（二）日喀則地區
安德拉德在阿裏傳教期間，了解到衛藏地區是西藏的中心。在他的建議下，馬拉巴教省（即柯欽教省）派出了耶穌會傳教士埃斯特萬·卡塞拉神父和約翰·卡布拉爾神父前往衛藏地區。這兩人於1626年4月從柯欽出發，經由庫奇、盧納德、帕羅宗、不丹，於1628年1月20日左右先後抵達了西藏的日喀則地區。
這兩位傳教士也取得了當地政權——第悉藏巴政權的領袖藏巴汗的支持，但是他們的傳教活動同樣引發了當地僧俗群眾的強烈抵製，後來又因為卡塞拉病死，人員難以為繼，所以這次傳教活動在1632年告終，未能建立一座教堂、也沒有能發展一名教徒。
（三）拉薩地區
1708年，意大利羅馬教廷的卡普清布修會派遣的修士古瑟普、弗利斯和弗朗克斯等人抵達拉薩。他們沒有公開真實身份，自稱是為了上帝而行醫的醫生，用自鳴鍾之類的小禮物拉攏拉藏汗，取得了合法的立足之地。他們又學習藏語文，大力開展免費醫療活動。
在做了那些前期工作之後，他們開始張貼聖像，布置祈禱場所，編譯基督教的宣傳冊，引導藏人對基督宗教發生興趣並自願接受洗禮。
這樣的傳教活動斷斷續續持續了38年。中間有先後兩次因為經濟困窘、環境惡劣，導致人員損失慘重而撤離西藏。第一次是從1711年12月25日至1716年10月1日，約4年10個月；第二次是從1733年8月中旬至1741年1月6日，約7年4個月。
在卡普清修會傳教士第一次撤離拉薩之時，耶穌會傳教士意大利人德西德裏在1716年抵達了拉薩。他也依靠拉藏汗的幫助，在拉薩傳教達5年之久。直到1718年，羅馬教廷把在西藏的傳教權判給了天主教卡普清派，德西德裏才奉命撤回到了印度。
卡普清修會在傳教期間，一直通過轉遞羅馬教皇的信函和贈送大量珍貴禮物的方式，同拉薩上層人物建立密切聯係，還取得了主持西藏地區行政事務的首席噶倫康濟鼐以及後來的頗羅鼐的準許，獲得傳教權利。經過各種努力，公元1721年，他們終於在拉薩建造了一座小教堂。不過，直至1741年，隻有少數尼泊爾、克什米爾和漢族人入教，後來傳教士說服了自己的傭人和一些未成年人一共26名（參見尕藏加：《西藏宗教》，五洲傳播出版社，2001年，第151頁）藏族人入教。
1742年，因為天主教徒公開反對藏傳佛教的宗教儀軌，引發了格魯派僧侶對天主教傳教士的極度不滿，他們衝擊頗羅鼐的住所，要求他取締天主教的傳教活動。頗羅鼐不得不采取了鎮壓天主教教徒的行動，從此卡普清修會的傳教活動一蹶不振，到了1745年，卡普清修會的傳教士們全部被驅逐出境，天主教教堂也被摧毀。
（四）西藏東部邊緣地帶
19世紀，西方天主教傳教士不再涉足西藏中心地區，他們轉向了藏東邊緣地帶和四川、青海、雲南等藏族地區。
1847年，西方傳教士羅勒拿喬裝打扮成一個商販，進入了藏東芒康、昌都地方傳教，但是在昌都被當地的官員押回了四川。
1850年，傳教士羅勒拿和肖法日從雲南維西藏區進入當時係屬西藏噶廈政府轄區的察瓦博木噶，在那裏建立了天主教的第一個傳教點，並招收到了極少的信徒。他後來多次從察瓦博木噶出發，經紮那、門孔、碧土、紮玉等瀾滄江與怒江間的察瓦崗諸地，由南向北來到芒康、昌都等地傳教，但是都沒能達到預期目的。
1865年9月，察瓦博木噶、門孔等地方發動了反天主教運動，法國傳教士們被迫離開他們經營了十幾年的察瓦博木噶傳教據點，來到了靠近四川巴塘和雲南德欽的偏僻地區，即西藏昌都地區的芒康縣鹽井納西族鄉。他們在那裏購買地盤，修建了鹽井教堂，進行傳教活動。
在那之後，天主教將傳教重點轉向了今天的四川理塘、巴塘和打箭爐（康定）等藏族地區，伺機尋找從東部進入西藏傳教的突破口。但是在這些地區同樣發生了許多天主教與藏傳佛教之間的衝突事件，最後天主教的計劃無不一一落空，唯有在昌都鹽井的天主教堂卻奇跡般地保存了下來，這就是今日西藏自治區境內唯一的一所天主教堂。