到了此時，就是那些懂海戰的都知道繼續打下去的意義不大，反而催促手下提高船速，大難臨頭就不管別人了，自己能跑出去就算燒高香了。
華夏軍的軍艦雖然體量大，但風帆設置合理，海軍士兵訓練程度又遠在清軍之上，船隻航行速度其實還在福州水師船隻之上。
更何況，從澎湖列島附近到閩江流域，其實是好幾個小時的海路，華夏軍從福州水師的後方和側翼不斷發起攻擊，並不急於擴大戰果，隻是將福州水師船隻從外層到內層，層層打沉或打傷，竟把福州水師打得欲仙欲死，甚至敢於反擊的都沒有幾個。
趁著這個時候，速度較快的幾艘青鳥級蒸汽船從後方到側翼，再到前方，不斷進行機動，對逃逸的福州水師隊伍進行幹擾，雖然沒什麼特別的戰果，但也在一定程度上遲滯了福州水師的逃跑速度。
等到了閩江流域的時候，福州水師已經損失一半以上的戰艦，隻剩五十多艘船逃了出來，還多有帶傷的。
本來，福州水師到達閩江入海口就想快速闖進去，沒想到從閩江殺出一支艦隊，也有二三十艘船，看其旗號和形製，跟華夏軍的海軍並無二致。
這支艦隊牢牢把住閩江入海口，就是把福州水師最後的生路都給掐斷了。
見到這種情況，福州水師中的不少人都開始跳腳罵了起來，水師之中也不全是廢物，早先就打探清楚李仙所部的海軍也就隻有三四十艘軍艦，加上佯攻寧波和杭州灣也需要一定兵力，因此在大員島海峽能動用的兵力應該不超過三十艘戰船才對。
隻是，在這次海戰中，在澎湖列島出現的就有三十多艘軍艦，此地又出現一支艦隊，軍艦數量超過六十艘，與之前預計的兵力相比，差了整整一倍，怎麼能不讓這些福州水師官兵罵人。
在澎湖列島最早接戰的時候，福州水師還有點血勇之氣，還能突破華夏軍艦隊的攔截衝出來，此時士兵已經疲憊不堪，更重要的是士氣低落到穀底，喪失了幾乎所有的反抗之心，關鍵是也沒有足夠的實力硬拚了。
再經過兩個小時的激戰後，逃到閩江流域附近的福州水師戰船一半以上被擊沉或擊傷，剩下的二十艘也掛上白旗，投降了。
這一戰，清廷繼丟失廣東水師後，還損失最後最精銳的水師福建水師，從廣東到浙江海域，都拿不出一支像樣的水師力量抵抗華夏軍的入侵。
誰說清廷在江蘇和山東也有一定的海上力量，但兩省水師戰船合在一起也不如福建水師的一半，從此萬裏海疆盡歸他人了。
這一戰，對清廷來說隻是對華夏軍戰爭中的一次失利而已，與之前幾次慘烈的失敗相比，其實並不明顯，但對華夏軍來說卻又非凡的意義。
在這一戰之後，清軍從海路攻擊華夏軍根據地的可能性幾乎全部斷絕，就是說再沒法從海路攻擊廣東、大員島和海南島等，甚至派兵艦騷擾生產都力有未逮。
而且，從此以後清廷的萬裏海疆全部裸露在華夏軍海軍攻擊範圍內，華夏軍可以在海岸線的任何地方登陸和占領地盤，而不需要過多顧及清廷的反擊。