當天傍晚，尼米茲向所屬部隊廣播了一篇文告：隨著停止對日本采取敵對行動，全體軍官在對待日本人和發表與日本人有關的公開言論時，應舉止莊嚴，講究禮貌。日本人仍然是背信棄義地襲擊太平洋艦隊發動戰爭的民族，他們對我們被俘的軍人弟兄進行拷打，不給吃飽並加以屠殺。但是，對日本民族與個人，冠以侮辱性的稱號，則與美國海軍軍官身份不相稱。太平洋艦隊的軍官應采取措施，要求下屬所有人員以高標準認真看待，妥善處理。既不過於親近，也不許虐待和辱罵。廣播電台宣布，杜魯門總統任命麥克阿瑟將軍為盟軍最高司令，指示他負責安排和主持日本投降儀式，並在以後占領日本。"好，果然如此！"尼米茲將軍嘟嚷著，顯然有些惱怒。他並不是想去指揮部隊占領日本，而是想回美國擔任海軍作戰部長。他反感的是，海軍在對日戰爭中出生入死，身負重任，而到了勝利時刻，卻讓一位陸軍將領走到幕前站在中央，摘取果實。麥克阿瑟成為舉世矚目的人物一事給人的印象是：主要是他的部隊把日本打敗的。
海軍部長提出一項建議以挽回海軍的麵子，即如投降儀式由陸軍軍官主持，則儀式應在一艘海軍軍艦上舉行。他進一步建議，把那艘用杜魯門家鄉的州名，由他女兒瑪格麗特命名的"密蘇裏"號戰列艦用來舉行投降儀式。福雷斯特爾還從國務卿處贏得一項協議：如麥克阿瑟代表盟軍在投降書上簽字，尼米茲將代表美國簽字。
哈爾西將軍得知他的旗艦將成為這一曆史事件簽字的地方感到十分高興。他向海軍軍官學校博物館發電，請求把1853年馬休·卡爾布雷思·佩裏準將進入東京灣時掛過的美國國旗借給他。該校同意他的請求，並派專人把旗送來。哈爾西把這麵國旗高高地掛在艦首，俯視著即將簽署投降書的露天甲板。
麥克阿瑟將軍把日本官員召到馬尼拉，向他們下達有關迎接占領軍的訓令。由薩瑟蘭代表麥克阿瑟將軍，弗雷斯特·謝爾曼代表尼米茲將軍接見。在日本代表團的要求下，占領軍開往日本的日期推遲到8月28日，以便使日本軍方的頑固派有時間冷靜下來，認清負隅頑抗是毫無益處的。
尼米茲將軍邀請謝爾曼將軍、一位陸軍高級軍官、一位海軍陸戰隊高級軍官和一位陸軍航空兵高級軍官陪同他去參加投降儀式，他還計劃帶他的總管拉馬爾中校、他的通信官（負責安排五星上將的特殊通訊聯係）以及萊頓上校同去。他告訴萊頓，他帶他去是因為他多次沒有批準他離開太平洋艦隊參謀部去海上工作的要求，用它來作為補償。
萊頓向尼米茲建議，如果他打算在日本上岸，最好把他最優秀的陸戰隊警衛員一塊帶去。
"這是怎麼回事？"尼米茲說，"你不會打槍？"
"我會，"萊頓答道，"而且，我認為要是發生日本人向你襲擊的險情，我比你的陸戰隊警衛員更能及早察覺。我可以同日本人講地道的日本話，你的陸戰隊員卻不行。"
"那好，"將軍說："我們到射擊靶場去看看你的槍法。"
他們朝靶子射了一陣以後，尼米茲說："很好。"並且立即任命萊頓為私人翻譯和隨身警衛。
第一批美國占領軍按計劃於8月28日在橫須賀附近的厚木機場著陸。29日，第3艦隊的部分艦隻，包括"密蘇裏"號、"南達科達"號，以及英國海軍弗雷澤將軍的旗艦"約克公爵"號駛抵東京灣，下錨停泊。那天下午4點剛過，尼米茲乘水上飛機到達東京灣，把將旗升在"南達科達"號上。幾乎同時，哈爾西將軍來見，提出了一個問題。他聽說東京地區戰俘營中許多戰俘生病並受到非人道的待遇。麥克阿瑟將軍曾指示，在陸軍未作好準備之前，不得接回戰俘。但哈爾西已派出一支包括醫療艦"福利"號的特混大隊開到東京，奉命作好登陸和援救的準備。
"就這樣辦，"尼米茲說，"麥克阿瑟將軍會理解的。"哈爾西於是下達了命令，午夜時分有將近800名俘虜被放了出來。
30日，空運第11師在厚木著陸，師的軍樂隊在麥克阿瑟將軍的專機當天下午2點19分降落時，奏樂致敬。麥克阿瑟將軍銜著他著名的玉米芯煙鬥走下舷梯，同幾小時前到達厚木的第8集團軍司令羅伯特·L·埃切爾伯格將軍握手。麥克阿瑟笑著說："鮑勃，總算如願以償了。"
那天早上10點，第3艦隊開始登陸。美國海軍陸戰隊進駐橫須賀航空基地，美國海軍進駐橫須賀海軍基地。上午10點半，日本海軍中將戶塚道足正式向哈爾西將軍的代表卡尼將軍移交橫須賀基地的設施。第3艦隊和登陸部隊的司令部都設在這裏，哈爾西的將旗在駐地上空升起。
哈爾西將軍同尼米茲將軍上岸主持美國國旗升旗儀式。萊頓上校肩挎一支零點四五英寸口徑手槍，緊跟著尼米茲。尼米茲看見哈爾西的四星將旗在基地上飄揚，立即命令把它降下來，並提醒哈爾西有比他高的軍官在場時，在岸上升自己的將旗是不合適的。