據了解，國家科技計劃經費在中央財政科技經費中占到一多半。如何讓中央財政資金真正用在體現國家意誌的科技計劃（項目、基金等）上，如何從根本上解決科技項目管理“九龍治水”、財政資金“天女散花”、科研項目多頭申報、科研人員“跑部錢進”、項目經費缺乏監督等一係列問題，直接關係到國家科技資源的配置和使用效率，也關係到創新驅動發展戰略能否順利實施。
“此次出台的《方案》的一大亮點，就是通過改革，推動政府科技管理職能的轉變。政府各部門將不再具體管理科研項目，而是轉到抓戰略規劃、抓布局、抓監督等方麵上來，對政府的管理職能做了清晰明確的定位。”趙路說，針對現有各類科技計劃（專項、基金等）存在的重複、分散、封閉、低效以及多頭申報、“碎片化”配置等現象和問題，此次《方案》提出的解決之策，就是對所有中央財政支持的科技計劃（專項、基金）管理體係進行“重構”——將我國現有的近百個各類中央財政支持的科技計劃通過撤、並、轉等方式，按科學規律進行優化整合成互不重合、條塊清晰的五大類，即國家自然科學基金、國家科技重大專項、國家重點研發計劃、技術創新引導專項（基金）、基地和人才專項。清晰定位各項科技計劃的邊界，更好地聚焦國家戰略目標，從而有效治理科研經費亂象，破除科技資源配置碎片化和科技項目取向聚焦不夠的痼疾。
簡單地說，構建新的科技計劃布局，就是要強化頂層設計，打破條塊分割、“九龍治水”的局麵，建立以目標和績效為導向的管理體製，最大限度激發科研人員創新熱情。
而推動政府科技管理職能的轉變、重構新的科技計劃體係的關鍵措施，就是“建立公開統一的國家科技管理平台”，這被權威人士稱為此次改革《方案》的“點睛之筆”。
據本刊記者了解，過去是30多個部門管理著90多個科技計劃（專項、基金等），管理方式是督導式的，條塊分割，橫向之間沒有協調，頂層缺乏設計統籌，故而長期存在科技計劃“碎片化”、多頭管理、重複申報、效率低下等問題，也為“跑部錢進”、權力尋租等不良風氣和腐敗現象提供了生存的空間。
有權威專家分析說，“科研經費貪腐的核心問題是權力問題。”從科研項目的立項，到具體執行、財政撥付、監督，都是科技行政管理部門在主導，基於行政和學術權力的科研資源分配，並不是按學術標準來配置，往往就有人情因素、權力交易等“尋租”腐敗問題出現。過度的行政化，必定會帶來權力尋租，因而腐敗嚴重。
《方案》提出，“建立公開統一的國家科技管理平台”，將“重構”後的5個方麵的科技計劃全部納入其中，並依托專業機構管理，政府部門從科研資金的具體分配和項目的日常管理中解放出來，不再直接管資金管項目，而是要管宏觀、管規劃、管政策、管布局，並監管專業機構的履職盡責情況。這將有效改變過去政府既當運動員，又當裁判員的局麵。這也是本次改革倒逼政府職能轉變的最大突破。