（７）藥王院。藥王院主要研究少林寺的傳統醫術，藥王院首座是全寺最精通醫道的高僧， 他的職能是為受傷的少林弟子治療。
（８）舍利院。舍利院是超度圓寂高僧亡魂的地方。凡是寺中有道高僧，死後都將進入舍利 院火化，然後將其骨灰藏於寺後塔林之中。舍利院弟子還兼負全寺的清掃等勤雜事務，因此 院中弟子大都武功低微。舍利院隻有一種武功，那就是“鐵帚功”。正因為舍利院不傳武功 ，所以院中弟子隻能靠到各院幹活時看見的一些招式來自己練習。所以一旦有天資和悟性極 高的弟子，往往武功能夠自僻蹊徑。
（９）藏經閣。藏經閣擁有全寺所有的武學秘笈和佛學經典。藏經閣弟子的主要職能是在閣 外看守經樓。每日隻有一次機會進入藏經閣，那就是做日常的清潔和書籍整理工作。藏經閣 弟子武功不高，但大多是寺裏輕功出類拔萃的弟子。又由於能每日接觸浩如煙海的武學書籍 ，因此隻有天資極高的弟子能夠自習成材。藏經閣首座是寺裏資格最老的僧人，並且不會武 功，這就決定了藏經閣是不傳武功的。但是舍利院和藏經閣卻往往是寺中隱藏高手的地方。
（１０）達摩院。進入達摩院是寺中武僧的最高榮譽。達摩院隻有八個席位，集中了全寺武 功最高的八位大師，主要研究本派最精奧的武學。武功中最主要的是劍法和指法。因劍法是 道家武學，故少林寺的劍法隻有一種，即“達摩劍法”。少林弟子一般是不學劍法的，隻有 福緣很高的俗家弟子能學得前三十六式劍法，再有就是進入達摩院的高僧能學全所有八十一 式劍法。指法是屬於最深奧的武功，隻有進入達摩院深造才能在指法上有所成就。達摩院目 前主修全寺最厲害的“拈花指”、“無相劫指”、“多羅葉指”和“一指禪功”。達摩院首 座修習的內功是“心意氣混元功”，又稱“少陽神功”，是少林寺除“降龍伏象功”外最高 深的內功。達摩院首座成為下一代少林方丈的可能性最大。
以上是一些有具體職能的院堂部室，另外寺裏的建築還有：
（１）解行精舍：這是招待到少林寺作客的武林同仁的地方。
（２）達摩亭：是二祖慧可等候達摩回來至大雪沒膝的地方，故又叫立雪亭。
（３）初祖庵：每年達摩祖師誕辰之日，全寺高僧都要到此祭掃。
（４）白衣殿：內有十三棍僧救唐王壁畫和多項武功圖譜，是少林高僧練習武功的地方。一般弟子不能隨意進入。
（５）大雄寶殿：是方丈召集全寺僧眾舉行重大活動的地方，如佛誕日等。殿外有暮鼓晨鍾和報事鍾。
（６）菜園子：由於少林寺吃齋，以素食為主，因此自僻菜園由少林雜事弟子耕種。一般菜園弟子都是些資質愚笨和不成器的弟子。
（７）棍房：這是少林寺存放棍棒刀槍等兵器的地方。
（８）禪房：是寺裏為數最多的建築，主要供僧眾坐禪和休息。
（９）齋堂：即膳房，是供全寺弟子吃喝的地方。
（１０）塔林：這是安放少林曆代高僧骨灰的所在。塔林素來莊嚴肅穆，每日由舍利院弟子精心打掃。
（１１）達摩麵壁洞：是少林高僧犯了重大過失而被罰至洞中麵壁的地方。少林戒律中最重的刑罰是廢去武功並逐出寺門，次重的懲罰便是在達摩麵壁洞麵壁思過終生。少林曆史上大概隻有海若大師曾被罰在洞中麵壁直至抱病身亡。