1953年12月，聯合委員會分別送出一封信，給聯邦調查局以及“原子能委員會”，信中依次列出奧本海默的罪行，部分內容如下：
在1939年至1942年間，奧本海默是位相當強硬的共產黨員，他不是自願就是受指示將資料透露給蘇聯，從事間諜活動。更可能的是從1942年起，他就是一名間諜！
更可能的是從1942年起，他就在蘇聯的指示下影響美國在軍事、原子能、情報及外交上的政策。
這份國會新的調查報告，不僅破壞了奧本海默的名聲，也損及“原子能委員會”的威信，路易·斯特勞斯立即采取行動，阻止參議院展開調查。
從1953年聖誕節起，斯特勞斯下令不準奧本海默得知核武器發展的任何最新消息。另外，原子能委員會也根據聯合委員會的報告準備對奧本海默進行起訴。如果指控屬實，“叛國罪”成立，那麼奧本海默將被剝奪接近國家核機密的權力，也不準參與任何相關的政府研究工作。
在起訴開始之前，原子能委員會官員私底下要求奧本海默辭去“全國性顧問團”主席一職，當他拒絕辭職時，委員會主席斯特勞斯就要求展開秘密起訴。
他在給斯特勞斯的信中說：“你認為，我請求原子能委員會終止我的顧問合同也許會是個皆大歡喜之舉，因為那樣會蒙混過關……我認真考慮了這個選擇，但是，在目前情況下，這樣做就等於我承認了自己不適合為政府服務的看法，而我到現在已經差不多幹了12年。如果真不稱職，那我就不會在這個位置上工作這麼長時間，也當不上普林斯頓研究院的主管，也不會在眾多場合代表我們的國家和我們的學科發言。”
整個聽證會以審判的形式由1954年4月5日一直進行到5月6日。奧本海默的審判過程和一般美國法庭的審判有一些特別不同的地方。
第一，一般審判是公開的，但他的審判卻秘密進行，一直到《紐約時報》在4月中旬發掘出來，才改以公開方式進行。
第二，一般審判的被告律師有權看任何原告律師的資料，但在奧本海默的案子，一些對他不利的證據卻以國家安全為理由不準他的辯護律師過目。
第三，很多對奧本海默不利的證據，都來自一些匿名的消息，以及非法的電話錄音內容，這兩項在一般審判中都是不被接受的。
1954年6月 28日，因為奧本海默的遠見才得以存在的“原子能委員會”竟投票通過剝奪奧本海默的國家安全許可權。
在這項判決的最後一條，委員會判定羅伯特·奧本海默“人格偏差、不夠深謀遠慮、極具危險性、與顛覆分子相勾結”，因此不再適任公職。
奧本海默的間諜罪並未成立。他的主要罪行反倒是他莽撞及傲慢的個性，以及他在1945年至1950年間反對氫彈的研發。總而言之，奧本海默的權力運用已近尾聲，美國政府再也不需要他的意見及谘詢服務了！
麥卡錫主義的餘威
20世紀50年代的反共熱潮，有時也被稱為“麥卡錫主義運動”，是根據在這次反共運動中最重要的一位威斯康辛州參議員約瑟夫·麥卡錫來命名的。除了奧本海默之外，也有不少人因此斷送前程。
他的弟弟弗蘭克亦遭受很多打擊，在他以前的共產黨員身份被公開後，他在明尼蘇達大學教書的工作就保不住了，之後，在一直找不到物理研究或教學工作的情況下，他在科羅拉多州買了處牧場安定下來，過著平靜的生活。但他的學曆及知識卻因此浪費了！
在戰後10年內，奧本海默以前的學生大衛·波姆、羅西·洛曼尼茲以及伯納德·彼得斯，全都在聯邦調查局以及美國國務院的黑名單上。跟著奧本海默到普林斯頓工作的波姆在1949年被判藐視國會，因為他拒絕前往國會的反美活動委員會去為他的過去辯證。
被免除普林斯頓大學教職後，波姆前往巴西聖保羅大學任教，那是當時唯一提供工作給他的地方。之後，他又曆經千辛萬苦才得以前往英格蘭教書。