兀術撻懶發現秦檜殺死納謀魯逃亡以後，非常震怒，立即派鐵騎往南追趕秦檜，卻不想秦檜乘舟順淮水而下，往東南直達漣水，南人善舟船，猶善北人馭馬，兀術的鐵騎沒有追上秦檜，氣得哇哇爆叫，哈迷蚩陪著小心道：“狼主莫氣，貴體要緊，想那秦檜還會回來的。”金兀術疑問：“哈軍師，何以見得？”
哈迷蚩道：“狼主請想！秦檜全家安歸，宋庭豈不疑乎？況且，秦檜隨軍參知軍事，給趙立寫勸降信，宋庭容他不得。退一步說，即使秦檜真的平安回歸宋庭，與張邦昌何異？與我大金有利耳！”兀術和撻懶聽了哈迷蚩的分析，覺得甚有道理，對秦檜逃亡之事不再提起。
到達漣水軍後，秦檜全家被宋軍當奸細抓住，秦檜大急，高聲喊道：“我是禦史中丞秦檜！這裏有無讀書人，當知我名！”這時，軍中參議王安道站出來，佯裝認識道：“我認識秦檜！他就是秦檜！”就這樣，宋軍首領安排軍士與王安道一起，將秦檜全家送往鎮江，然後至臨安。回到臨安後，秦檜自稱“殺監己者奔舟而歸”，就是殺了一個監視他的金兵，並搶得一條小船逃了回來，朝中眾臣多有懷疑，隻有宰相範宗尹和樞密使李回說秦檜忠心可嘉，秦檜將太上皇親書的和談函交給高宗，高宗趙構擢秦檜為參知政事。
自建炎四年至紹興六年，秦檜官品不大，沒有太多實權，雖有和議主張，卻時常遭到主戰派彈劾，被貶出朝廷，這些挫折堅定了秦檜對權力的渴望。剛剛參知政事，秦檜就鼓吹宋徽宗和議函，曰：“如欲天下無事，南自南，北自北。”因為這是宋徽宗和議函的話，隻有秦檜親眼目睹，高宗怕秦檜說出來有辱父皇的聲名，遂升秦檜為禮部尚書，成為一名京官。
紹興元年，宰相範宗尹上書高宗，討論崇寧、大觀以來朝廷的濫賞之事，範宗尹作為秦檜的恩人，秦檜極力附議，但是，高宗趙構覺得這是對父皇和皇兄的批駁，有心反對，卻擔心剛剛建立的南宋，會留下堵塞百官言路的病垢，故，不便明言。如今，已經學會察顏觀色的秦檜，立馬看風轉舵，順著高宗說服範宗尹，並以此攻訐範宗尹，至此，範宗尹罷相。
範宗尹罷相後，相位空虛，秦檜語出驚人，曰：“我有二策，可聳動天下！”同僚問曰：“當興之時，何不獻言？”秦檜曰：“國之無相，如車輪無軸，何以驅之？”意思是：沒有宰相，無法執行，很明顯，對相位非常企及。
八月，高宗果然擢升秦檜為右仆射、同中書門下平章事、兼知樞密院事，首次拜為右相。九月，高宗趙構又拜呂頤浩為左相，壓秦檜一頭，秦檜心中不爽，其黨羽鼓吹：“周宣王修內政、攘外敵，故能中興，今二相應分管內政外政。”高宗隻好命呂頤浩管軍事，在鎮江建都督府，秦檜專管政務。
秦檜主政後，設立俢政局，目的在於網羅自己的黨羽，讓參知政事翟汝文主持俢政局政務，劉一止、曾統皆任職於俢政局；將胡安國、張燾、程瑀委以要職。呂頤浩雖為左相，從範宗尹的下場分明感到，秦檜絕不會對自己這麼安分，所以，他舉薦朱勝非為自己的助手，黃龜年任殿中侍禦史，劉棐為右司柬，與秦檜抗衡。
秦檜繼續鼓吹自己的二策，打出和議的招牌。呂頤浩問計於席益，席益認為：秦檜一黨以胡安國最為緊要，身為給事中，時常給高宗講解策論，深受高宗信賴，若能將胡安國打壓下去，秦檜一黨再無大慮。恰在此時，胡安國上書高宗說：朱勝非與黃潛善杜充一黨，皆有反叛之心，不可重用。
呂頤浩上書保諫為自己助手，高宗不好拂了呂頤浩的情麵，改任朱勝非為醴泉觀使兼侍讀，胡安國一氣之下辭官歸隱，秦檜三請而不受。高宗也對秦檜聳動天下的二策產生疑慮，八月，高宗詔綦崇禮奏對，並把秦檜二策給綦崇禮看，並說：“檜曰：為相數月，可聳動天下，朕至今未察其績。還曰：南人歸南，北人歸北，朕是北人，將何歸？”綦崇禮將高宗的話寫入訓辭，布告中外。呂頤浩見機來了，命黃龜年上書彈劾秦檜稱：“專主和議，破壞恢複，結黨專權，不會長久，與王莽董卓無二。”隨後，高宗降旨，罷免秦檜相位，改任觀文殿學士，提舉江州太平觀，張榜公布，以示不複錄用。