聖旨當日由軍機處擬出，同治皇帝蓋章生效，用八百裏加急傳遞至雲南。
雲南總督岑毓英還不知道此事，收到電報之後親自調查《馬嘉理案子》，一個月後才有了初步結論，岑毓英的折子遞進京師。岑毓英奏稱：騰越附近的南蠻子殺死一名入侵他們領地的漢人，估計就是聖旨裏提到的英國翻譯馬嘉理，巡撫衙門已著騰越地方官收斂遺骨，骨頭還幸存一些，還在了解事情的來龍去脈，大致的起因和英國人說得差不多，事情若有進展當立即通報總理衙門。
恭親王讀罷折子，立即叫來李鴻章，兩人一起研究對策，商談如何解決與英國人的這場爭端。很顯然岑毓英裝聾作啞，把馬嘉理之死推諉給那些未開化的野人。騰越地區山高林密，地方官府政令不通，英國探路隊事先沒通知雲南地方政府，馬嘉理之死無關雲南政府的事，乃少數民族惹出來的事端。
李鴻章著手約見威妥瑪，把《馬嘉理案子》的初步調查真相告知威妥瑪，商談如何妥善解決此事。
威妥瑪得理不饒人，哪肯善罷甘休，馬嘉理是他的親隨，人是有感情的動物，他要為死去的馬嘉理討還公道。先是提出大清須派遣朝廷重臣親自到騰越進行調查，並將雲南總督岑毓英等一應從上至下的官員鎖拿進京問罪，又提出增開口岸、減免英國商人的賦稅以及各種負擔。
威妥瑪獅子大開口，提出大清須出重金撫恤馬嘉理遺孀以及賠償大英帝國的損失，賠償金不得低於一百萬兩銀子。
之後威妥瑪得到英國政府的指示，又增加條款，大清應遵循上一次《天津教案》的先例，派遣使團至英國，向英國人民道歉。新舊口岸的英國人住所劃定界址，大清人不許隨便進入等項。
李鴻章以磨的耐心和威妥瑪談判，認真傾聽威妥瑪的主張，表明萬事好商量的態度，不到最後關頭，每一個條件都不認可。
恭親王被此事攪得聊頭爛額，幾乎每日一進宮，向同治皇帝稟明談判的進展。同治皇帝哼哼哈哈，含糊其辭，對大英帝國提出的條件並不表態，也在磨礪臥薪嚐膽的恥辱。
總理衙門先是奏調湖廣總督李瀚章奔赴雲南，會同岑毓英查明此事。但對威妥瑪提出的將雲南總督岑毓英等一應從上至下的官員逮捕問罪一項，總理衙門始終緊咬牙關不肯答應。
這讓威妥瑪認為《馬嘉理案子》是一場陰謀，表麵上馬嘉理是被騰越地區的野人殺死的，暗地裏是朝廷與岑毓英預謀所為，是故意發難於大英帝國，想達到讓英國人不敢進入雲南的目的。
談判就是比耐心，也比實力，威妥瑪高高在上，一副盛氣淩人的儀表，堅持要朝廷將岑毓英等人逮入京師問罪，還要來一個中英官員會審。威妥瑪要利用《馬嘉理案子》，把大英帝國未到手的利益拿到手裏，還以英國軍隊陳兵緬甸邊界相威脅。
恭親王和李鴻章使出的伎倆就是一個字“拖！”大清帝國的辦事效率之低，讓英國談判團每次以吃飯結束，至於談判的答複，還要請旨，這裏沒有一個人做得了主。恭親王和李鴻章等朝廷重臣並不認為這是件大事，隻是死了一個英國翻譯，威妥瑪在無理取鬧。
經過二個月的磋商、談判，威妥瑪失去耐心，威脅要回英國倫敦，要向議會陳述大清的無恥行徑，含義就是要以武力來解決此次爭端。因為英國人開戰是要由參眾議會表決，而發起人威妥瑪要在議會做答辯。
說也說累了，威妥瑪以實際行動表明決心，動身啟程向天津港進發，要搭船回英國倫敦。這下總理衙門慌了神，李鴻章派遣許鈐在英國駐天津領事館攔下威妥瑪，表明大清繼續談判的誠意，清英友誼長存嘛。
就這麼談判的最終條款擺在同治皇帝眼前，林林總總八項不平等條約，要同治皇帝蓋上玉璽認可。這下同治皇帝發怒了，當場把條約撕得粉碎，嚴厲斥罵恭親王和李鴻章，說他們辦事不利，把談判搞砸了。重新換人去和英國人談判，李國樓就這麼莫名其妙被同治皇帝點了名，一道聖旨直達延安，李國樓被欽封為皇帝特使，專職和大英帝國商談《馬嘉理案子》的處置方案，讓他即刻進京述職。