錦衣衛另一項著名的職能就是“執掌廷杖”。廷杖製度始自明朝，是皇帝用來教訓不聽話的士大夫的一項酷刑。一旦哪位倒黴官員觸怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反綁雙手，押至行刑地點午門。在那裏，司禮監掌印太監和錦衣衛指揮使一左一右早已嚴陣以待。受刑者裹在一個大布裏，隨著一聲“打”字，棍棒就如雨點般落在他的大腿和屁股上。行刑者為錦衣衛校尉，他們都受過嚴格訓練，技藝純熟，能夠準確根據司禮太監和錦衣衛指揮使的暗示地掌握受刑人的生死。如果這兩人兩腳象八字形張開，表示可留杖下人一條活命；反之，如果腳尖向內靠攏，則杖下人就隻有死路一條了。杖完之後，還要提起裹著受刑人布的四角，抬起後再重重摔下，此時布中人就算不死，也去了半條命。廷杖之刑對士大夫的肉體和心靈都是極大的損害，但明朝的皇帝卻樂此不疲，錦衣衛將校對它也是情有獨鍾。
縱觀有明一朝的錦衣衛，盡管也出過袁彬、牟斌這樣比較正直的指揮使，但總的來說，其職能主要還是為明朝的極端專製製度充當幫凶。有了錦衣衛這樣高效率的工具，明朝的皇帝壓製起士大夫階層、下層民眾就顯得更加得心應手，但為此付出的代價卻是社會活力的極大降低，這也是為什麼明朝雖有200多年曆史，但在政治製度、經濟製度上卻無所進展甚至還有所倒退的主要原因。
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朱元璋設立錦衣衛
1382年5月29日（明講武十五年四月十六日），朱元津設置錦衣衛。它原是護衛皇宮的親軍，掌管皇帝出人儀仗。明太祖加強專製統治，使錦衣衛的權力擴大，兼管刑獄、偵察、緝捕盜賊奸黨、監視文武百官。最高長官為指揮使，常由功臣、外戚充任，設同知、企事等官職，其下有官校，專司偵察。鋼衣衛所屬之鎖撫司分南北兩部，北鎮撫司專及詔獄，直接取旨行事，用刑尤為酷烈。錦衣衛屠殺文武大臣，鎮壓各地人民，羅織大獄，捕人甚眾。 到明成祖朱棣統治時期，錦衣衛的特務性質進一步加強。 1420年又設東廠。 1477年明憲宗更設西廠。明武宗又增設內行廠，統稱廠衛製度，開創了中國特務製度的先河。
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