然而，外在形式上對理性的認識，並不意味著派內心聽從理性的召喚。派的父親代表著人性中的理性，他認為宗教是黑暗的，從父親對遊泳的態度可印證這點：派的父親喜歡談論遊泳，但不願遊泳，也不會遊泳。父親教導派理性思考，並讓他親眼目睹猛虎進食，力圖使其明白人與獸本質的不同。父親認為人應有自己的倫理道德觀，而獸類則遵循自然生存的法則。但這與派內心所向的理念相悖。精神世界似乎突然坍塌，於是他試圖以消極方式化解又一次的倫理困惑：他對一切都失去了興趣，學校令人討厭，成天隻是學習枯燥的單詞和公式。這樣的困惑狀態一直伴隨著派，直到海上驚心動魄的倫理選擇與覺醒。
（二）大海漂流的意象——倫理選擇與覺醒階段
大海在派的表述中並不美：在水裏太可怕了，水又黑又冷。此時海的形象類似於聖經中的洪水，在海中乘坐救生艇，宛如洪水中諾亞方舟的畫麵再現。諾亞方舟是生存之舟，承載著生命的延續，而此處的船則為死亡之舟，見證了違背人類倫理準則的殘酷現實。波濤洶湧的海隱喻了懲罰罪惡的手段，但同時也是洗滌罪惡後，淨化心靈的標誌。在大海中，少年派完成了從倫理選擇到倫理覺醒的過程，促進了倫理意識的成長。大海於他是另一種洗禮，使其得到心靈上的救贖，完成自我身份的構建。
狹小的船是人類社會的縮影，在船上，派經曆了痛苦的倫理選擇。他講述了兩個不同版本但又內在關聯的故事，第一個版本描述了派和動物同行之旅，派目睹了髭狗咬死斑馬，髭狗咬死猩猩，老虎殺死髭狗的殘酷局麵。第二個版本沒有動物，講述了有關幸存者的真相，廚子殺死水手，廚子殺死派的母親，派最終殺死廚子。兩個版本的故事展現了在遠離人類社會的惡劣自然環境中，叢林法則占據主導作用的一幕，叢林法則是自然界的倫理，其實質是弱肉強食。在麵對母親被殺的情況下，派麵臨了兩難的倫理選擇：為母親報仇還是順從信仰中關於不殺生的教義，為母親報仇，勢必要殺死廚子，殺人將會違背人類應相互仁愛的倫理原則，但放棄報仇也不符合兒子對母親的倫理義務和責任。最終在外部環境的刺激下，派選擇了為母報仇，於是第一個版本中躲在蓬下的老虎此刻露麵了，影射了第二個版本中派心中的獸性因子。文學倫理批評理論的建立者聶珍釗教授（2014：38）指出，“完整的人格由斯芬克斯因子組成，它包括人性因子和獸性因子，前者控製後者，使人成為有倫理意識的人”，在極端條件的刺激下，派身上的獸性因子爆發，占主導地位，於是出現了違背倫理的殺人事件，實質上，派即是老虎，老虎便是派。
痛苦的倫理選擇後，派殺死了廚子，但隨即他意識到自己的行為與倫理相悖，內心備受煎熬，陷入了巨大的倫理恐懼中。派和老虎的對峙，特別是關於對付老虎的七個方案，隱喻了他曾經動了自殺的念頭。方案一，把老虎推下救生艇；方案二：給老虎注射嗎啡；方案三：用能找到的武器襲擊它；方案四：勒死它；方案五：毒死它，燒死它，電死它；方案六：消耗戰；方案七：讓它活著。這與其說是與老虎的鬥智鬥勇方案，不如說是派在麵對自己殺人後對內心的自我拷問：選擇自殺還是選擇生存。最終對生的渴求戰勝了對倫理的恐懼，派和老虎後來的和平共處實際上是他經過自我反省後達成的結果。世間沒有純粹的人，也沒有純粹的獸，隻有人和獸和諧統一才能達到自然界的和諧共處。
食人島上的池塘水幫助派實現了真正的倫理覺醒。此前的派雖有一點倫理自省，但由於遠離倫理社會，對生的渴望大過對倫理的恐懼，所以他又做出一些違背倫理的舉動，派描述說，在饑餓難忍時，出現了一座小島，上麵有水和食物，給他生命補給。關於食人島是否真實存在，很多細節證明這可能是派的幻覺。池塘的酸水和人的胃液有著相似性，小島的形狀和臥倒的人相似，這是對派在餓極之時，吃掉廚子屍體得以活命的隱喻。派回憶說島上的池塘很奇妙，白天裏麵是給人生命希望的淡水，但晚上卻是腐蝕生命的酸水，島上還有長滿人牙的蓮花，派對水的不同感知實質上表明他已開始了倫理覺醒。最終在本能的食欲與倫理道德的博弈間，他選擇了後者，最終離開小島，繼續海上的漂泊生活，這標誌著派的倫理覺醒，生的渴求固然重要，但不能將其置於有悖倫理道德的行為之上。