趙高能饒馮劫、馮去疾，斷不會放過李斯。因為李斯領班朝中二十餘載，黨羽眾多，是他誅秦道路上的一大障礙，不將其置於死地，便無法進行下一步計劃。
“丞相大人先不要慌張，這裏有人舉報汝與李由與反賊私通書信，汝可知曉！”趙高從案上拿出一卷竹簡，試探李斯。
李斯身為丞相，老奸巨滑，他一眼便識破了趙高的伎倆，倨傲的說：“郎中令說老夫的兒子通敵，可否將此書信交給老夫驗看？”
趙高早知道李斯會來這手，他這麼做的目的無非是為了摧殘李斯做個鋪墊而矣，趙高一拍案，喝道：“卷宗機密，豈容汝看？來人，把李斯拖下去，重責一百。”
李斯大罵：“趙高，汝個閹物，分明假公濟私，報複老夫。”
李斯一世聰明，此時卻犯個糊塗事，趙高身為郎中令，執掌朝廷內務，左右之人盡是宦官，他罵趙高閹物，那些太監聽了當然極是刺耳，把李斯拖下，重重的抽了他一百鞭子，把李斯抽得僅剩下一口氣，幾乎死去。
李斯怕死，在獄中給秦二世上書，曆數自己功勞，請求秦二世饒己一命。獄卒將李斯書信呈與趙高，趙高把李斯書信焚掉，對呈信人說：“囚徒豈可上書？”然後繼續對李斯用刑，每日鞭笞，李斯受刑不過，隻得承認自己夥同兒子謀反通敵。
但是李斯心中並沒有絕望，他猜想自己貴為大秦朝丞相，為大秦朝建立下了汗馬功勞，秦二世不會讓他稀裏糊塗的死去，至少二世在處決他前，會另派使者詢問他，那時他再翻供，趙高的陰謀便會大白於天下。因此李斯在心中暗暗蓄積力量，等待著那一日的到來。
李斯想到的趙高也想到了，為了防止李斯有朝一日翻供，趙高派出自己的親信，今日冒充禦史，明日扮成謁者，後日再扮成侍中，對李斯進行輪番轟炸，李斯隻要一翻供，這些人便會對李斯進行一番毒打。最後把李斯打怕了，打糊塗了，等二世派出真正的使者前來詢問時，李斯怕再遭毒打，便依著以前的供詞“如實”供述自己的“罪行”。二世拿著使者遞給他的供狀，高興的說：“若沒有郎中令的提示，朕幾乎被李斯父子出賣矣！”
公元前208年7月，一個陽光明媚的日子，李斯被黥麵、刖足之後，拖出監獄，和他的家人一起被押往鹹陽街市。街市兩側，盡是前來看熱鬧的鹹陽百姓，目睹人群中有拄著拐杖的刑徒和頭戴方巾的儒生，李斯想到了他幫助秦始皇製定的那些嚴苛的法律以及他焚書坑儒的大作，但是他沒有悔恨，他甚至在想，他雖然即將死去，可他的思想還留在了人間。
李斯的小兒子李田過來與父決別，李斯看著小兒子滿是憂傷恐懼的臉，對兒子說：“吾欲與汝攜犬出上蔡東門，至田中獵殺野兔，尚能為乎？”言畢大哭，李家老少盡放悲聲。
趙高一聲令下，李斯三族盡被腰斬於市。一代政治家、法家文化的代表人、書法大師、文學家走完了他毀譽參半的一生，留給後人的隻是一聲沉重的歎息。