不過，在多羅那他去世以後，藏巴汗的政權被格魯派取代，隨後，第五世達賴喇嘛把西藏地區包括達丹彭措林寺在內的覺囊派寺院全部都改宗為了格魯派寺院。除了保留多羅那他的名著《印度佛教史》等重要著述外，其餘宣揚覺囊派教義的經籍都被封存起來。哲布尊丹巴一世後來也接受了第五世達賴喇嘛要求他改宗格魯派的意見，第五世達賴喇嘛授給了他“哲布尊丹巴呼圖克圖”的名號。
至17世紀末，覺囊派在今西藏自治區境內已不複存在，但是在四川和青海藏族地區，它仍有保存，至今傳承未絕。
（二）他空見和六支瑜伽法
覺囊派獨特的理論是“他空見”。這種理論認為：
世間一切事物都有其真實體性——眾生心中的“如來藏”佛性，由於眾生對此無知（無明），在這個真實體性之上增加了種種虛妄分別，所以眾生在輪回中流轉；一旦清除了這些虛妄分別，如來藏的本體顯露，眾生就可以成佛。由於如來藏是眾生成佛的種子，因此不能說它是“空”，無明的虛妄分別才是“空”；又由於萬物的真實體性是事物之“自”，加在事物上的虛妄分別是“他”，因此，說“性空”隻能是“他空”，而不能是“自空”。
這種“他空見”的思想，在佛教對“性空”的解釋上與藏傳佛教的其他派別都不同。寧瑪派、薩迦派、噶舉派的佛教思想雖也都立足於“眾生都具佛性”的如來藏佛性論，但它們所持的如來藏學說也與覺囊派有所不同。寧瑪派並不把如來藏當作某種事物或本體，而是將它看作是心的不可言說的功用，認為它是超越了“空”與“不空”的圓滿境界。薩迦派和噶舉派則強調心的“明空雙運”或遠離“執空”“執有”二邊，是一種中道如來藏佛性論。噶當派、格魯派的基本教義則是般若中觀論，它在藏傳佛教史上稱為“自空中觀見”，其認為一切事物並沒有常存不變的實體，性空是指事物的自體本性為空。所以，格魯派極力排斥覺囊派的他空見，第五世達賴喇嘛就曾指責“他空見”教義是藏傳佛教的異端邪說，對覺囊派加以抨擊和禁止。
“六支瑜伽法”則是覺囊派的主要修行儀軌，也是它獲得最高成就的途徑。每一位覺囊派僧人都應閉關三年而對它進行專修。六支瑜伽法分別是收攝、禪定、受命、持氣、集中和三摩地。這個修煉法要求修行者以一係列的禪定修煉將自心從外境中收攝回來，並且不斷地提升境界，引風息入中脈，控製生命能量並與宇宙連接，最終將空色（身）與大樂（心）融成一味，進入樂空雙運的定境。
六，格魯派
格魯派的“格魯”一詞意為“善規”，因為這個宗派倡導僧人要嚴守戒律，這個派別的僧侶戴黃色僧帽就是表達他們對戒律的重視。又因為這個宗派認為它的教理源於噶當派，所以它在早期又稱為“新噶當派”。它是藏傳佛教各大教派中最後興起的一個，由宗喀巴大師所創建。
（一）創立和發展
1409年，著名的宗教改革家宗喀巴大師（1357——1419年）在拉薩的卓日窩切建造了甘丹寺，從此格魯派就以甘丹寺為主要道場正式形成，所以它早期叫做“卓日窩甘丹派”，到了後來才逐漸演變為現在的名稱。
格魯派是宗喀巴大師在對藏傳佛教進行全麵總結和整頓的基礎上形成的教派，它強調嚴守戒律，注重修習的次第，主張先學顯後學密。自創立以後，格魯派的發展極為迅速。後來以哲蚌寺和劄什倫布寺為中心，形成了達賴喇嘛和班禪兩大活佛轉世係統，這二者都是格魯派極為重要的教派領袖。
在第三世達賴喇嘛索南嘉措（1543——1585年）時期，格魯派與噶瑪噶舉等教派之間摩擦不斷，但是借助於蒙古軍事力量的支持，它的發展勢不可擋，教派的威望也獲得了進一步提高，並從青藏地區大規模傳入了蒙古的漠南漠北和衛拉特各地。
在第五世達賴喇嘛阿旺·羅桑嘉措（1617——1682年）時期，格魯派憑借清政府和蒙古軍隊的支持，采取種種措施，對西藏從政治、經濟、宗教等各方麵進行了調整和整頓，使格魯派的發展進入了鼎盛時期，並在藏傳佛教各教派中占據了絕對優勢。直到今日，格魯派依然稱得上是藏傳佛教中規模最大的教派。
（二）教義教法
宗喀巴大師以噶當派的教理為基礎，兼容各派學說之長而建立了格魯派的教義或佛學思想體係。