還有一個關鍵問題，李鴻章的北洋水師一開始的位置就不正。
按照正常的國家製度，洋務運動裏的各項工作都應該拆分開，修建工廠歸戶部，新式軍隊歸兵部，上麵由軍機處統一管理。但是當時的大清朝隻有少數官員熟悉西方事務，那些傳統部門裏的大臣辦不了洋務。所以辦洋務要單獨設立一個“總理衙門”，把所有事都統籌起來，歸有限的幾個洋務大臣去管。可這樣就導致一個洋務大臣他手下既管經濟，又管軍工廠，還能指揮部隊，手上的權力太大了，已經接近於當年的節度使甚至是真正的軍閥。
就拿李鴻章來說，李鴻章的正式職位是“直隸總督兼北洋大臣”。
“隸”是“隸屬”的“隸”，是“屬於”的意思。“直隸”是“直隸省”的簡稱，意思是“直屬於首都的地區”，也就是今天北京、天津、河北一帶。“直隸總督”就是這個地區的最高長官。
“北洋大臣”是總理衙門的下屬職位。搞洋務要和外國人接觸，而當時和外國人接觸的主要渠道是通商口岸，所以洋務運動的核心城市也是通商口岸。當時的清廷把全國的通商口岸分成南北兩個部分，南邊幾個港口的洋務工作歸“南洋大臣”負責，北方，也就是遼寧、河北、山東這一代的洋務事務，歸“北洋大臣”負責。甲午戰爭裏的主角“北洋水師”，指的就是隸屬於北洋大臣李鴻章手下的海軍。
為什麼說李鴻章在清朝末年十分重要呢？因為他這個“直隸總督兼北洋大臣”，相當於是把北京附近地區的新式工廠、新式軍隊、海關事務乃至朝廷的外交全都抓在了手裏。放到今天，大概就相當於“北京軍區司令兼黃海艦隊司令兼河北省省長兼華北地區工業部長兼外交部長”，整個華北地區的軍政大權、軍工大權再加上“裏通外國”的機會，全都在他一個人的手裏。不僅如此，還有一些國內省份的總督和他私人關係較好，他的親哥哥還一度擔任兩廣總督。說實話，李鴻章當時要是想造反，直接殺到北京推翻清政府都是有可能的，他的權力太大了。
在這種情況下，朝廷不可能完全放手讓李鴻章想做什麼就做什麼。政治鬥爭裏，親父子親兄弟還經常兵戈相向呢，李鴻章還是個漢人大臣，朝廷再信任也是有限度的。
北洋水師由李鴻章一手建立，軍艦是他聯係外國買的，官兵是他送出國培訓的，平時的訓練戰鬥是他主持的，所以北洋水師雖然名義上服從“總理海軍事務衙門”的管理，其實就是李鴻章的私人軍隊，隻聽他一個人的指揮。在這種情況下，北洋水師不可能得到朝廷的完全信任，也不可能無限製地找朝廷要撥款。
李鴻章要建立海軍鞏固國防，朝廷答應了。李鴻章要巨款購買外國先進軍艦，朝廷也撥款了。朝廷拿出家底來給李鴻章打造了一個屬於他自己的私人艦隊，這對李鴻章也夠意思了吧？現在北洋水師已經有了一大堆軍艦，其中主力艦甚至號稱亞洲第一，結果你李鴻章還伸手跟朝廷說：我們軍艦落後了啊 ，打不過日本啊，再給我一大筆錢我要換軍艦啊。朝廷憑什麼給你？
關鍵是，一支艦隊的裝備夠不夠，這是一個非常專業的判斷。以外行人的眼光來看，日本海軍有一堆軍艦，咱大清艦隊也有一堆軍艦啊。日本海軍有蒸汽鐵甲艦，咱也是蒸汽鐵甲艦啊。仗都沒打一場，我怎麼知道咱的艦隊是真不行呢還是假不行呢？
隻有軍事專家才能準確判斷北洋水師的裝備到底夠不夠。這個人必須熟悉新式海軍的戰術、戰法，熟悉世界軍事技術的發展趨勢，熟讀最新的海戰戰例，熟知外國各個艦隊的戰鬥實力，才能有個稍微準確的判斷。但是真正能具備這些素質的人在清廷隻有極少數，而且全是洋務派。而朝廷中負責撥款的，是傳統部門裏的軍機處、戶部，他們不可能知道北洋水師是不是真不行。他們大可以懷疑這是李鴻章以“打不過”為名義，找朝廷勒索來了。
因為北洋水師是李鴻章的私人部隊，導致李鴻章自己的處境也很尷尬。一方麵，他得告訴朝廷我們北洋水師還很弱，我得要錢。另一方麵，他還得告訴朝廷，朝廷撥下來的錢我沒有亂花，確實建立了一個強大的北洋水師。這兩種論調是完全相反的，讓李鴻章在和朝廷的交涉上很扭曲。清流派就常以李鴻章自己的話來擠兌他：你過去不是常說北洋水師很厲害嗎？那現在開打了，怎麼又縮了？
