（二）管理製度不配套，製約了會計電算化的發展。主要表現在以下幾方麵：
1、內部控製製度不嚴。內部控製的目標是合理保證企業經營管理合法合規、資產安全、財務報告及相關信息真實完整，提高經營效率和效果，促進企業實現發展戰略。內部控製中一個重要的控製措施是不相容職務分離控製。而目前我國企業會計電算化中由於電算化的使用，一些原本在手工中進行分離的職務實行電算化後由一人全部完成。比如：憑證的製單人和過賬人為同一人，憑證無需任何審核即可過賬；出納負責銀行日記賬的編製，操作員密碼的設置也是形同虛設，彼此都知道對方的密碼，這樣容易導致個別人員對原本無權限的功能模塊進行非法操作。
2、檔案管理製度不完善。目前大部分企業對會計電算化電子檔案管理沒有較完善的規章製度。部分企業對會計檔案歸檔不及時、不完整。由於所需的會計數據能較快的從電腦上找到，所以對於會計檔案的打印就會出現不及時甚至由於數據較多根本不打印的現象。如對部分明細賬多的科目如存貨、固定資產等大都不予打印，使紙質會計檔案打印不完整，違反了會計檔案管理製度的相關規定。會計檔案大部分企業未嚴格實行分人分地保管，對備份的會計資料未進行定期檢查，出現問題後也沒有較好的解決辦法。會計電算化檔案的保管製度、查閱製度、定期備份製度、保密製度的不完善，為電算化電子檔案數據的保密性、安全性和可用性將留下隱患，從而影響會計電算化檔案的管理工作。
（三）會計電算化係統的安全性存在漏洞。企業的財務數據在很大程度上關係到企業的生存與發展。但仍然有不少企業對會計電算化工作的安全性重視不夠。部分企業對於購買後的財務軟件維護工作力度不夠，較少企業會購買正版的殺毒軟件來進行定期殺毒，導致網絡“黑客”和計算機病毒的侵襲，這給會計電算化信息係統帶來了極大的潛在威脅。
（四）企業缺少會計電算化綜合性人才。目前，我國大部分企業會計人員的計算機知識比較匱乏。隻會機械的操作財務軟件，對於計算機硬件知識和維護技術知之甚少，這樣就導致在計算機出現問題後無法及時解決存在的問題。而計算機專業人員又缺乏財務專業知識，無法及時高效的解決問題。因此，缺乏既精通財會知識又掌握計算機技術的複合型人才，是企業實施會計電算化後急需解決的一大難題。
三、加強和完善企業會計電算化的對策
（一）選擇適合本企業的財務軟件。
企業領導需要有戰略眼光，購買的會計軟件應能適應企業的需要，否則給工作會帶來極大的不便。同時需提高會計軟件的功能。部分企業的軟件功能已由核算型軟件向管理型軟件過渡。但大部分企業的軟件功能模塊不能適應管理需要，很多資料需要花費較多時間重新加工整理才能滿足需要。因此選擇適合本企業需要的財務軟件是較好的實施會計電算化的前提。
（二）加快管理製度建設。
1、一個良好的會計電算化管理製度，是保證單位會計工作有序進行的重要措施，也是會計電算化工作成功的基礎。實行會計電算化後，跨機核算工具與程序、會計數據與信息的表現形式、會計檔案的保管方式都發生了很大的變化。製定會計電算化管理製度時，除了要遵守手工會計管理製度的基本原則外，還要考慮會計電算化係統的特點。一個完善的製度包括會計電算化崗位責任製度、會計電算化操作管理製度、計算機硬軟件和會計數據管理製度、電算化會計檔案管理製度。具體而言，企業各財務核算單位必須使用企業指定的財務軟件進行本單位的財務核算，並建立本單位的會計電算化崗位責任製，明確各電算化崗位的職責範圍。操作人員必須以“命名用戶方式”登錄財務軟件係統，操作人員的密碼由操作人員自己擬定。操作人員對自己的密碼必須嚴格保密，泄漏密碼產生嚴重後果的應追究相關責任人的責任。各核算單位應為開展會計電算化配備必要的計算機，硬件設備和軟件。計算機軟件的維護分為係統軟件維護和財務軟件維護，包括以下內容：係統軟件維護包括檢查係統文件的完整性，係統文件是否被非法刪除和修改，以保證係統軟件的正常運行；財務軟件維護包括操作維護與程序維護。未經電算主管和電算維護員同意，任何人不得擅自更改計算機及其附屬設備的連接與設置，不得更改係統軟件、財務軟件係統的設置，不得更改網絡連接設置、網絡用戶名及網絡用戶IP地址。各核算單位應健全必要的防治計算機病毒的措施，確保財務係統的正常運行。