此時李闖已經開始在中原內地流竄，造成大部分地區農田荒蕪，百姓家中田產糧食被沒收，被迫加入到農民軍，而李岩、牛金星、宋獻策等人為李闖設立了政治目標口號，使農民軍越來越大，而明軍因為要防備北方的清軍，不得不頻頻將精銳的邊軍調走，在戰場上開始逐漸失利，但是因為洪承疇的指揮得當，明軍慢慢的將農民軍擠壓。
北方的清軍通過山西殘存的晉商，知道了國內形式，開始不斷襲擊明朝，明廷迫於壓力，隻好將國內的洪承疇調走，本來大好的局麵崩潰，李自成重新拉攏隊伍，投降的農民軍降而複叛，國內又落入一片亂象。
楊銓這時已經顧不上國內的情況，此時陝西境內大型的水利設施開始施工，對於省內開始整頓吏治，對於現有的明軍武器裝備開始整合發展。對新增的軍隊開始嚴格訓練，對於訓練好的軍隊，設為教導隊，分散到各新兵隊伍裏，以老帶新軍隊也迅速恢複戰鬥力。
不過此時楊銓沒有放棄鄰省，開始安排不少軍隊零散進入四川甘肅等地，對於西部的遊牧地區開始有規劃的進攻，為的是獲取大量的養馬地。另外值得一提的，則是本來進入四川的張獻忠，被楊銓的軍隊無意中擊斃，曆史上一代梟雄，落得如此下場，倒是讓楊銓一陣唏噓。
不過雖然張獻忠雖然死了，可曆史的慣性一如既往的強大，隨著洪承疇投降清廷，朝廷開始岌岌可危起來，農民軍如曆史上那般，重新圍困京師，明朝精銳的禁軍，卻因為瘟疫的原因基本上喪失了戰鬥力，在明朝官吏的裏應外合下，農民軍輕而易舉的攻入了北京城。崇禎皇帝殺死皇後等人後，本來也想殺死公主，不過好在朱秀清早就將長平公主帶了出去，不過此時城內混亂，哪怕是朱秀清在京城布置多年，也難以逃出，恰在此時，楊銓派來尋找朱秀清和朱慈烺的隊伍，尋到朱慈烺後，又找到了了朱秀清，帶著他們逃出京師，不過此時李自成已經知道有人逃走，接連派出軍隊阻擊，楊銓的軍隊死傷過半，半路上碰到了帶領軍隊勤王的楊銓，這才安全下來。
不過此時北京城中，皇宮也被攻破，崇禎皇帝吊死在煤山，陪著他的隻有王承恩。
李自成成功進入北京，明廷大部分文官麻利的改弦易張的投靠李自成門下，楊銓則將逃出北京城的官員收入麾下，逃出來的不敢說多對明廷忠誠，但好歹比那些翻臉比書快的高官好些。
李自成登基稱帝，除了派出軍隊開始進攻駐紮在山西的楊銓，竟然對山海關準備投降的明軍毫無動作，並且還斷了山海關的糧餉。
至此，山海關明軍合並清軍，攻入關內。
在京城醉生夢死驕奢淫逸的眾多農民軍，這才回過神來，帶領隊伍攔截清軍。不過軍機敗壞下的農民軍，怎麼會是清軍的對手？隻是一個照麵，農民軍狼狽而退，接著京城也被清軍攻破。
闖軍狼狽而逃，本來想向西，重新回山陝，奈何楊銓新組建的陝軍堵住去路，不過好在楊銓沒有趕盡殺絕，讓農民軍向南逃走，待闖軍如喪家之犬般逃入河南，楊銓派出一路兵馬攔截清軍，不過這支隊伍在楊銓的叮囑下，看著本來逃跑在前，現在因為隊伍方向改變，而落入後邊的李自成等闖軍首領，被清軍圍困後，這才發起進攻，在明軍遠中近各射程火器轟擊下，清軍合並包圍圈裏的闖軍被集體殲滅。
得知這個消息，楊銓鬆了一口氣，這時他才將手中的朱慈烺推了出來，登基為帝，朱慈烺冊封楊銓為陝甘川總督，節製北方諸省兵馬。
不過南方明廷，卻對朱慈烺不瘟不火，南京派來的官員對朱慈烺身份也表示懷疑。