自從被載灃罷免後，袁世凱便蟄伏彰德，垂釣洹上，靜觀時局，伺機複出。而為他暗地裏運作此事者正是徐世昌，他實乃袁安插於清廷內的線人。1911年5月8日，清廷頒布內閣官製，徐被授為協理大臣，該職務相當於今天的國務院副總理，地位僅次於總理大臣奕勖。按理說，換了別人，受此殊榮早就感激涕零，入朝謝恩了。徐則不然，他在日記中寫道：“蒙恩授為內閣協理大臣，時艱任重，擬具疏懇辭。”第二天，他便上折請朝廷收回成命，並同另一位協理大臣那桐一道上書請起用袁世凱。對此舉動，明眼人一看便洞悉個中緣由，如載濤便認為“徐世昌本是袁一手提拔的私黨”，此舉是欲逼迫載灃召回袁世凱。不過徐的過人之處在於，即使被人懷疑，卻不留下一絲與袁來往的痕跡。載灃雖心中不悅，也奈何不了徐世昌，隻得退回他的請辭奏折，命其留任。
不過袁世凱又豈是池中之物，終有卷土重來的一天。武昌首義爆發後，舉國響應，清廷頓時方寸大亂。徐與袁心中早有默契，聽聞風聲有變，立即活躍起來，他聯合奕勖、那桐，四處散播“收拾殘局，非袁不可”的論調。載灃出於無奈，隻得授袁為內閣總理大臣，讓他主持大局。孰知袁世凱奉詔後，卻故意徘徊觀望，以“步履維艱”為借口遲遲不上任。這可急壞了徐世昌，他趕忙微服出京，赴彰德勸袁出山（一說是朝廷命徐世昌到彰德請袁複出）。此事在其日記中隻字未提，可見極為隱秘。
看見徐老哥趕來，袁心知時機已到，遂接受任命，獨攬大權。而徐世昌這邊，則繼續充當“內鬼”。可笑的是，清皇室居然依舊蒙在鼓裏，先是破例賞賜徐世昌人值用膳之特權，後又授予他太子太保之殊榮，大有托孤之意。孰料徐並非妙手神醫，實為催命郎中。正是他忙前忙後，打通關節，袁世凱逼清室退位的計劃才得以進展順利。甚至在溥儀的退位詔書上，徐也做了手腳。詔書末尾有這麼一句：“袁世凱前經資政院選舉為總理大臣，當茲新舊代謝之際，宜有南北統一之方，即由袁世凱以全權組織臨時共和政府，與民軍協商統一辦法，總期人民安堵，海宇義安，仍合滿漢蒙回藏五族完全領土，為一大中華民國。予與皇帝得以遠處寬閑，優遊歲月，長受國民之遊禮，親見郅治之告成，豈不懿歟！”
據《三水梁燕孫先生年譜》雲：
此詔實為有清一代之最後結束。原文係由南中將稿電來，該稿乃張季直手筆，後經袁左右增加授彼全權一筆而發表，其插入諸語，於後發生不少影響，亦言民國掌故者所宜知也。又末三語為天津某巨公所擬，末一語尤為所稱道，蓋分際輕重，恰到好處，欲易以他語，實至不易也。
環顧袁氏左右，籍貫天津且號稱“巨公”者，似不過嚴修與徐世昌二人。嚴修雖與袁為至交，但其“公私分明，貞不絕俗，所謂束身自愛，抱道循義者，庶幾近之”，堪稱一代完人。故袁世凱對嚴實尊而不親，非能與之共商大事。徐世昌則不然，他與袁患難之交，禍福與共，且身為太子太保，徐自然得以對退位詔書事先寓目，並有權提出增改意見。偷偷加入一句“私貨”，絕非難事。通覽此句，徐意在強調袁之政權乃取之於清廷，並非得之於民軍。萬一革命黨人中途反悔，不兌現讓袁世凱出任民國臨時大總統的承諾，那麼這詔書即為其食言之明證。也就意味著如果真到了那一步，袁世凱就可以“名正言順”撇開革命黨，單獨組織新政府。徐世昌實在是老謀深算，棋高一著1
