經不住各界壓力，蔣介石不得不釋放馬寅初，卻在經濟上、政治上對他進行各種限製和迫害，這時又是周恩來伸出援手。周恩來對《新華日報》的同誌們說：“馬寅初是一位經得起考驗的愛國主義者！我們必須對他全力支持。《新華日報》可以發表他的文章，也可以經常去采訪他。”馬老後來一直把周視為“患難之交”。
解放後，馬寅初任北大校長，曾請毛主席支持他的工作，主席問如何支持，馬寅初說：“希望主席能夠批準：我邀請誰去北大演講，誰就不能拒絕。”毛主席爽快地答應：“這個我可以批準。我可以給你這個尚方寶劍！”
後來，馬寅初請了很多中央領導去北大演講，其中周總理就是應馬寅初之邀去北大作了《關於知識分子的改造問題》的報告。
1957年春天，馬寅初在紫光閣作了關於控製人口問題的發言，當時，毛澤東和其他中央領導對其觀點都表示讚同。毛澤東說：馬寅初今天暢所欲言，講得很好。但後來由於錯誤地發動反右鬥爭，毛澤東對“控製人口”有了新看法。
“新人口論”遭批判後，馬寅初一直拒絕檢討，周總理對他作過規勸。馬寅初在《新建設》發表一封感謝信：“最後我還要對另一位好朋友表示謝忱，並道歉意。我在重慶受難的時候，他千方百計來營救；我1949年自香港北上參政，也是應他的電召而來。這些都使我感激不盡，如今還牢記在心。但是這次遇到了學術問題，我沒有接受他的真心誠意的勸告，心中萬分不愉快，因為我對我的理論有相當的把握，不能不堅持，學術的尊嚴不能不維護，隻得拒絕檢討。”
“文革”中特立獨行的馬寅初
“文革”開始後，無知無畏的“紅衛兵”們四處造反。馬寅初身邊的一位勤雜人員也戴起“紅衛兵”袖章。一天，馬老正坐在家裏，這位勤雜人員突然雙手叉腰對他吼道：
“告訴你，馬寅初，我今天要造你的反！你這個資產階級反動學術權威，我現在正式警告你：過去你反對毛主席，大肆販賣什麼《新人口論》的黑貨，早就罪該萬死，現在你還過著地主、資本家的生活。你洗澡，要我給你燒鍋爐，整天飯來張口，衣來伸手，臭架子還真不小。”
這位勤雜人員的突然發難，讓馬老有些措手不及，但當他意識到對方是在“造反”後，毫無畏懼之感，而是冷冷地看著對方，一語不發。這位勤雜人員當然知道馬老是著名的“硬骨頭”，於是用更凶狠的口氣威脅：“馬寅初你聽著：你是老牛鬼蛇神，以後你要聽我的指揮！如膽敢違抗，我定饒不了你。”
聽了這番話，馬老哈哈大笑。麵對國民黨的槍口都能談笑自如的他，豈會被幾句話嚇倒。“文革”期間，這位勤雜人員一直在馬家執行監視，但馬老我行我素，講真話的習慣一點未改。一次，聽說有人給周總理寫了大字報，馬老拍案而起：“給周公寫大字報？這是為什麼？為什麼？‘周公吐哺’，這天下還有良心嗎？”
聽到馬老的話，那位編外紅衛兵像發現敵情一樣慌忙過來質問：“馬寅初，你膽大包天，說什麼？”經此一問，馬老更是怒不可遏，銳聲喊道：“我說這天下的人沒有良心了！你也沒有良心！鬥爭我吧，我明天回嵊縣老家去。”因為憤怒，馬老掀翻了桌子。
子女出於對父親的關心，勸他冷靜下來，認清形勢，緊跟當時的路線。馬老聞言勃然大怒。兒子馬本初大著膽子和父親爭辯起來：“無怪人家說你沒有行動。你說，我們家‘破四舊’一點也沒有行動。就這一條，不說那個‘造反派’向他的組織不好交待，就連我們去單位、去學校搞‘興無滅資’彙報時，也不好交賬哩。”
“向誰交賬？向康生、陳伯達？”馬老反問。
“不管是誰，人家是在執行毛主席的無產階級革命路線。”
“我看這是壞人在借助鍾馗打鬼！”馬老一針見血。
兒子急了：“您又說錯話說反動話了，難道毛主席是——”
馬老義正詞嚴地說：“毛主席當鍾馗我也吼他！”
兒子無奈地搖搖頭：“您老沒整了。”
見兒子不理解自己，馬老講起故事來：“1944年，傅斯年在國民黨政府參議會上，揭發行政院院長孔祥熙在發行美金公債中營私舞弊。會後蔣介石親自請他吃飯，並為孔祥熙說情。蔣介石問傅斯年：‘你信任我嗎？’傅斯年說‘信任’。蔣介石就說：‘你既然信任我，就應該信任我的人。’傅斯年毫不退讓：‘我信任委員長，如果說因為信任你也應該信任你用的人，砍掉我的腦袋我也不能這樣說！’”
馬寅初的“故事”使兒女們陷入深思，從此他們對父親在“文革”中的特立獨行、拒不跟風多了一份理解。
1982年，百歲老人馬寅初病逝。有人以這樣的文字來悼念他：“人口宏論，富國強民，千秋大業留遺澤；經濟巨擘，學桃育李，百代宗師惠眾生。”
如果說馬寅初的學術著作為我們留下了寶貴的文化遺產，那麼，他“言人之欲言，言人之不能言”的勇氣，他“單槍匹馬，戰死為止”的氣概，以及“苟利國家生死以，豈因禍福趨避之”的胸懷，對後人來說，則更是一筆難得的精神財富。