4.預算管理製度不完善，控製力差
管理層對預算管理重視不夠，預算編製缺乏科學性，編製赤字預算，預算項目粗而亂。如各部門編製預算盲目性很大，沒有根據實際工作重點合理安排預算項目。認為申報項目越多越好，但是，在預算執行分析過程發現有的項目在預算期內開支的很少，有的根本就沒有啟動。所以，導致預算資金占用和浪費，擠占了別的項目的經費預算，影響了學校總體規劃發展。另外，預算控製鬆懈，無預算或者超預算支出，正常項目開支不合規不合理等現象。雖然有些高校已經建立了比較完善的預算管理製度，但是由於對預算執行過程缺乏有效及時的監控，常常也會引起預算指標被突破的現象。
（四）內控監督體係不完善，監督效果不明顯
內部審計監督部門在高校管理高層裏沒有得到高度重視，監督機製給不給力，關係到整個學校內部控製製度的執行力和學校發展戰略目標的評價。高校內部審計部門是學校內控運行檢查監督部門，有些高校的內部審計監督部門形同虛設，沒有起到應有監控作用，原因是其管理職能受到學校高層權力的製約，諸多方麵沒有賦予獨立審計權力或者隻是作一些表麵的工作。如審計和紀檢兩部門一套人馬合體辦公，審計人員配備不夠，沒有專業審計人才，人員素質較低，後續教育又跟不上，隻能做些事後工作。如物資采購價格審核、工程量工程造價的事後審計，沒起到審計監督部門的應有作用。甚有的內審人員內控意誌力不強，職業道德、法律觀念意識淡薄做出假審，謀取私利，收受賄賂，損害學校利益的行為。
三、加強高校財務管理內部控製，提高管理效能對策
（一）建立和完善高校內部控製體製，必須創造良好和諧的內部運行環境
首先，高校管理層應當轉變觀念，樹立具有團隊協作精神、誠實守信和職業道德價值觀的理念。管理層應當保持有誠信行為和職業道德價值標準，排除一切淩駕於內控管製之上。以身作則遵守“遊戲”規則，在全體教職員工裏樹立起表率作用，降低他們的不誠信、違法和不道德行為動機。其次，管理層要教育全體教職員工從思想上明白內控管理不僅僅是學校領導、財務部門和審計部門的事情，更需要他們積極合作與廣泛參與建設和監督，樹立起全體性和全程性的內部管控意識。隻有這樣，財務內控管理製度才不會流於形式，才能真正發揮其應有的實質性作用，從而提高學校整體運行的管理效能。
（二）提高學校防範風險能力，加強其可控性
高校風險來自辦學和財務兩種風險。辦學風險是指高校在辦學過程中目標實現的不確定性，主要是由於辦學條件、教學質量和生源等問題而引發的風險。根據《普通高等學校基本辦學條件指標》和《監測辦學條件指標》的要求，高校在進行合格評估時各項指標值所必須達到最低的基本要求，否則，就有可能被受到處罰的風險。因此，提出以下應對措施：
1.加強招生宣傳和保障就業渠道
招生就業要堅持以實事求是的精神進行廣泛地宣傳，對學校各個方麵包括：學校辦學方向和規模，各專業辦學特色優勢，特別是現在嚴峻的就業形勢下學生未來的就業有哪些渠道、保障和優勢，這些都是學生和家長們最為關心關注的問題。學校有了生源的保證，學校的發展也就有保障。所以，學校應當高度重視招生宣傳和就業保障工作，穩定的生源是學校可持續發展的前提保證。
2.建立學費收繳責任製度，加強學費收繳的政策宣傳
高校收入除財政撥款外大部分是學費收入。欠費率高與低對學校發展有著重大的影響，學費收繳不僅僅是學校財務部門的工作，同時也是各教學單位的重點工作，更需要各部門之間的協同配合，從領導班子到普通教學員工都要層層落實，對學生繳費進行全麵的法理教育宣傳，要讓學生明白其享有受教育的權利和應履行交費的義務。對繳費確實有困難的學生要提供政策上的幫助，如提供助困獎學金、助學貸款，提供重點勤工儉學崗位。
3.加強經營性資產管理，提高管理的安全性和有效性
第一，建立和完善經營性資產營運管理製度，加大管理製度在管理者和經營者（主要是指承包者和聯營者）之間的宣傳力度。安排專人負責管理資產運行，使管理費和承包租金能夠及時足額上交學校財務，保證資產不流失。第二，加強對管理人員的法製教育和職業道德教育，提高管理人員的管理素質和管理能力，從思想上防範違法違規行為發生。第三，對經營性資產管理成效納入責任人的年終績效考評管理，明確管理人員在管理中享有的權利和履行的義務。第四，建立經營性資產管理的獎懲機製，對於管理上有顯著成效的給予獎勵；對有違法違規的，對經營性資產管理中存在失職行為的給予處罰或者移送司法機關處理。