基爾代爾對IBM的靜默不太在意。他跟矽穀的其他人一樣，隻把IBM視為恐龍。“我們早期微機界的大多數人，”羅蘭達說，“把IBM視為紙老虎和市場型，大、笨拙、慢、無趣、不幹淨、一驚一乍、牢固。”1981年，基於英特爾芯片的個人電腦有50萬台，而基爾代爾的CP/M占有這些電腦操作係統市場份額的90%。（蘋果電腦是個例外，它們采用MOS技術公司製作的芯片，後來采用摩托羅拉公司的芯片。）IBM能有什麼出路呢？但是半年後，基爾代爾一個精明的朋友、谘詢師安迪·約翰遜-萊爾德，他向基爾代爾出示了一個用於IBM電腦的PC-DOS API（應用程序界麵）功能調用清單——軟件規格說明書。將這些規格說明書印製出來，以便程序員了解如何為即將上市的IBM個人電腦編寫新的程序。基爾代爾頗感震驚地發現，CP/M享有專利保護的那些功能清單被大量照搬了。他寫道：“蓋茨的PC-DOS中，主要的26個API功能調用，等同於並直接取自受版權保護的CP/M手冊及相關文檔。”加裏很生氣，他有理由生氣。帕特森盡管也重寫了部分底層的東西——主要是為滿足16位機器的需要而對程序的改編——並同時改進了文件的存儲方式，但絕大部分頂層則是直接對基爾代爾操作係統的抄襲（Int 21指令允許操作係統與應用程序進行交互）。正如帕特森所說，即便QDOS與CP/M有80%不同，他還是基本照搬基爾代爾的Int21機製——而這是基爾代爾創新的核心。對兩個係統進行的一次非獨立測試表明：一些原樣照搬，一些則略作變動。例如：CP/M每新起一行提示符用：
A：
而DOS風格為：
帕特森把基爾代爾主要的36項Int21功能照搬進了QDOS。有些重命名僅把順序顛倒了一下，如把“順序讀”功能Read Sequential改為Sequential Read，把“順序寫”Write Sequential變為Sequential Write，把“隨機讀取”Read Random改為Random Read，如此等等。
另外，PC-DOS的EDLIN編輯程序幾乎跟CP/M的ED程序一樣。羅蘭達說：“那就是蒂姆非常聰明之處。頗具諷刺意義的是，加裏的一項創新被用來對付他自己。”加裏的設計是如此出色，以至於讓帕特森輕而易舉地“竊取了”CP/M。帕特森有效地證實了加裏的設計的意義。應用軟件不再綁在某類操作係統（CP/M與QDOS）或物理計算機硬件（BIOS）上，而是與邏輯界麵綁在一起。羅蘭達認為，帕特森的文件係統更適合較大的磁盤，但是他克隆基爾代爾的工作也不到位。“因為諸多誤解，使得QDOS無法像CP/M那樣操作。”當蓋茨走訪聖克拉拉勸說英特爾放棄與基爾代爾的聯合開發項目時，約翰·沃頓是英特爾的一名工程師。“是我第一個告知蓋茨，他剛買的軟件不能與CP/M 2.2兼容。那時，直到蓋茨想把整個操作係統克隆之前，我都看得很清楚。”沃頓說微軟的程序員當時“給他留下強烈的印象”，他們“沒有經過培訓、沒有紀律，僅僅滿足於重複其他人的創意，察覺不到定義操作係統和用戶界麵的重要性，更不用說前瞻性。我覺得最後一點會讓基爾代爾把他的對手遠遠拋在後麵。”CP/M-86很快就會過時，基爾代爾清楚，而帕特森、蓋茨和IBM不清楚。真正的問題不在於QDOS與CP/M有多類似，而是QDOS不具備基爾代爾正在規劃的、穩定的多任務處理性能。
基爾代爾一改慣有的淡漠，這次他頻繁地與IBM聯係。IBM方麵立即派遣了一位經理和一位律師趕往太平洋叢林鎮。“我向IBM律師出示了權威證據，證明PC-DOS是CP/M的克隆版，隨即聲稱要提起侵犯版權訴訟。IBM律師比較了一下API界麵，我可以明確地說，他在比較兩個軟件時臉色蒼白，並說他沒有想到兩者會如此近似。我告訴他應該及早意識到問題所在，否則他將麵臨訴訟。”