2 生態環境與藥材種質的差異
與化學製劑的西藥完全不同，絕大多數中藥都來源於天然的植物、動物、礦物，受自然環境的影響較大。同時，不同地區的中藥材之間存在著種內或種間的差異。無論是生態環境，還是內在種質，均可以影響藥材的質量和功效——這是道地藥材形成的本質原因。
2.1 自然環境的差異 我國幅員遼闊，地跨寒溫帶、溫帶、亞熱帶、熱帶，地形複雜，溫度、日照、水分、土壤、海拔等環境條件相差懸殊，自然地理環境複雜多樣。不同的地域，適合不同的中藥材生長；同樣，不同的中藥材對生態環境有著不同的適應性。故古人雲“諸藥所生，皆的有境界”（南北朝《本草經集注》），“凡諸草木昆蟲，產之有地（金代《用藥法象》）”。隻有在最適宜的自然條件下生長出來的中藥材，質量才是最好的，療效也才可靠，即“土地之所宜者，則藥力具（宋代《本草衍義》）”，“所產之地，此乃其本生之土，故氣厚而力全（清代《醫學源流論》）”。
2.2 藥材種質的因素 不同產地的藥材既有可能是屬於同種生物的不同品種，也有可能是屬於不同種的生物，種質的差別導致其內質、性征、臨床功效的巨大差異。
如黃芪就有很多種，但以蒙古黃芪為上品。大黃也有很多種，馳名中外的西寧大黃和涼州大黃的來源是蓼科大黃屬掌葉組的掌葉大黃和唐古特大黃（雞爪大黃），非掌葉組的華北大黃、河套大黃等即使將其移栽到與掌葉大黃相同的生態環境中，亦絕對成不了大黃的道地藥材。藥用菊花，商品就有亳菊、滁菊、懷菊、川菊、杭菊之別[3]。
3 明清時期的社會發展
人類社會的任何事物都帶有曆史時代的烙印。在明清時期得到充分發展的道地藥材，亦是如此。
3.1 政治文化的影響與本草研究的深入 明朝實行文化專製的科舉製度，十分重視儒學教育，《明史·選舉誌》載：“無地而不設之學，無人而不納之教，摩聲序音，重規疊矩，無間於下邑荒徽、山隨海涯，此明代學校之盛，唐、宋以來所不及也。”[4]既從客觀上在民間普及了文化教育，又令許多空懷抱負的文人學士放棄仕途。清政府為加強統治，內政上采取高壓政策，文字獄一再發生，也迫使眾多的知識分子埋頭於文章考據之中。
這種大的政治文化背景下，反倒促使中醫界湧現出大批醫家。僅以福建為例，其中較著名的有明代的熊宗立、聶尚恒等，清代的陳修園、黃庭鏡、鄧旒、陳恭溥等。從規模看，明清是福建醫家總人數和儒醫轉換者最多的時期[5]。明清兩代研究藥物學的人甚多，各類本草著述計有30餘種，幾乎全係個人所編寫。規模之大和數量之多，較宋代不為遜色[6]。
隨著中醫學尤其是本草學的深入研究，藥材的應用也有了較大發展。如《醫學源流論》所述：“本草之始，昉於神農，藥止三百六十品……迨其後，藥味日多，至陶弘景倍之，而為七百二十品。後世日增一日。凡華夷之奇草逸品，試而有效，醫家皆取而用之，代有成書。至明·李時珍，增益唐慎微《證類本草》為《綱目》，考其異同，辨其真偽，原其生產，集諸家之說，而本草更大備。此藥味由少而多之故也。至其功用，則亦後人試驗而知之，故其所治之病益廣。”從而為道地藥材的正式確立打下了學術基礎。
3.2 經濟活動的繁榮與藥材交易的興盛 明清的經濟活動較前代更為繁榮。
明政府重農而不抑商，農業、手工業、商業的發展都超過了前代的水平。明中葉以後白銀的大量湧現最能體現明代經濟繁榮。清代以康、雍、乾三帝為“盛期”，其農業、手工業均得到了迅猛發展，城市商業更加繁榮。
商業的繁榮，促進了藥材交易的興盛發達，中藥材產量和運銷量隨之大增，藥材店鋪林立。至清代還形成了一些全國性的藥材集散市場，如河北安國、江西樟樹、河南百泉和禹縣等。藥材交易的興盛持續到清朝末年。鴉片戰爭（1840年）前後，西醫藥日漸傳入中國，中藥獨撐門戶的局麵被逐步打破，但晚清時期，中藥材生產和資源開發利用仍有較大的發展。當時的東北三省，以及河北、山西，內蒙古、江蘇、浙江、安徽、河南，湖北、廣東、四川、貴州、雲南、甘肅等地的中藥材生產仍具相當規模。
藥材交易的興盛、藥材市場的興起，還伴隨著藥商邦會的出現，藥材邦會組織各有特色，自成體係，一定程度上使得藥材生產更為完善、更切合臨床需要。醫家與患者對於優質藥材的需求，加之藥商對藥材品牌的宣傳推廣，直接導致了具有較大市場競爭力的藥材品牌——道地藥材的問世和欣欣向榮。
3.3 生產技術的提高與栽培炮製的發展 明清經濟的發展和人口的增長，導致藥材需求量的急劇增加。在前代藥材栽培傳統的基礎上，明清時期形成了大規模的藥材種植，栽培技術較前代有所發展。懷地黃，起初並不產於河南懷慶府，明代以後，才陸續引種於此。由於栽培技術的成熟，同時懷慶府的自然地理條件適合地黃的生長，使得地黃的栽培在這裏得到了很好的發展，並最終成為“四大懷藥”之一[7]。又如安徽亳縣產亳菊，其栽培曆史至少在數百年以上。山東嘉祥產的白菊就是在200年前由亳縣引入。以貝母論，浙貝在浙江鄞縣的栽培已近200年，平貝在東北栽培也近50年，川貝則以野生為主。400年前四川彰明縣就大量種植烏頭，因而彰明縣成為川烏的主要產地。300年前山西就栽培黨參，因而潞黨成為地道藥材。《農政全書》等著作中載有許多中藥品種的選育栽培技術知識[8]。