日本公司法人治理結構的另一個特點是所有權與控製權分離明顯，公司經營階層在公司治理中起主導作用。日本的法人間交叉持股及循環持股現象突出，由於相互持股很難對投資對象行使控製，因此法人間通過股東大會上的協助來相互連任代表董事，從而實現經營者控製。
除此之外，日本公司法人治理結構的一個重要特點就是主銀行製度。主銀行製度一般有三個特點：提供較大份額的貸款，持有一定數額的股份，派出職員任客戶企業的經理或董事。
二、我國上市公司法人治理結構存在的主要問題
我國雖具備了形式上的“法人治理結構”，但個組織結構間並未能很好地形成真正的分權與製衡的關係，具體來看，仍存在著一些突出問題：
（一）股權結構不合理，“內部人控製”現象嚴重
我國上市公司股權結構呈現最突出的特點就是“一股獨大”現象相當普遍，國有股處於絕對的主導地位。由於公司董事會掌握公司的經營的控製權，在“股份多數決”原則下，某一股東隻要持有足夠股份確保選舉董事的普通決議的通過，該股東就可以通過控製董事會進而控製整個公司。所以這種股權的不合理極易引起“內部人控製”現象，即在兩權分離的現代企業裏，董事及經理人員在事實或法律上掌握了公司控製權，他們的利益在公司戰略中得到了充分的體現。目前，我國證券市場已經反映出不少控股股東“掏空”上市公司的案例：這些控股股東違背“三公”原則，或是通過不正當的關聯交易來占用上市公司資金，或是讓上市公司為自己提供財產擔保，其結果往往是嚴重損害了上市公司及其他股東的利益。當然，在股權結構正常的情況下也可能發生“內部人控製”的局麵，隻是由“一股獨大”所產生的“內部人控製”更為嚴重。
（二）公司機關相互分權製衡機製尚未形成
公司在實踐中反映出來的主要問題包括：其一，股東大會質量不高，部分股東大會流於形式。股權結構的不合理使公司的權力結構也出現一定程度上的扭曲，加上廣大中小股東在信息掌握不充分，一些權利設計不具有操作性的情況下對參與股東大會缺乏積極性，從而股東大會的作用沒能得到很好的發揮。其二，董事會盡管具有實權，但權力運作不規範現象還十分突出。主要表現為不同程度存在著董事會不嚴格按照《公司法》規定的程序行事，董事長和總經理權力過大，缺乏必要的監督製約的現象。其三，監事會形同虛設。一方麵，由於法律設計上的缺陷，賦予監事會的權限偏小，且操作性不強；另一方麵，目前監事會成員往往由原國有企業紀委書記或原廠長領導下的監察審計負責人組成，而原廠長和黨委書記在改製後一般都擔任公司的董事長或總經理。這就意味著，原來具有領導和被領導性質的上下級關係要轉變成監督與被監督的同級關係，由於雙方都無法習慣這種地位上的轉變，從而難以履行好自己的職責。
（三）證券市場對上市公司的外部約束機製尚未形成
在市場機製比較成熟的國家，證券市場是促進公司法人治理結構形成和晚上的重要外部因素，可以對公司製度存在的不足進行有效的救濟。如：中小股東難以通過“用手投票”方式來監督和製約公司經營者時，可以采取在證券市場上“用腳投票”的方式，這不僅可以起到維護自身權益的作用，而且更是對公司經營者強有力的外部約束。由於我國證券市場還處於初級發展階段，加上上市公司中國有股所占比例大且不能上市流通，因此，證券市場的這一功能還不能得以充分發揮。