1912年2月12日，清帝退位，宣布共和。麵對這一曠古巨變，徐世昌在日記中僅淡淡的留下這麼一筆：“今日奉旨宣布共和政體，組織臨時政府。”
清廷在他心中之分量，可想而知。
或許不少人還在納悶：身為堂堂的大清相國，榮華富貴、權名錢色皆已緊握在手，徐世昌何苦要助袁世凱搞垮清廷呢？此舉於己於人有何益處？若是真的詳加權衡，恐怕民初的徐世昌較之清末，似乎失去的更多。這當如何解釋？對此民國掌故名家費行簡的剖析堪稱精到：
世昌，官僚也，其不欲改帝製為共和，情也；以蹤逖小臣數年即躋宰輔，其不欲清室之亡，亦情也。而清室之亡，不亡於他人，實亡於其總角論交、同膺顯貴之袁世凱，以清較袁，覺袁為親，於是不得不割其向清之心以向袁。且世昌固知袁最深者也，以其跋扈貪恣，斷斷無實行共和的思想，特藉之為假麵目以酬其代清之宿願，事成則麵具脫而共和取消矣。是臨時之假共和於官僚黨亦無所害，以是二者，故清室之亡，帝製之終，世昌皆不甚措意，唯壹誌以助袁氏之成功……袁氏攫得此席，其願饜，而徐氏之願亦饜。
兄弟義氣大過天，幫袁世凱就是幫自己，這便是徐世昌的行事邏輯！
四
待到江山易手、袁氏當國之際，徐世昌這位功勳卓著的幕後臥底卻沒有走向台前，與老弟一同享受勝利果實，而是獨自遠赴青島，儼然以清室遺老自居。當然，徐氏此舉多有掩人耳目之意，以消弭世人對他助袁篡權行徑之懷疑。實際上，在泡海澡、吹海風、賞海景、嚐海鮮之餘，徐無時不忘出山一事。一次，徐已故好友賀濤之子賀葆真前來拜見，曾提及出山一事。賀問：“此時公可在政界有所施為？”徐答曰：“現在政界諸公方事競爭，內容甚亂，宜少避之。”賀又問：“國事方棘，我公正宜有所盡力。今新進之士多無經驗，國事將誰屬乎？”話至此處，徐世昌借故轉移話題，避而不談。可見徐雖自稱遺民，但仍對權力充滿渴望。1914年，徐終於耐不住寂寞，就任袁政府的國務卿。
雖然深知袁世凱並不真心傾服共和，但一向自信對老弟知根知底的徐世昌，競未發覺袁心懷稱帝之意。1915年底，當得知袁世凱意欲複辟時，徐曾力勸他打消此念頭。孰料這位老弟充耳不聞，一意孤行，徐隻得辭去國務卿一職，暫隱田園。1916年1月26日，徐世昌在日記中寫下這樣一段話，很耐人玩味：“世界上有三種有誌之人：一為有誌仙佛之人，一為有誌聖賢之人，一為有誌帝王之人。求為仙佛之人多則國弱，求為聖賢之人多則國治，求為帝王之人多則國亂，世之操治化教育之權者盍審諸。”
想必此刻徐之內心當是萬流奔湧，又恨又怕。恨的是袁世凱不聽勸告，帝製自為；怕的是小老弟眾叛親離，不導善終。畢竟當初是自己甘作推手，親手把袁世凱一步步送到了這萬丈深淵的邊緣。
孰料一語竟成讖。6月6日，當袁世凱於驚恐鬱憤中撒手人寰的消息傳來，徐寫道：“數十年老友一旦怛化，為之痛哭！”
大概此時徐世昌的腸子都悔青了吧？嗚呼！早知如此，又何必當初呢？