南京城被攻破本來是件好事情，但李仙聽了這個消息後卻大為生氣，甚至當麵指責王九玄擅自用兵，打破了混元宗和三元觀多年來一直共同進退的默契。
至於天地會和北方門派等，心情複雜，態度曖昧，卻都不想卷入雙方之間的爭執去。
李仙倒不是不想打南京，而是想利用南京吸引來清廷和異人殿的更多兵力，然後一鼓而下，為之後的進一步北伐奠定基礎的。
而且，混元宗之前招募了五萬新兵，對新兵的培訓剛好到關鍵時期，因此想著到1848年春天才去進攻南京的，沒想到一不留神就讓三元觀和太平軍拔得頭籌，將最富有的江南城市拿走。
三元觀事後倒多方解釋，說己方隻是因勢利導，並沒有甩開混元宗單幹的意圖，但隻看三元觀在此次戰鬥中投入的大量兵力和物資，就知道這是三元觀準備了很長時間的戰鬥，絕不是什麼臨時發揮。
不過，事已至此，混元宗上下群情激奮也沒什麼大用，還得按照當前的新局麵調整整體戰略。
南京陷落不久後，混元宗就派遣海軍進入長江，對殘餘的清廷長江水師給予毀滅性打擊，一下子就奪得在長江的製江權。
這還不夠，混元宗趁著三元觀和太平軍在南京分贓不均，正在爭吵的當口快速出兵，將與之不遠的鎮江和揚州等地都打了下來。
鎮江也還罷了，揚州可也是著名的打成，光是城內人口就有六十多萬，混元宗這一戰就收獲了一千五六百萬元的財物，雖然比不上打南京的收獲，但也不無少補。
另一方麵，三元觀和魔教在南京也有了五六千萬元的收獲，但之後為了多占這些財物，差點都互相動刀子。
最後，還是華夏盟大量門派的幹預，特別是甚至派三萬軍隊到南京城下，美其名曰為盟友們助威，這種情況下雙方才沒打起來，都悻悻然住手，想辦法商討出相對合理的分配方案來。
這一幕，自然被混元宗上下譏笑不已，後來還多次拿出來嘲笑這兩個門派。
之後，三元觀和魔教都想拿下南京作為自己的根據地，隻是又都不願意跟對方分享，甚至為此爆發先天之戰，與這兩個門派交好的多名先天高手以比武切磋的名義出手，暗中較勁。
最後，三元觀考慮到自家也有強大的海軍，就算拿不到南京，在漫長海岸線上隨便找到一個足夠大的城市占領也不是什麼難事，才同意將南京城讓給魔教做根據地，但也讓魔教拿出足足五百萬兩銀子，作為買斷南京城的費用。
清廷的禦用文人們拿這事情大肆炒作，說造反者們內部糾紛重重，就是朝廷不打過去，也有可能自己火並，認為叛軍就算一時強盛，覆滅也是早晚的事情。
之後，華夏軍出兵重新攻占蘇州，三元觀則占領蘇州和南京之間的常州，擺出共同對抗清廷的架勢。
這樣一來，清廷最擔憂的事情發生了，西邊的太平軍和東邊的華夏軍在南京城下實現事實上的彙合，幾乎切斷了長江以南地區對北方的聯絡，在江南各地的清廷部隊，就隻剩下被各個擊破的份了。