因為黃子軒的這番所作所為，得到了神機師的大部分中下層軍官支持，不然也不可能在整個過程中配合的這樣好，連續多次都可以成功，因為在城中的百姓隊伍中，也有他們的親朋好友。
但這樣的做法，總不能代表所有人的意願，也不符合所有人的利益，其中就有城外的申侯和犬狄，與城中的太師司徒鴻雷，因為這與他們之前預計的完全不同，按照申侯與犬狄的私下協議，在長安城破以後，申侯隻要周幽王，而犬狄則是負責在城中進行燒殺搶奪，執行三光政策，而作為當朝權臣太師，司徒家的任何人，都是絕對不能私自離城而去的。
可如今長安城內人口急劇減少，如果再讓黃子軒繼續下去，估計不出三天，長安城就會變成一座空城，這完全超出了申侯和犬狄的預計，所以他們立即采取了必要的措施，那就是全麵攻城，因為在此時，他們已經通過太師司徒鴻雷，搞清楚了長安城內軍備數量，以及神機師的各種情況。
而司徒鴻雷與申侯、犬狄的交換條件，是在長安城破以後，不動司徒家的人。
就這樣，城中有了太師司徒鴻雷這個大叛徒、大內奸，申侯與犬狄的大軍，立即拿到了城中神機師的詳細軍力部署，以及關於神機師大型床弩的弱點情況，並於第二天的下午，向四個城門同時發起了全麵攻城，戰鬥一開始各個城門的神機師指揮官，都堅決按照黃子軒的命令，進行殊死作戰，可是萬萬沒有想到，負責駐守東門的神機師副統領司徒文斌，竟然遭遇大敗。
這就徹底打亂了黃子軒之前的所有部署，因為根據神機師總兵力來說，本來就不是城外申侯、犬狄大軍的對手，最好的作戰策略就是依靠堅固的城牆，以及大型床弩的遠程打擊優勢，采取死守對敵，但就是在這樣的情況下，神機師副統領之一的司徒文斌，不顧黃子軒的命令，貿然派兵出城迎戰，采取近距離交戰，因此遭到慘敗，白白損失了兩千神機師兵力。
此時，黃子軒尚且還不知道司徒一家反叛，所以並沒有立即去追究司徒文斌的責任，隻能從巡防營中，抽調一千餘人增援東門，但這樣的安排正中對方下懷，因為巡防營的大統領劉義山，本來就是司徒家的人。
原來在通過這段時間的磨合，黃子軒已經在神機師軍中，樹立擁有了足夠的威望，特別是神機師全麵接手長安城防後，黃子軒就開始在神機師內部，做了一番大調整，其中最厲害的一個舉措就是運用，二十一世紀的異地為官措施。
因為中國是一個非常講究人情世故的地方，無論是古代還是現代，因此為了突破官員久居一地，形成的利益格局和人情圈子，將地方的主要領導幹部和分管財物部門的主要負責人，作為彼此重點交流對象。
這樣就可以打破狹隘的地域觀念，徹底擺脫人情和關係的束縛，優化結構、意義重大，最重要的一點，就是防止官員腐敗，雖然異地交叉任職，是二十一世紀官場，預防滋生腐敗的一劑良方，不過黃子軒這樣做，隻是為了神機師內部的管理架構。