東林書院是明末影響最大特點最為突出的書院據《無錫金匱縣誌》載：“東林書院亦名龜山書院，在城東南隅,宋楊文靖(時)講學於此,後即其地為書院”“萬曆三十二年，顧憲成及弟允成始構成之。憲成歿，高攀龍、葉茂才相繼主其事，榜其門曰東林書院”，“當憲成、攀龍講學時，……遠近名賢，同聲相應，天下學者，鹹以東林為歸”。可知東林書院名聲之大。東林書院的重要特點是積極參與當時的政治活動，致力於諷議朝政，裁量人物。為此，它的名聲大振；但它也由此而遭到統治者的禁毀《明史·顧憲成傳》說:“其講習之餘,往往諷議朝政,裁量人物。朝士慕其風者,多遙相應和，由是東林名大著，而忌者亦多”。明末曾四毀書院：第一次是嘉靖十六年(1537)禦史遊居敬上疏,指斥湛若水“倡其邪學，廣收無賴，私創書院”。第二次是嘉靖十七年(1538)吏部尚書許讚以“官學不修，別起書院，耗財擾民”為借口,“申毀天下書院”第三次是萬曆七年(1579)張居正為了整頓吏治、整頓教育,遂以書院多無實學,且“科斂民財”為理由，封閉全國書院。第四次就是天啟五年(1625)魏忠賢“拆毀天下書院，首及東林”。四毀書院的根本原因都是封建統治者加強思想控製的一項政治措施。
東林書院
──明代影響最大的書院
清初統治者鑒於明末書院“群聚黨徒”、“搖撼朝廷”的教訓，極力對書院采取抑製政策。直到雍正十一年(1733)才允許在政府嚴密控製下創建書院。清朝書院數量甚大，但除少數仍保留著書院講學的傳統外，多數同官學無大差別。清朝末年，隨著封建製度的日漸瓦解，書院也江河日下雖有人采取多種變應措施力加挽救,終於收效甚微光緒二十七年(1901)諭令各省所有書院,於省城均改設大學堂，各府廳直隸州均改設中學堂，各州縣均改設小學堂。
書院在中國曆史上存在了近千年，唐宋期間以私人創辦、私人講學為主，元明時官方加強了控製，到了清代完全官學化，這是書院發展的總趨勢。書院在其長期的發展過程中，積累了許多寶貴的經驗，是中國古代教育史上的一份珍貴遺產，值得認真加以總結。 第一,書院的組織機構比較精幹,一般隻設山長（或稱洞主、主洞）總理其事，規模較大的書院增設副山長、助教、講書等協助山長工作。書院的主持人多數是書院的主講，脫離講學的管理人員很少。
第二,書院是教學機關,同時又是學術研究機構書院的主持人或講學者多為當時的著名學者，甚至是某一學派的代表人物。每個書院往往就是某一學派教學和研究的中心或基地。教學活動和學術研究緊密結合、相互促進，相得益彰。 第三，書院允許不同學派共同講學，重視學術的交流和論辯。特別是南宋以後書院盛行“講會”製度，成為書院的重要教學形式,不僅師生共同參加學術爭辯,而且常與地方上的學術活動緊密結合，使書院成為一個地區的教育和學術活動的中心。
第四，書院講學實行“門戶開放”，一個學者可以在幾個書院講學，聽講者也不限於本院生徒，常有慕名師而遠道前來者，書院熱情接待，並提供各種方便。 第五，書院比較重視生徒自學，提倡獨立研討，課程也較靈活，允許各人有所側重，發揮專長。一般都以自修、讀書為主，輔以教師指導，質疑問難。成績考核多重平時表現，不僅視其學業，尤重人品與氣節的修養。
第六，書院內師生關係比較融洽，師生感情相當深厚。主講書院的名師學識淵博，品德過人，並且獻身教席，熱心育人，深受學生愛戴。學生是慕名師而來，能夠虛心求教，立誌成人，尊重教師。因此，中國教育史上尊師愛生的優良傳統在書院教學中體現得十分突出。
第七，書院的經費多以自籌為主，有較大的自主權，常常組織師生共同管理或監督各項開支。經費重點用於教學和學術活動,其他雜項費用所占比重甚低。