因此，在昆明，大理，楚雄等地，大量的步炮，陸空協同作戰的訓練營如雨後春筍般建立起來。2月1日，重慶軍委會同意Y計劃，中國遠征軍司令部正式成立。
軍委會調任陳誠為遠征軍總司令長官，黃琪翔為遠征軍副總司令，負責整編遠征軍，製訂反攻計劃。陳誠趕赴雲南後，在楚雄設立遠征軍長官部，經過實地視察後，陳誠建議軍委會暫時放棄入緬作戰的戰略構想，新遠征軍需要更多的時間來訓練，整合。隨後，在陳誠的同一指揮下，遠征軍開始向雲南西部集結。
而從印度趕到雲南的史迪威更是對這次練兵充滿信心，他希望第一批接受訓練的部隊有30個師，將這30個師按照野戰軍的方式訓練。待形成戰鬥力後，馬上投入對日作戰，第二批還是訓練30個師，等前30個野戰軍師打通中印交通線後，這兩批部隊就可以馬上獲得從印度運來的武器裝備。
這樣的話，遠征軍就擁有60個現代化師，絕對能夠和中南半島上的日軍一決雌雄。之後，在第三批次訓練40個師，以達到為中國陸軍組建100個滿員現代化師的目標。
史迪威設想，第一批30個師作為核心力量，等這批野戰師收複緬甸後立即轉戰於貴州，湖南等中國戰場的第二棱線上，收複漢口，九江這一些長江沿線的重要戰略地區。之後直上華北，進攻徐州。一旦山東收複，美軍就可以在黃海沿線建立機場，直接從中國大陸對日本本土施行跨洋轟炸，這樣太平洋艦隊就可以有充足的力量來對付太平洋上的聯合艦隊了。
史迪威按照這一設想，將雲南的美軍部隊全部集合起來，成立約克部隊作戰本部，以恩多上校為部隊參謀。該部隊主要任務為：一，為雲南訓練中心提供教官，二，幫助陳誠和龍雲製訂作戰計劃.三，按照中美“援華租借物資協議”，將從供應署獲得的物資轉交給遠征軍司令部。
在整訓過程中，美軍聯絡參謀組進入遠征軍部隊，遠征軍司令長官部，各集團軍，軍，師，團都設立一般聯絡參謀，步兵團設立一個中尉聯絡官。他們的任務是協助，監督美援武器的使用和配備，充任軍事訓練指導，在反攻中，聯絡參謀組與遠征軍士兵共同作戰，中美聯軍就是這樣形成的。
遠征軍整編以軍為戰鬥單位，軍轄3個師，有一個直屬炮兵團，一個輜重團，兩個工兵團，兩個通訊營，一個戰防炮營，一個特務營，三個野戰醫院。師直轄三個戰鬥團，直屬山炮營，特務連，搜索連，衛生隊。團轄三個步兵營，直屬戰防炮連，通信連，衛生隊。營直轄三個連，戰防炮排，機槍連，每連軍官士兵170人。