還不單單是朝廷懷疑李鴻章，各省督撫也要拆他的台。
太平天國後，地方權力被湘軍、淮軍係的漢人官員壟斷，這讓清廷十分擔憂。清廷的對策除了在朝廷中任用清流派外，還采用分而治之的辦法。在地方上刻意扶植不同派係的漢人將領。如左宗棠同李鴻章一樣出於曾國藩旗下，但是左宗棠和李鴻章政見不同，兩個人有許多矛盾，於是朝廷便重用左宗棠一係的湘軍。除湘軍、淮軍外，地方上還有其他一些漢人勢力，也被朝廷分別扶植。最早北洋水師的軍費是由各省分攤，但是地方獨立性強呀，那些和李鴻章不對付的省份，經常少交錢，所以北洋水師的軍費從很早以前就不足。
在“分而治之”的政策下，海軍也不能都交給李鴻章一個人。當時全國一共有北洋、南洋、福建、廣東四個水師。分別受北洋大臣、南洋大臣、閩浙總督和兩廣總督統轄，等於是四支互相獨立的部隊。廣東水師由李鴻章的兄弟掌握，因此在甲午戰爭中全力支持李鴻章，把三艘主力艦，廣甲、廣乙、廣丙借給了北洋水師。而其他兩支水軍為了自保、為了看李鴻章的笑話，都作壁上觀了。開戰後，朝廷曾數次摧調南洋水師，都被用各種理由推諉。
還有個可笑的事，甲午戰爭結束後，廣丙被日軍俘獲。結果威海衛的海軍官員給日方寫信說，廣丙原本是廣東的軍艦，“今回戰爭原與廣東不幹”，廣甲、廣乙、廣丙三艘軍艦如果都沒回去，我們“殊對廣東總督不住”，所以請您允許讓廣丙開回廣州。這就和第二次鴉片戰爭時，英法聯軍入侵北京的同時上海卻和英法合作一樣，清廷官員已經把南方諸省當成獨立的政權了。
相比之下，統一的日本是全國出錢，全國建軍。日本海軍原本分成作為主力的“常備艦隊”和負責沿海防禦的“西海艦隊”。為了對抗北洋水師，日方在戰爭前特意將兩支艦隊聯合到一起，組成“聯合艦隊”。清方分裂，日方聯合，實力此消彼長。
梁啟超說李鴻章在甲午戰爭中對抗日本人，是“以一人敵一國”。這話有些誇張，因為朝廷畢竟還是大力支援了李鴻章的。但也說出了甲午戰爭清軍戰敗的一個原因：從表麵上看，甲午戰爭是以龐大的清國對抗小國日本，其實是以李鴻章的私家軍隊對抗日本全國，清方的力量一開始就處於弱勢。
三
在近代史的論述中，常有人說“是因為慈禧太後要修頤和園，挪用了北洋水師的軍費，所以北洋水師才會輸掉戰爭”。其實和上述製度上的問題相比，修頤和園對北洋水師的影響並不算大。
修頤和園有一個政治大背景。
慈禧在打壓了奕訢後，掌握了朝廷大權。但是慈禧的權力有個漏洞：她掌權是因為皇帝年幼，不得不由皇太後垂簾聽政。可等到皇帝成人後，權力就應該還給皇上了。後來同治皇帝長大，慈禧找理由拖了幾年，實在是拖不過去了，才不得不把權力交了出來。可是同治感染上了天花病毒，在當時沒有治療的辦法，隻親政了兩年多就身亡了。
同治生病的時候，慈禧重新掌握了批閱奏折的權力。同治死時沒有兒子，也沒有立遺囑（到底是真沒立還是慈禧給掩蓋了，這就不得而知了），由誰繼位就由慈禧說了算。
當年同治要結婚的時候，慈禧和慈安都推薦了人選，結果同治選擇了慈安推薦的女子當皇後。換句話說，同治的皇後是慈安那邊的人。同治去世的時候，這個皇後已經懷孕了，當時就有大臣建議：咱應該等皇後生產後，如果生的是男孩，就讓這男孩繼位。慈禧就沒答應。
不算這個未出生的孩子，按照繼承順序，應該是同治平輩中最年長者繼位，但是這個候選人的年紀大到已經可以親政了，結果慈禧也沒有答應。最後慈禧力排眾議，選擇了後來的光緒帝繼位。因為光緒當時隻有4歲，離成年還很久，而且光緒的母親還是慈禧的妹妹。為了把關係理順，慈禧還把光緒過繼給鹹豐當兒子，這樣，慈禧就是光緒名義上的母親，才有資格繼續垂簾聽政。