陝西回民起義的迅速發展，嚴重威脅到清王朝在西北的統治。清廷急令荊州將軍多隆阿率軍入陝，1863年1月中，多隆阿率部由河南入陝，連同勝保諸部，共有兵二萬餘人。
9月初，多隆阿到達西安，施展招撫伎倆，派人到回民起義軍中誘降。利用西安城中的回紳頻繁的在回民軍首領中進行招撫活動，孫玉寶等向清軍投降。
白彥虎、馬生彥、禹得彥、餘彥祿率部向西北經醴泉、乾州退至邠州。其後，回民起義軍大部退至隴東的董誌原。其他回民軍也在赫明堂等率領下，經武功、郿縣、鳳翔、隴州進入甘肅東部地區。從此，陝甘回民起義的中心由陝西轉到甘肅。
大清統治者驚呼：“現在甘肅之平涼、靜寧、隆德、安定，省南之鞏昌、秦州、伏羌、清水，省北之寧夏、平羅、靈州、固原，莫不揭竿而起，蜂屯蟻聚，滋蔓難圖，綿延地方數千裏”。
多隆阿準備由秦度隴，鎮壓甘肅回民起義。他為了解除西征時的後顧之憂，企圖迅速攻下由藍朝柱起義軍固守的陝西盩厔。3月30日，多隆阿在親自指揮攻城時為起義軍擊傷頭部，不久死去。清軍喪失了主帥，不能銳意西進。
1864年5月、6月間，清王朝調福建水師提督楊嶽斌充任陝甘總督“專討”甘肅回民軍。
同年7月太平天國天京陷落後，大清把鎮壓太平軍的清軍抽調到西北來鎮壓回民起義軍，以致“甘省一隅之地，而統兵大員專折言事者，已至八員之多”，兵勇則達七八萬人。
但這些統兵將領派係不一，各自為政，意見分歧，且他們深恐與回民軍硬拚，勝敗難保，“不如擊之使走，捷報頻聞，可為幸功邀賞之地”。
所以清軍雖曾攻陷回民軍占領的固原、鹽茶廳、平涼等地，而起義軍的實力卻未受到大的損失。陝西、甘肅回民軍互相配合，采用避實趨虛、飄忽靡常的遊動戰法，仍打了不少勝仗。
回民起義軍不斷向清軍進攻，使其文報梗塞，糧餉奇絀，省城蘭州處於孤立地位。清王朝在甘肅的統治力量處於風雨飄搖之中。
以致陝甘總督楊嶽斌在奏折中哀歎：“現在河狄之賊擾於南，平固之賊擾於東，寧靈之賊擾於北，涼肅之賊擾於西，幾於剿不勝剿，防不勝防。臣若株守省垣，則饑軍終虞坐困；若出省剿辦，則根本時虞動搖。外察賦勢，內度兵力，實屬不敷分撥。”
同年11月，撚軍首領張宗禹按照“前進甘陝，連結回眾”，以成犄角之勢的戰略思想，率西撚軍三萬餘眾自河南進入陝西華陰、渭南境內。清廷害怕回民軍與西撚軍聯合，急令湘軍援陝。
提督劉鬆山統老湘軍十八營由河南前往，一麵奏調防守中衛的穆圖善部移駐甘陝交界的涇州，防止回撚合勢，一麵率三十營清軍從陝西西部的隴州、邠州一帶東下，專力攻撚。
回民軍與西撚軍雖然各自為戰，但仍時離時合，在一定程度上起到了戰略上相互配合的作用。
甘肅回民軍在不斷發展的過程中，逐漸形成了四個反清鬥爭中心：
一個是馬化龍領導的以金積堡為中心，包括寧夏府和隴東在內的起義地區。
一個是馬占鼇領導的以河州為中心的回、撒拉、東鄉族起義地區。
一個是先後由馬文義、馬桂源和馬本源領導的以西寧為中心的起義地區。
一個是馬文祿領導的以肅州為中心的起義地區。
隴東的董誌原，則是陝西回民軍的根據地。
由於陝甘總督楊嶽斌對鎮壓陝甘回民起義束手無策，大清調派閩浙總督左宗棠接任陝甘總督。
1867年1月，左宗棠從福州取道江西到達漢口，隨即進行各項準備工作。2月，清廷又授左宗棠為欽差大臣，催其迅速北上，督辦陝甘軍務。