明清兩朝已進入了封建社會的後期，這時階級矛盾和社會矛盾都到了極其尖銳的程度，作為國家機器之一的監獄更加發展和殘酷。明代的廠衛監獄和清代的文字獄是這一時期監獄的獨特形式。
明朝的廠衛，是由宦官和侍衛組成的特務機構。廠，指的是東廠、西廠、內行廠，是由宦官組成的特務機關，其中西廠和內行廠存在的時間不長，隻有東廠設於朱棣朝永樂十八年（1420），直到明亡為止，前後二百二十餘年。衛，指的是錦衣衛，是皇帝的禁衛軍“上十二衛”之一，成立於明太祖朱元璋洪武十五年（1382），到明終為止，前後共約二百六十年。不難看出，明代的特務政治、廠衛製度的根源，正是皇權極端強化的結果。
廠衛不僅有權偵察、逮捕犯人，還設置有刑訊、拘押犯人的監獄。廠由宦官頭太監主持，太監可以參加三法司會審。依舊製，三法司五年一次大審錄。但是坐在三尺之壇中間的不是最高司法官，而是司禮太監。三法司的首腦隻能坐在左右，唯唯諾諾，按司禮太監的命令行事。案件的出入輕重全看太監的意圖而定，三法司一點兒也不敢違抗。這是因為天下官員的升遷削奪，全部取決於太監。文武百官要在朝中站住腳，就都必須交結宦官。就連極富政治才幹的張居正，也是靠千方百計籠絡交結宦官，才排擠了政敵，獲取了內閣首輔大學士的地位。他拜謁太監馮保，所投的帖子自稱“晚生”。凡是不依附宦官的大臣便遭到排擠，凡是上奏折揭露宦官的人，必然受到陷害。
廠衛特務可以任意私設刑堂，對人拷打逼供，叫做“打樁”，向被害人威嚇敲詐錢財，叫做“幹醡酒”，還有一種叫做“搬罾兒”，對人的毆打“痛楚十倍官刑”，並逼著被害者牽連富庶的人家，由富家出繳錢財方無事；如不交，或交不足，就捏報皇帝，使其下詔獄，多“立死矣”。太監尚明掌領東廠時，“聞京師有富室，輒以事羅織，得重賄乃已”。廠衛特務在刑訊時使用了大量的法外酷刑，種類之多不勝枚舉。如剝皮、刷洗（把犯人身上澆上開水，用鐵刷刷去皮肉）、梟令（以鉤子鉤背，把犯人懸掛起來）、稱竿（把人綁在竹竿頭上，另一頭懸石頭稱之）、抽腸、割舌、斷手、剁指、刺心、肢解、斷脊、腐刑等等酷刑。明神宗萬曆年間，劉瑾時創大枷重至一百五十斤，負者“不數日輒死”。劉瑾還創立枷，“重三百餘斤，犯者立死”。
錦衣衛下設十七所，南北兩個鎮撫司。其中北鎮撫司專理“錦衣獄”，又稱“詔獄”，指的是不經過法司，直接由皇帝下詔審理的案子，並設有專門的獄所。曆史上漢唐兩朝都曾設過“詔獄”，但時間都不長，隻有明代的詔獄曆時最久，也最陰森殘酷。錦衣衛掌領詔獄要受宦官監視的，司禮太監往往是廠、衛兼領，一身而二任焉，並在錦衣衛中安插自己的黨羽。