（二）製定科學的評價機製，將監管落到實處
上級科技主管部門應建立科學的科研項目評價機製，強化對成果鑒定與績效評價的“雙重評價”，既要高質量的科研成果，又要高效益地使用經費，把對經費使用效益的評價與違規問責放在更重要的位置上，從上層製度建設上對經費管理提出更高、更明確的要求。
高校自身應重新梳理內部管理製度，堅持項目管理與經費管理“兩手抓”、“兩手硬”的原則，進一步完善管理製度及工作流程，細化管理環節，在保證科研人員進行自主科學研究的同時，適度弱化其對經費的獨立支配權。項目的實施方案、工作進度、支出需求、預算編製、預期成果等均應由科技、財務部門全程參與，共同製定，不斷強化科技、財務部門對科研經費使用的過程管理。同時，引入內部審計強化對項目經費的評價，加大對違規使用經費的整治力度，真正將學校的科研經費與教育事業經費納入同一標準管理，用一套行之有效的內控監管製度和環環相扣的管理流程，確保合法、高效地使用科研經費。
（三）探索經費預算的動態監管體係，強化預算的統領作用
科學研究是對未知領域的探索與創新，研究的過程與結果都存在著很大的不確定性，這一特性要求科研預算應隨著研究的不斷深入而進行動態調整。所以，項目立項評審時的預算審核應留存調整空間。預算執行中，在課題總預算不變的前提下，主管部門應適度下放預算調整審批權限，避免冗長的審批程序，讓高校承擔起預算調整的管理責任，允許高校在一定比例內自主審核調整預算。高校要加強過程控製，與課題負責人共同提出合法充分的預算調整意見，在校內報批後實施。動態的科研預算管理將會使預算的統領作用得到更有效的發揮，既能為課題組的科學研究解除支出需求的後顧之憂，也能為財務部門的支出監管提供有力的依據，並能保持預、決算的口徑一致，為決算審計和績效評價提供可靠的數據支撐。
（四）強化決算審計效能，用審計結論支撐項目結項驗收
無論是內部審計還是外部審計，隻有審計過程到位、方法有效、措施得力、經費使用過程的不規範行為不被掩蓋，所出具的審計報告才更客觀全麵、具有效力，對經費使用的過程追溯功能和違規的責任追究功能才能得到有效發揮，對被審單位才有約束力。上級科技主管部門應高度重視審計功能，首先要加強對中介機構審計過程的考核，確保審計報告的質量；其次，應將審計結論作為項目驗收的前提條件，對審計報告提出的不合規情況責令項目單位立即整改，否則不予驗收，對嚴重違規行為進行責任追究。高校管理層也應充分發揮內部審計的積極作用，將項目結項前的內審工作常態化，提前對經費使用情況進行自查自糾，發現問題及時整改，自覺維護學校聲譽，保護科研人員，用合規的審計結論支撐科研項目結項驗收工作。
總之，科學管理科研經費需要上級科技主管部門、高校管理層和廣大科研工作者共同努力，以科教興國的大政方針為綱，用高度的責任感和使命感，積極探索更為科學有效的經費管理機製和評價體係，全方位地保證課題負責人合理申報項目，規範使用科研經費，專注科學研究，提升成果水平，確保高校科研事業健康、協調、可持續發展。
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