（二）預算編製不精細，使經費管理缺少依據
高校申報的科研項目能否獲批，存在著很大的不確定性，所以，高校在編製年度事業經費總預算時無法將科研經費收支納入總預算進行統一管理，科研經費預算自成一體，在項目獲批且經費下達時，財務部門才能從項目申報書中獲悉。而立項申請時的經費預算編製大多直接由項目負責人完成，基本上是憑經驗估算或簡單按比例模糊申報，沒有明細而科學的定性分析。主管部門下達預算時也往往是在原申報數基礎上進行簡單調減，導致預算缺項、漏項情況普遍存在，實際支出時與預算偏差較大，無法發揮預算的統領作用，造成了支出的隨意性，失去了預算控製的剛性約束。
（三）重結項輕審計，使經費管理缺少責任
科學的項目結題驗收應該包括對科研成果的論證和對資金使用合法性的評價兩大部分。但目前科技主管部門驗收時更注重研究成果的分量，所召開的“項目驗收會”、“成果論證鑒定會”主要以邀請本研究領域的專家學者圍繞科研成果的前沿性、創新性等進行評定，少有對資金使用情況進行深入分析。有些項目雖然已引入審計程序，開展了“績效評價”，但審計機構投入的人力、精力十分有限，對被審項目的實施過程和具體情況的了解更是少之又少，主要以課題負責人提供的決算書等會計資料為基礎進行簡單的數據分析，發現預決算有較大偏差時往往提請課題負責人進行賬表調整或加以簡單的情況說明。如此簡化的審計過程很難保證審計報告的質量，經費使用過程中的違法違規行為很少被提及並寫入審計報告，相關責任追究更是鮮有提及。實際上主管部門對審計結論的重視程度也有待提高，更多的是走程序，很少聽到某個項目因驗收審計有異議而不被驗收結項，使審計監督流於形式。弱化的科研經費績效評價製度和問責製度也一定程度弱化了高校科研工作者對經費管理的責任意識和法律意識。
三、完善科研管理機製的對策
（一）強化經費管理的法律意識和誠信意識，營造良好的管理環境
科學管理科研經費，事關國家科教興國的大政方針，是崇敬科研精神的佐證，也是高校提高社會聲譽、學術地位和人才培養質量的重要舉措。科研經費不應成為高校內部管理的“窪地”，更不能成為科研工作者的“自留地”。依法科學管理經費，杜絕科研腐敗，強化科研精神，才是保證高校科研工作長期、健康、可持續發展的基石。
首先，從教育主管部門到高校管理層應弱化科研經費總量在高校評價體係中的指揮棒效應，應將科技成果的質量和水平作為首選考量指標，不應“大躍進”式地追求經費量的飆升，避免因片麵追求經費數量而放鬆經費管理，為科研經費管理營造良好的監管環境。
其次，高校應加大對科研製度的宣傳力度，並注重對科研領域違規事件的反麵訓誡，讓廣大科研人員深刻認識到管理製度的嚴肅性和違規的嚴重後果，強化誠信意識和法律意識，為經費管理營造良好的自我約束環境。
高校財務人員也應不斷加強職業技能學習，強化責任意識，堅持會計職業操守，勇於與經費管理中的各種不正之風作鬥爭，將科研經費使用中的不規範行為拒之門外。