“大逆”定罪，擬將戴名世淩遲處死，其三代以內男性直係親屬年十六歲以上者具擬立斬，十五歲以下者及母女妻妾姐妹媳等發邊或給功臣家為奴，為《南山集》作序的名士汪灝、方苞等處以絞刑，但後來從寬免罪。又因《與餘生書》中提及順治朝弘文院侍讀學士孝標《滇黔紀聞》內載永曆年號，牽連方氏宗族，一並問罪。此案牽連入獄者三百餘眾，朝野震動！這幾乎又是一樁與康熙初年莊氏“明史案”相抵的文字大獄。
查嗣庭試題案。雍正四年（1726），查嗣庭擔任江西省的考官。他出了一道考題，叫做“維民所止”，這本是《詩經·商頌》雖的一句話，可是有人卻向雍正報告說：“維”“止”二字正是“雍正”二字去頭，這不是要砍去皇帝的頭嗎？結果查嗣庭在獄中被迫害致死，還被戮屍梟首，他的兒子被處斬，弟弟、侄兒被流放三千裏。
呂留良、曾靜案。雍正年間最大的一次文字獄是呂留良、曾靜之獄。呂留良是浙江人，是明末著名的理學家，明亡後他始終不和清廷合作。後來因為拒絕參加博學鴻詞科考試，幹脆削發為僧，在和尚廟裏著書立說。他主張皇帝和臣子的關係，不能同父子一樣，而應當以義為重，反對君尊臣卑的風氣。他還主張把驅逐異族統治者、恢複漢人的天下看作是比君臣之義更重要的道德原則。呂留良死於康熙二十二年。湖南生員曾靜是呂的思想的崇拜者，他同呂的學生嚴鴻逵經常來往，試圖把反清的思想變為反清的行動。當時川陝總督嶽鍾琪，傳說是嶽飛的後代。曾靜派門生張熙帶了密信去遊說嶽鍾琪，和他們共謀舉事，推翻清朝。嶽鍾琪不僅不同情他們的反清義舉，反而向皇帝告發了他們。結果，當時已經死去的呂留良和他的兒子呂葆中、學生嚴鴻逵被剖棺戮屍。呂的另一個兒子呂毅中、嚴鴻逵的學生沈在寬被砍頭，子孫遣戍，婦女為奴。曾經為呂留戶建祠刻書和私藏呂的著作的人，一律論死。但是，雍正卻留下了曾靜和張熙，令他們寫出表示悔改的供狀，連同雍正親自寫的諭旨，合刊成《大義覺迷錄》，發到全國各府、州、縣及遠鄉僻壤，要求做到家喻戶曉，肅清反清思想。雍正還利用這個案件，大肆追查“政治謠言”，目的在於打擊與雍正爭權的諸王的勢力。但是曾靜、張熙二人雖表現悔改，也難逃厄運，雍正帝一死，他們就在乾隆即位的當年被淩遲處死了。既樹反旗，投降何益！