2.枸杞良種繁育工作滯後
由於枸杞在良種選育、苗木繁育等基礎工作方麵缺乏技術和資金投入，在大麵積開展枸杞種植方麵存在較大難度。按2012年苗木價格，精河落地成本價每株1.5元，且長途調運和物候差異（寧夏物候期較精河早20-30天），苗木成活率低，還易攜帶新的病蟲害，新建和更新枸杞園成本達到每畝600-800元從而提高了生產成本，製約了枸杞品種更新和麵積的不斷擴大。
3.枸杞加工產品轉化率及附加值較低
目前，精河縣從事枸杞深加工業的企業僅有兩家，分別是新疆鴻錦枸杞實業有限公司和新疆精杞神枸杞開發有限責任公司。從事枸杞加工業的企業有精河縣紅潤枸杞開發有限公司、精河縣永業枸杞開發有限公司和精河縣龍鳳枸杞開發有限公司等數十家公司。近年來，精河縣加大科技投入，重點扶持枸杞深加工企業，枸杞加工產業取得初步成效，雖然開發了枸杞酒、枸杞蜂蜜、枸杞濃縮汁、枸杞飲料、枸杞油、枸杞果醬、枸杞紅色素、枸杞粉膠囊、枸杞多糖和枸杞花粉等三十餘種深加工產品，但精河縣至少80%枸杞的加工方式主要為晾曬、烘幹、分揀等簡單的操作流程，產品科技含量普遍較低，產品附加值難以提升。由於枸杞果品加工轉化率低，因而對枸杞產業的拉動作用不明顯，產業的發展過度依賴枸杞幹果的行情，抵禦風險的能力不足。
4.缺乏龍頭企業
精河縣現有枸杞產品深加工企業2家，枸杞加工企業數十家。多數企業負責人是從過去的農民或枸杞商販等轉變而來，不甚懂得企業經營管理和市場營銷，與國際貿易的要求差距很大，不能適應國際貿易的要求。從而造成多數枸杞加工公司規模相對較小、經濟實力不足、管理模式和經營理念落後，加工能力較低，缺乏全疆著名甚至是全國著名企業，帶動其他企業共同做大做強。此外，多數小型枸杞加工公司經營者抱著小富即安的態度，缺乏將企業做大的勇氣。
三、精河枸杞產業發展對策
1.多措並舉抓好枸杞原料質量關
一方麵加大綠色和無公害枸杞的推行和宣傳力度，通過電視專題片、收音機、短信平台、報紙和宣傳單等方式，全方位、多角度的對綠色枸杞和無公害枸杞進行講解，讓老百姓知道無公害枸杞與普通枸杞區別在哪，價格差距有多大。讓他們從內心上接受綠色枸杞和無公害枸杞。另一方麵構建枸杞產品質量安全體係。通過枸杞烘幹、色選、分級、殺菌、揀選等高科技設備的引進，將各項先進技術應用到實際生產工作中去，以提高精河枸杞的質量。建立精河枸杞產品質量安全標準體係、質量檢驗檢測體係、質量認證體係、市場準入體係以及質量安全信用體係等，實現精河枸杞質量標準與國際、國內標準接軌，逐步使精河枸杞生產和加工過程進一步規範化和標準化。
2.切實抓好枸杞良種苗木的繁育工作
枸杞要發展，科技為基礎，資金做保障，良種栽培要先行。根據精河縣以往栽種成活率來看，從寧夏引進苗的成活率要低於本地培育苗20個百分點左右，培育相同數量的枸杞新苗，從寧夏引進苗的工作量要遠大於本地培育。此外，本地培育苗一旦培育成功便可大規模投產，而寧夏引進苗除去生長勢相對較弱外，還要考慮很多其他因素，投產延後。因此，盡快設立當地枸杞良種苗木培育基地並規模化生產才是抓好擴大枸杞種植規模工作的首要任務。一是要重視良種采穗基地的建設。選定三年生以上、十年生以下，性狀表現優良，整齊一致的枸杞園作為良種采穗基地，給予農戶以適當的補償，結合冬季修剪采集良種穗條，實現在當地采集種條。二是在造林補助資金的使用上，要優先補助使用良種苗木建園的。