日航母艦隊遭受首次挫敗
美軍開始回收返航的飛機，並自認已贏得了這次戰鬥的勝利，因為兩艘航空母艦均未受到致命的損傷。
受傷的“列克星敦號”的巡航速度始終沒有降低，一直以一定的航速與艦隊保持相對位置。與此相反，日本航空母艦“翔鶴號”已經喪失戰鬥能力，“瑞鶴號”無法容納全部飛機，隻好把許多飛機拋進了大海。
此時，日軍原忠一將軍能用於作戰的飛機僅有9架，而盟軍菲奇將軍尚有37架攻擊機和12架戰鬥機可以作戰。
戰爭的這架天平開始向美軍一邊傾斜了，美軍隻要乘勝追擊，就有可能徹底贏得這次戰鬥。誰知，這時出現了一個出人意料的轉折，就在美軍艦繼續向北疾駛，準備下午再發動一次致命的攻擊時，“列克星敦號”突然在12時47分發生了一次爆炸，這是發電機爆出的火花進到從破裂油管裏漏出的汽油上引起的。
這到底又是誰之錯呢？原來，是艦長的錯誤指令導致了這一結局。
當時，由於該艦看來不會造成多大危險，“列克星敦號”繼續收容飛機，並且不斷地給戰鬥機加油。但艦上的10多個汽油倉已遭到嚴重破壞，汽油流了一地。
而第一次爆炸的氣浪衝開了堅固的鋼製水密門和艙口蓋，水線以下幾層甲板全部被打通，極易揮發的汽油蒸汽通過破口自由流竄，遇火即燃，烈火越燒越旺，隨後爆炸不斷發生，強度不斷增大，軍艦上烈焰熊熊。
不久，濃煙竄進艦上醫院，幾百名傷員被迫轉移到寬敞的艦長住艙。兩小時後，由於火勢蔓延，傷員又撤到前部飛行甲板上，最後從這裏轉移到一艘驅逐艦上。
不久主電纜被燒毀，電動舵失靈，控製軍艦運動的唯一辦法隻有使用手操舵輪。
“列克星敦號”起初還能保持編隊隊形，不久就開始左右擺頭，失去控製，對周圍艦隻構成威脅，隻好離開編隊。
對自己心愛的航母沒有失去最後希望的艦上人員還在黑暗中頑強滅火，企圖拯救這艘損壞嚴重、隻有航行能力的艦隻，可是又一次猛烈的爆炸毀掉了鍋爐艙和機艙的通風係統，堅守崗位的人開始神誌模糊，艦上火勢實在難以控製，隻好呼救。
一時間艦上火光衝天，艦體劇烈震動，不久，螺旋槳停止轉動，威風一時的航空母艦，像一條死魚漂浮在水麵，隨波逐流。
加之存放在機械車間裏的20顆454公斤炸彈和48枚魚雷，隨時都可能發生毀滅性的爆炸，最後艦長隻得下達了棄艦命令，全體船員奉命離艦。