好的教學內容必須有與之配套的教學方法。以課堂為主的填鴨式教學方法雖然可以使學生掌握各門課程的基本知識，但是缺乏和學生的互動，存在較大不足。複旦大學軟件工程專業在以下幾個方麵進行了調整和改進，取得了很好的效果。
首先，在講授基本原理時，教師側重闡述課程的要點和難點，而對於各種具體的細節，則讓學生通過相應的教學實驗環節(包括實驗和實踐項目)體會，解決可能出現的問題。一方麵，我們通過教師的講解與學生的自學來強化學生對概念的準確理解和對理論的全麵掌握；另一方麵，我們通過課後的實習項目來全麵鍛煉和提高學生的能力。教師在講授知識的同時，逐步培養學生的自主學習能力和開發設計能力。
其次，教師注重啟發式教學和學生創新能力培養。很多專業課程，如計算機係統基礎、計算機體係結構和編譯原理等，都增加了研討性內容，教師定期布置超出課堂知識範圍的開放式問題。這些問題並沒有標準答案，學生要在自己查閱資料的基礎上進行深入思考，因此鍛煉了思考能力和創新能力，也開闊了眼界。研討式學習、案例分析、群組學習啟發了學生的思維，鍛煉了學生在團隊中開展創新性工作的能力。
第三，將實踐教學環節和工程教育理念融入整個教學過程，尤其注重對學生項目構思、設計、實現和運作能力的培養。企業項目及企業聯合實驗室為學生的項目實踐學習提供平台，通過解決項目中的實際問題，學生的工程技術創新能力得到了很大提高。我們同時建立了跨度一年的學院科研實驗室和知名企業實習製度，為學生的發展創造了良好空間。課程成績評定改變了期末一張試卷定成績的考評機製，改為實驗、實踐項目、隨堂測驗、論文、麵試、筆試、課堂討論等多種形式相結合的評價機製，期終成績僅占總成績的30%～50%。通過不斷學習，學生各方麵的能力都得到均衡發展，適應現代軟件產業的需求。
第四，注重國際化辦學，推廣雙語課程。早在軟件工程專業建設之初的2002年9月，學院就與愛爾蘭都柏林大學(University College Dublin)簽訂了合作辦學協議，開展計算機軟件學士學位聯合培養項目；與新加坡管理大學簽訂了交換生計劃，每年兩校互派學生到對方學校學習半年；與日本名古屋工業大學建立了推薦學生攻讀研究生的國家資助項目。通過與愛爾蘭都柏林大學的合作辦學以及與其他知名大學的交流，我們吸收、借鑒了國外人才培養的先進理念，提高了教師的業務素質和能力。雙語課程打造了一批有代表性和學院特色的課程，使學生能直接接觸國外最先進的理念和技術，提高了自學能力、創新能力和綜合素質。
3高水平的研究是創新型人才培養的基礎
高水平的師資是人才培養必不可少的保障，軟件學院應該鼓勵具有應用背景的研發。這種研發不是低水平的開發，而是應該具有自主知識產權，在理論或技術上有所創新的研發項目。研究既要保證實用性，也要保證具有產業化時代的核心競爭力；既要能出高質量的論文，也要能得到實際應用。
開展高水平的科學研究，不僅可以培養出優秀的學生，也能吸引一流教師加入學院師資隊伍中，更好地培養人才。我院現有寬帶網絡與互動多媒體實驗室、電子商務研究中心、交互式圖形學實驗室、密碼與信息安全研究室等四個研究機構，複旦大學並行處理研究所的研究主體也在軟件學院。
在流媒體寬帶應用領域的前沿技術研究和高科技產品的研發中，學院成功研發了高性能、高質量、與國際標準完全兼容的流媒體服務器(Clear Server)，我們自主研發的IPTV係統成為上海市互動電視閘北區示範項目，其技術產品已經推廣到國外，並獲得上海市科技進步二等獎。而作為這些項目研發的負責人，我院教師及時把研究成果融入教學，簡化項目開發要求，編製出適於學生課程實習的項目，有效提高了學生的實際研究能力，為學生提供及時接觸最新成果的機會。
基於全光視頻的圖形繪製技術、基於GPU的Dome顯示設備的實時繪製係統以及基於投影儀的大尺寸、高清晰顯示牆係統的研製培養和鍛煉了教師和學生。我院毛燕東在本科三年級就參加了學院實驗室的科研工作，他和賈奇在導師的指導下參加第九屆“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽，一舉奪得全國一等獎。2006年，毛燕東直升本院碩士研究生後，成為國家863計劃“可伸縮高分辨率投影顯示技術”項目的主要研究者，並參加了微軟亞洲研究院係統研究組的多核操作係統的研究工作，在操作係統領域最好的會議之一OSDI上與他人合作發表論文。在即將畢業時，他先後收到了麻省理工學院(MIT)、斯坦福大學(Stanford)、卡耐基-梅隆大學(CMU)等三所全球計算機領域頂級高校的攻讀博士錄取通知書。