（二）關於高校治理結果缺乏考核標準的研究
目前我國高校教育評估體係主要由辦學準入評估、辦學監管評估、資源投入評估構成。它是促使我國高校快速發展的原因之一，對辦學方向起到了一定的引導作用，也提高了教職工的工作積極性。但是，該評估體係中評估指標的設置仍有待完善。王寰安（2008）認為在高校治理改革中，國家很難把握好控製與放權的程度，對高校的控製程度過高，會使高校辦學的積極性降低，不能靈活調整教學和科研工作來及時準確地向社會輸送所需要的人才；若放棄對高校的直接控製，隻通過教育評估結果來對高校進行調控，則可能對高校產生負激勵，同樣不利於高等教育的發展。
（三）關於高校預算管理方法的研究
《高等學校財務製度》規定：高校預算應包含學校的全部收支。很多高校至今仍沿襲多年以來的預算方法，對高校的籌資方式（如貸款資金、校辦產業資金和獨立學院資金等）並沒有納入高校的預算體製內，導致高校預算方法不具有科學性。劉濤（2012）通過研究發現：目前我國高校財務預算編製普遍以“基數+增長”為基礎的增量預算編製方法和編製人員“經驗+估計”原則進行，即以上一年的各項預算額為基數，按照一定的增長比例來確定本年度的預算額。這種方法雖然簡便易行，卻難以按照學校總體發展規劃要求進行預算編製。增量預算法雖然方便操作，但這種預算編製方法不符合公平效率原則，不利於調動各部門增收節支的積極性，造成教育資源的浪費。劉（2008）通過研究發現：高校現行編製預算是按照公曆年度，而學校的日常工作是按照學年來安排的，這使得預算的編製和高校的實際情況不符。當年9月份所收的學費收入不僅僅用於當年開支，而且要一直使用到次年8月底，其收入實際使用會計期間和預算核算期間存在差異。這種情況是預算編製者難以編製預算，決算者難以準確決算，增加了核算者、管理者監督和管理的難度。
（四）關於高校缺乏風險管理意識的研究
自1999年開始，我國逐步開展高校招生、教學等多方麵的改革。至2012年，全國普通高校招生數量已增加到688.8萬人，高校規模的急劇擴大意味著我國高等教育風險的不斷增多。高健（2011）以英國高等教育基金會對現代意義風險定義為基礎進行研究後得出：高校擴招、合並、辦學自主權加大等外部因素，雖然是導致高校風險的導火索，但是高校風險管理機製不完善才是引燃這一導火索的直接原因的結論。高健還對高校風險管理缺失原因進行提煉，認為高校主體缺位、內部控製不健全、風險評估與應對措施不健全和信息溝通渠道不暢是引起高校缺乏風險管理意識的原因。
基於以上總結，可以看出：目前的高校治理問題突出表現在高校領導集權、高校治理結果缺乏考核、高校預算管理方法不合理和高校治理缺乏風險管理意識等方麵。
四、高校內部審計監督問題研究
中國內部審計協會指出：高校內部審計是指高等學校內部審計機構和人員通過對學校與資源利用有關的業務活動及其內部控製的適當性、合法性和有效性的審查，並進行確認、評價、谘詢，旨在促進完善管理控製、防範風險、創造效益，從而促進學校事業目標的實現。在高校內部審計問題研究上，高校校長的權力運行監督、專項審計考核指標、預算審計和風險管理審計等問題均引起了眾多學者的關注。
（一）關於高校校長權力運行缺乏審計的研究
著名教育學者熊丙奇曾說：“高校腐敗的根源性問題是教育行政化，這表現在兩方麵，一是政府用行政的方式管理學校，把學校變為一級政府，學校沒有辦學自主權，校長首先是官員而不是教育家；二是學校內部也采取行政治理方式，行政權、教育權、學術權不分，行政權力過大，行政機構臃腫，學校不能按教育規律辦學。”郭宏（2007）通過研究發現我國的行政權力和學術權力嚴重不平衡，行政權力高度集中在校長和黨委書記手中，教授的學術決策力受到限製。
（二）關於專項審計考核指標的研究
近幾年，隨著內部專項審計範圍與力度的不斷加大，高校問題越審越多，專項審計結果的質量受到廣泛質疑。劉家義審計長於2010年7月答《學習時報》記者問時指出，“實事求是地講，屢審屢犯的問題確實存在”。因此，通過建立專項審計考核指標，改善高校專項審計結果的執行情況，提高高校審計質量值得研究。胡明友（2007）認為：科學考核和評價審計工作是提高審計質量的重要內容。要提高審計質量就必須建立健全一套審計質量檢查和考核指標體係，以便全麵正確地考核審計質量。通過檢查、考核和評比，可以了解審計工作的質量，總結和掌握有用的審計信息，改善和提高審計部門和人員管理和業務水平，深化審計工作，最終提高審計工作質量。
（三）關於預算審計的研究
楊毅（2012）以高校全麵預算管理理論為基礎，界定了高校預算執行審計的範圍：包括校內涉及預算經費核撥使用的各級部門、學院或中心資金。石勉（2010）通過研究高校開展預算執行績效審計的必要性發現：高校內部審計工作主要停留在財務收支準確性審計上、內部審計偏重於事後審計，並且內部審計人員在形式上和實質上都缺乏獨立性。這些原因都嚴重影響了高校預算審計工作的效率和效果。
（四）關於風險管理審計的研究
張佳春、陳月圓（2009）認為：高校風險管理的有效性在一定程度上取決於高校對風險管理工作的監督與評價。因此，內部審計部門作為高校專司監督職能的機構，在高校風險管理中扮演尤為重要的角色。李娟（2013）從高校內部審計獨立性不足、高校風險意識淡薄和高校審計技術手段落後三方麵研究高校風險管理審計執行不力的原因。
綜上，高校內部審計問題主要表現在缺乏對校長權力運行的監督、專項審計考核指標缺乏、預算審計執行不力和風險管理審計不足等方麵。可見，高校內部審計暴露的問題與高校治理問題緊密相關、相互對應。