1791年9月，拿破侖以國民自衛軍阿雅克肖營副營長的身份又回到科西嘉。這次，他與保利徹底決裂了，因為保利此時已公開要使科西嘉脫離法國。1792年5月，野心勃勃的拿破侖還在小島上策劃了一場政變，島上的兩派發生了武裝衝突。拿破侖命人開槍射擊了支持保利的分離主義者。
在製造了這場混亂後，拿破侖引火上身，成了眾矢之的。現在，他的反對者不僅包括以前就反對他的保利和法國守軍，還有大多數的阿雅克肖居民。
禍不單行，置身混亂之中的拿破侖早已忘記假期到前一年12月份就結束了，而現在已經遠遠超過了預定假期。由於離隊時間過長，拿破侖的名字早就在法國軍官冊中被注銷了。
1792年5月28日，拿破侖返回巴黎，向陸軍軍部彙報了自己在科西嘉的活動。這時，奧地利皇帝和普魯士國王因仇視法國革命，已向法國革命政府宣戰。法國貴族和將軍們紛紛倒戈通敵，前線軍隊指揮人員極其缺乏，而一些貴族軍官又紛紛逃亡，軍隊中缺額較多。
在這種情況下，7月16日，拿破侖又順利地回到了炮兵軍團，並於7月16日被擢升為上尉。
對奧戰爭的節節敗退，引起了巴黎人民的強烈不滿。6月20日這天，憤怒的群眾闖進王宮，強迫國王戴上紅色尖帽，並要他麵朝庭院的窗口向人群低頭認罪。
這一幕恰好被路過的拿破侖看到，他被這個優柔寡斷、懦弱膽小的國王形象激怒了。他鄙視地說道：
“真是個懦夫！怎麼能夠放縱這群無賴！應該用大炮消滅幾百人，這樣其餘的人就會四散逃命了。”
8月10日，拿破侖又一次看到巴黎人民進攻杜伊勒裏宮的情形。作為一個軍人，他再次為國王的無能感到遺憾和憤怒。他在給哥哥約瑟夫的信中寫道：
“如果路易十六跨上他的戰馬，勝利本來會屬於他的。”
最終，君主製被推翻了，代表大工商業資產階級的吉倫特派掌握了政權，法國實行了共和製。
10月5日，拿破侖又返回了科西嘉島。島上的情況十分混亂，親法派力量日漸薄弱。這時，法國革命軍已擊退歐洲反動君主對法國革命的武裝幹涉，開始轉入反攻。在南方，法軍計劃以科西嘉為基地，占領撒丁王國的馬達萊納島，作為進入撒丁的跳板。拿破侖回來後，便奉命參加了討伐撒丁王國的這次戰鬥。
1793年2月23日，這支科西嘉小艦隊輕鬆地攻下了馬達萊納島附近的小島聖斯特法諾，打亂了撒丁的防禦部署。但最後戰役因指揮官的指揮不當和海軍不執行命令而失敗。憤怒的拿破侖將大炮扔入大海，然後返回了科西嘉島。這是拿破侖的第一次作戰。
這次回到阿雅克肖城，城裏的情況更加混亂不堪。保利決定要讓科西嘉脫離法國，向英國投靠。而拿破侖的弟弟呂西安是個堅定的親法派，他向土倫的雅各賓俱樂部告發了保利的行為。雅各賓黨人聽信高發，宣布立即逮捕保利和他在公會中的同黨。
當拿破侖返回家中，獲悉弟弟高發保利的行為後，馬上寫信給公會要求收回逮捕令，但為時已晚。為平息科西嘉人的怒火，拿破侖還起草了一個宣言，為保利辯護，但補救行動已無濟於事。支持保利的科西嘉人認為拿破侖是在演戲，他們對波拿巴一家的憤怒之火越燒越旺。
此時的形勢對保利十分有利，他抓住時機，宣布科西嘉與法國徹底決裂。不久，保利派還襲擊了拿破侖支持者的住所，洗劫了波拿巴一家。拿破侖曆盡千辛萬苦，才帶著全家從科西嘉逃出。
1793年6月5日夜裏，趁著夜色，拿破侖全家登上了離開科西嘉的輪船。走的時候，他們身無分文，隻剩下身上的衣服。這一去，拿破侖再也沒有返回科西嘉。
一家人逃離了這個曾給予拿破侖無限溫情的迷人小島，駛向了毫無所知的法國土倫和渺茫莫測的未來。