包爾漢見到中共中央代表，十分高興，他即安排鄧力群住進自己家裏。第二天他就將張治中的電報交給陶峙嶽，並且和陶峙嶽達成和平起義的一致意見。
包爾漢不僅自己非常明確地表示，要堅決實行和平起義，維護祖國統一和民族團結，而且以自己新疆省政府主席的身份，對駐新疆的國民黨部隊、新疆上層分子、新疆各少數民族首腦人物做了大量工作。他當時已經56歲，仍不顧自己年高體弱，四處奔走遊說，做那些動搖不定者的工作，有時還將一些重要人物請到自己家中，徹夜長談，爭取他們對和平起義的支持。包爾漢很快就與國民黨在新疆的軍事領導人、新疆各少數民族頭麵人物、國民黨新疆地方政府上層人物達成了維護祖國統一、反對分裂的一致意見。
在爭取和平起義的工作做得差不多時，包爾漢於9月19日通過鄧力群電台致電毛澤東，全文如下：
毛主席：
解放軍勝利完成人民解放偉大事業，謹致無上之欣祝。經決意與國民黨反動政府脫離關係。茲已準備一切力量消滅反動勢力，接受領導，俾每一角落，共慶新生，以完成貴黨所領導的整個中國之解放。特電敬布衷忱，敬禮鈞鑒。
爾漢申皓叩
毛澤東收到包爾漢的電報後，十分重視，也十分高興，在與中央其他領導人商議後，即於四天之後，回電包爾漢。這封回電也是通過鄧力群電台轉到包爾漢手上的，全文如下：
包主席：
申皓電悉，極感盛意。新疆局麵的轉變及各族人民的團結，有賴於貴主席鼎力促成。尚望聯絡各方愛國民主分子，配合人民解放軍入新疆之行動，為解放全新疆奮鬥。特此布履，敬頌勳祺。
毛澤東 申梗
接到毛澤東的電報，包爾漢內心非常激動，他終於能在中共中央直接領導下工作了，勁頭也更足了。他按照毛澤東的指示精神，在進一步做好新疆和平起義工作的基礎上，於1949年9月25日與鄧力群一起，促成陶峙嶽通電和平起義。緊接著，包爾漢於26日即率新疆地方政府通電起義，新疆宣告和平解放。
加入中國共產黨
新疆和平解放之後，包爾漢受到中共中央的充分信任，仍然請他擔任新疆政府主席，並且多次邀請他代表新疆地方政府到北京參加全國性重要會議，參與對全國重大事務的討論。包爾漢在與中國共產黨領導人和許多黨員的接觸中，更加堅信，中國共產黨是中國工人階級的先鋒隊，是為中國人民求解放、謀幸福的政黨，是為了維護和發展中國各族人民的利益而奮鬥的政黨，是為中國絕大多數人服務的政黨。他在新中國剛剛建立時，就萌生了加入中國共產黨的意願，但當時中共中央新疆分局還沒有成立，他加入中國共產黨的客觀組織條件還不成熟。新疆和平解放後不久，中共中央建立了中共中央新疆分局，黨在新疆有了領導組織。這時，包爾漢向黨組織提出了加入中國共產黨的請求。
毛澤東、周恩來、劉少奇、朱德等對此非常歡迎也十分關心。1949年12月31日，經王震、徐立清介紹，包爾漢加入中國共產黨，中央立即委任他擔任中共中央新疆分局委員、常委。
1950年5月，包爾漢到北京參加全國政協第二次會議，住進了中央民委招待所。周恩來得知包爾漢已經到北京，立即請朱德、林伯渠、烏蘭夫等人和他一起到招待所看望包爾漢，令包爾漢十分感動。周恩來、朱德等見到包爾漢，就像見到老朋友一樣，和他傾心交談。談話中，包爾漢向周恩來彙報了自己20世紀30年代以來追求進步、探求真理的經過。周恩來聽後十分真誠地對包爾漢說：“你過去的曆史，中央是了解的。過去你同蘇聯的關係，是進步的。現在解放了，你已經加入了中國共產黨，今後要在中國共產黨的領導下努力把工作做好。”周恩來還高度評價包爾漢在新疆人民革命鬥爭中，在新疆和平解放中所做出的貢獻，勉勵他今後繼續為新疆的和平建設、為各民族的團結多做工作。
周恩來的話給了包爾漢極大鼓勵。從此之後，他更加努力按照共產黨員的標準嚴格要求自己，認真學習馬列主義、毛澤東思想和黨的路線、方針、政策，更加積極地參加民主改革、社會主義改造和建設，為建設民主、文明、團結、富強的新疆而努力奮鬥。
包爾漢入黨後，主要是從事領導新疆地方政府的工作。他在平時的工作和生活中，十分尊重黨委領導，在王震擔任中共中央新疆分局第一書記時是這樣，在王恩茂接替王震擔任中共中央新疆分局第一書記和以後擔任中共新疆維吾爾自治區委員會第一書記時還是這樣。他十分注重黨的團結，遵守民主集中製原則，維護集體領導，堅持貫徹黨的路線、方針、政策和黨委的決定。
上世紀50年代初期，包爾漢擔任全國政協副主席職務。由於工作需要，1955年2月新疆維吾爾自治區成立後，中共中央決定由賽福鼎擔任自治區人民政府主席，調包爾漢進北京工作。在此之前，周恩來和時任國家民委主任的楊靜仁一起和包爾漢談話。周恩來說：“我國的國際威望正在日漸提高，我們同伊斯蘭教國家的友好關係正在日益發展。為了做好這方麵的工作，需要調一個人到北京來。中央考慮認為你比較合適。你來北京住是否更好些？不知道你的意見如何？有什麼困難？”包爾漢立即回答說：“我是共產黨員，堅決服從黨組織的決定。黨把我安排在哪裏，我就在哪裏工作。”周恩來聽了連聲說道：“你的態度好，態度好，態度好！”於是，包爾漢辭別了朋友，離開新疆到北京工作和生活。