在上述大背景下，新疆地緣政治的新問題是麵臨著民族分裂主義、宗教極端主義和國際恐怖主義這三個“主義”，或稱“三股勢力”。
蘇聯解體在中亞最直觀的變化是政治地圖的變化，在新疆以西的中亞出現了五個新獨立國家：哈薩克斯坦、烏茲別克斯坦、吉爾吉斯斯坦、塔吉克斯坦和土庫曼斯坦。蘇聯的解體，意味新疆曾麵臨的“北方威脅”已不複存在，從地緣政治角度看，這或許不是壞事；但另一方麵看，中亞新獨立的國家的出現，車臣和科索沃等地的民族分離主義和克什米爾地區的局勢，在客觀上對新疆民族分裂主義有鼓舞作用。
中亞諸共和國的伊斯蘭複興趨向明顯地表現出兩股潮流：一是由政府引導的以民族複興為內涵的宗教文化的認同，一是與反政府勢力相勾結的伊斯蘭原教旨主義極端勢力的崛起。宗教極端主義極端組織的活躍成為影響地區穩定的嚴重問題。
而國際恐怖主義在冷戰結束前後便在西亞地區興起，恐怖主義的政治目標不是民族分裂，就是宗教極端，或者二者合一。因此中亞、南亞的這“三股勢力”總是錯綜複雜地纏在一起，造就了危害地區穩定的一個個“火藥桶”，其中阿富汗和巴基斯坦部落區，烏茲別克斯坦、吉爾吉斯斯坦和塔吉克斯坦分割的費爾幹納地區，就在與新疆毗鄰地區，那也正是“東突”恐怖組織的藏身和活動地區。新疆已處於國際反恐怖主義的第一線。這是目前新疆地緣政治的突出特點。
後9.11時期：美俄“大博弈”
2001年9.11事件後，以阿富汗“反恐戰爭”為由，美軍有史以來第一次落地吉爾吉斯斯坦，在瑪納斯機場建立了空軍基地。其實，美國力促北約東擴，向中亞滲透之意早已日顯，對塔利班的“反恐”行動給美軍一步到位進入中亞以千載難逢之機。美軍長駐，已將其在亞洲東、西兩端的軍事部署在中亞實現戰略銜接。應指出的是，此空軍基地於新疆而言，近在咫尺。地緣政治變化可能對中國構成更大的威脅，連旁觀者都已看到：“事實上，中國的整個領土現在變得極易受到美國飛機的攻擊。”
9.11事件後，“反恐”戰爭在阿富汗如火如荼，全世界聚焦於這個緊貼新疆的我們的鄰國。新疆的地緣政治形勢從來沒有如2001年以來那樣發生如此大的變化。小布什政府八年鼓吹、實施“大中東倡議”、“新中東地圖”、“大中亞夥伴計劃”和“大南亞理念”，其歐亞戰略就是最終將“大中東”與“大中亞”整合於華盛頓主導之下。
可以說，近十多年以來，在新疆周邊地區，世界大國的較量，主要是俄美，前者要守住自己的“後院”，後者要開辟新的“勢力範圍”。2003年至2005年，“顏色革命”由烏克蘭、格魯吉亞進軍到中亞，吉爾吉斯斯坦的阿卡耶夫政權應聲落馬，烏茲別克斯坦則發生慘烈的“安集延事件”，顯示出美國的進攻的勢頭。2008以來，格俄衝突，俄羅斯高調出擊，隨後，烏克蘭親俄勢力大選獲勝，而一直玩弄於俄美之間的吉爾吉斯斯坦的巴基耶夫政權崩潰，又表現出俄羅斯的全麵反擊得手。
2010年5月27日，奧巴馬出爐了他的《國家安全新戰略》。奧巴馬“新政”可以有條件地放棄小布什的“單邊主義”，但麵對身陷爛泥的阿富汗戰爭卻欲罷不能。特別是在中亞，麵對俄羅斯高調“特殊利益區”之說，能忍耐到什麼程度，還不得而知。我相信，美俄在新疆周邊的“大博弈”不會就此罷手，好戲還在後麵。而北約和歐盟、印度和日本等大的勢力也不同程度地向往此地，雖然不是19世紀的動刀動槍，但政治的、經濟的，特別是能源的爭奪還是有聲有色。對於我們來說，重要的是，所有這些將對新疆地區的安全和穩定會造成什麼樣的影響？