馬士英低下腦袋歎了口氣說：“誰想到扶持一個破皇帝那麼沒用，隻顧享樂，昏庸無能；誰想到大明王朝這麼快就土崩瓦解，我還想著能維持幾十年，到時告老還鄉；誰想到王爺英明神武，平定北方，南征各省如此之神速。”
李斌知道最後一句是拍馬屁，也不揭穿便說：“馬大人也是進士出身，滿腹經綸，為何不知大明如何丟掉江山的？還不是你們這些奸臣、閹黨所致，到了南明為何不整頓朝綱，勵精圖治，以圖恢複江山，反而為一已之私，貪圖富貴，爭權奪利，偏安江左，丟了江山不說更丟了性命，你們這是何苦呢？”
“唉、王爺教訓的是，隻是身在其中不辯是非，追逐名利世人皆如此，我乃一凡夫俗子，聖賢之書沒有貫通，考取進士全憑寫的一手八股文，實在慚愧。”
在東林黨、複社等人強烈要求下，李斌把馬士英交給他們處理，結果真的在街市口被斬首。要求捉拿阮大铖，到處布滿緝拿的布告。因為阮大铖曾寫書誣東林黨為蝗、複社為喃，皆為害蟲。
東林黨領袖薑曰廣、劉宗周、高宏圖、張槙言等人麵見李斌，要求複職。明末晚期李斌印象最深的是顧炎武、黃宗羲、王夫之三大思想家。王夫之在衡陽便問他們：“顧炎武、黃宗羲何在？”
劉宗周是黃宗羲的老師便說：“顧炎武在杭州，黃宗羲被馬士英陷害在南京獄中。”
劉宗周也是晚明一代大家，萬曆時考中進士，崇禎年間任工部侍郎、左都禦史曾三次被罷官。有記載：崇禎急於求治，他說要治心；崇禎要求才望之士，他說操守第一；崇禎問退敵弭寇之術，他說仁義之本。
李斌立即派人釋放黃宗羲，尋找顧炎武。對劉宗周說：“如今東林、複社高朋滿座，且不黨爭、派係又起，先生有何良言止於弭？”
“王爺所言極是，應下令言所不實者革職，取消各黨派、團體、社團。”
“前者倒是一個辦法，後者不妥，然各位以文會友，以畫齊集，還能抓捕之？不過從今往後不另設朝廷，南京隻設府衙，管理江蘇一省之地，你們如有意可到京城為官，我可以寫封推薦信。先生你可到徽州做知府。”
這時黃宗羲被帶到。曆史稱其經學家、思想家、地理學家、天文曆算家、教育家。亦有“中國思想啟蒙之父”的美譽。尤其在稅收改革上，曆朝曆代農民負擔在下降一段時間後，又漲到比改革前更高的水平。黃宗羲稱之為“積累莫返之害”，稱為“黃宗羲定律”。溫家寶總理在記者招待會上曾提到此定律。
政治思想上在《明夷待訪錄》中，抨擊了“家天下”的專製君主製度，傳遞了“民主”精神，在當時環境下難得可貴。認為“天下之治亂，不在一姓之興亡，而在萬民之憂樂。”有學者認為他的思想接近現代民主思想，在民權理論上超越了歐洲的盧梭。
李斌曾記的他有句名言就說：“黃先生受苦了，先生是否說過：‘情者，可以貫金而動鬼神’之話。”