1940年8月，不列顛保衛戰開始。愛德華·默羅在廣播中生動地向美國人報道，每夜的猛烈空襲把倫敦人都趕進了地鐵。摩根建富公司對戰爭有所準備，修了空襲隱蔽室和能出入街道及樓梯的防毒氣通道。雖然大溫徹斯特街沒有直接挨炸，但方圓一平方英裏的倫敦金融城卻遭到狂轟濫炸。離摩根建富公司不遠的那條窄巷子對麵的荷蘭教堂被炸毀，一枚埋在瓦礫堆裏的傘投炸彈爆炸，把摩根合夥人房間的牆壁鑲板炸毀，並炸飛了幾扇門。附近木匠會堂的大火被及時撲滅，救了大溫徹斯特街23號。後來，一枚V——1飛彈落在老布洛德大街上，那是喬治·皮博迪和朱尼厄斯·摩根曾經工作過的地方。每次倫敦遭空襲後，哈羅德·尼科爾森都要給查爾斯·林德伯格寄一張言語刻薄的明信片，上寫："你還認為我們會屈服嗎？"16英國的孩子們開始從倫敦疏散，摩根財團自豪地履行著自己的職責。沒有什麼事業比英國的戰事更能讓傑克·摩根熱血沸騰了。他臉色憂鬱、疲憊不堪地趕到西十四街的碼頭，等候著近400名英國兒童乘坐的兩艘海輪的到來。在那兒他迎接了11歲的普裏姆羅斯勳爵和比斯特勳爵的兩個11歲的孫子，以及隨行的女家庭教師和保姆。他們和金融城史密斯家族的其他三位後代在戰時都住在馬蒂尼科克角，成為他的客人。查爾斯·漢布羅曾和哈裏·摩根戰時一起在紐約住過一段時間，然後在1943年匆匆趕回英國參加伊頓的板球隊。他回憶說："傑克·摩根住在維多利亞式的豪華別墅，全副武裝的保鏢到處都是。隻有普裏姆羅斯勳爵獨自陪著這位老人。"17J.P.摩根財團還為英國提供更多的保管服務，它的貴重物品保管庫收到英國政府的劃船比賽獎品和兩本古登堡版《聖經》。
傑克包租喬治·惠特尼的舊船漫遊者號，將自己的海盜四號轉交給英國服役。他捐獻了許多室內裝飾品，從藍色的掛毯、藤椅，到在金貝爾舉辦"給英國的包裹"的義賣。哈裏·摩根把他的格魯門水上飛機賣給加拿大政府用於海岸巡邏。在法國淪陷後，到華爾街23號來訪的一位英國人表示他對未來憂心忡忡。"下一個該輪到我們了，"他告訴傑克，"德國人將對我們發動閃電戰，很難頂得住。"傑克充滿激情地說："我的好朋友，你根本用不著垂頭喪氣。我告訴你，英國決不會投降的，決不會，決不會！"18他有新的理由運用他豐富的想象力，勾畫出追擊德國人的圖景。襲擊倫敦以後溜走時，年輕的納粹飛行員把所有多餘的炸彈都扔到了沃爾霍爾。10月份的一次爆炸把這幢房子的窗子都炸掉了。為了保險起見，傑克收藏的所有銀器都轉移到儲藏梵蒂岡金條的大溫徹斯特街23號的地下室。
隨著一些合夥人進入政府部門，摩根建富公司的人員有所減少，這是該銀行在外交時代的活動合乎邏輯的最終成果。它已經有點像英格蘭銀行、財政部和外交部的分支機構。20年代曾在撒哈拉沙漠南部探險，並贏得皇家地理學會獎章的弗朗西斯·羅德被派往非洲，而威利·希爾——伍德戰時主要在華盛頓作為英國的保密檢查員。比斯特勳爵和西比爾女士把他們在牛津郡的圖斯莫爾房產也被改成有50個床位的療養院。那時其他英國鄉間宅邸也都改為營房或軍隊醫院。
蒙塔古·諾曼舉薦給湯姆·卡托一個新的、不付薪水的職位，做財政大臣金斯利·伍德的金融顧問。卡托個子矮小，精明強幹，是一個出身貧寒但有尊嚴的蘇格蘭人。他從1928年起就是摩根建富的合夥人。在此之前，他曾經掌管摩根在倫敦和紐約的合夥人擁有的安德魯·尤爾公司的一家很大的印度商業銀行。因為同維維安·史密斯在中東和俄國做過幾筆生意，他具備締造偉業的企業家所應有的海外、全球的關係。他和約翰·梅納德·凱恩斯的辦公室被安排在財政大臣辦公室的兩邊：凱恩斯代表著獨立的、理論上的觀點，卡托代表實際的、銀行界的觀點。他倆很快被人戲稱為"卡托和隱身人"。比斯特勳爵不禁竊喜，向華爾街23號報告說，卡托正大量拋棄隱身人的許多不切實際的想法。蒙塔古·諾曼更願意同卡托打交道，他將接替他作為行長，使摩根建富公司與英格蘭銀行的神妙關係長存不休。