他在戰時突出的表現，使得他的個性又“死灰複燃”，也就是他自稱的“劣根性”，對人那種傲慢、愛答不理的態度。這個他一輩子也改不了的個性到後來成了他喪失權力的一根導火線。
有些批評是由於他在擔任顧問委員主席時所作的決定而造成，第一個問題源於第二次世界大戰剛結束時。
在那時候，愛德華·泰勒和一小部分科學家仍留在洛斯阿拉莫斯，埋首於名為“超級炸彈”的氫彈，氫彈的威力，可以設計成比“小男孩”或“胖子”炸彈更強百倍，甚至千倍。然而，盡管他們努力不懈，研究進行得並不順利。
他在奧本海默離開洛斯阿拉莫斯前，要求研究室能支持他的“超級炸彈”研究工作，卻遭到奧本海默一口否決。
奧本海默的否決，深深地傷害了泰勒。奧本海默認為該做的都已做了，留在洛斯阿拉莫斯隻是在浪費時間罷了！
沮喪且深受打擊的泰勒在1946年離開洛斯阿拉莫斯，接下去的兩年裏，他一直留在芝加哥大學教書。直到他在1948年又回到洛斯阿拉莫斯，重新開始他這個心愛的研究。
很顯然地，奧本海默相信在洛斯阿拉莫斯的研究工作應該專注於改善較簡單的分裂式炸彈上。
1947年7月，美國政府隻擁有13件核武器。在奧本海默看來，在核武器數量仍嫌不足的情況下，政府應該全力提高產量，而不是分散力量在研究其他炸彈上。
對奧本海默手下大多數的科學家來說，他的意見單就科技的觀點來看是十分有道理的，不過，從一個十分“政治化”的角度來說，他仍飽受批評。
堅決反對軍備競賽
在第二次世界大戰結束之後，蘇聯開始在其所控製的東歐境內國家裏，推行共產主義民主製度，並且推翻原有的民主政府以共產政權取而代之。
另外，蘇聯也公開發表聲明，聲稱支持英法殖民地的任何共產黨及左派活動。
對於這種對美國及其他西方盟軍的軍事挑戰，美國境內的政治家們開始心存警戒，憂心忡忡。
於是對戰前和共產黨或任何激進政治活動有關聯的個人或團體，都積極地展開了強有力的政治反擊。
在對蘇聯歇斯底裏的反應中，還夾雜著恐懼。這便是：唯恐蘇聯研製成功原子彈。
奧本海默和其他洛斯阿拉莫斯的科學家們開始對政府官員上交簡報，評估蘇聯研製原子彈的可能性，其中包括杜魯門總統。
結論是美國根本無法阻止蘇聯，蘇聯研製成功隻是時間的遲早而已。
根據戰後的評估顯示，蘇聯大概還需7年至10年的時間才有辦法開發成功，也就是說，美國還可以獨享核武器的秘密到1953年或1954年。
因此，當蘇聯在1949年9月23日引爆了它的第一顆原子彈時，美國和其他一些國家都感到十分震驚。
蘇聯的第一顆原子彈，由斯大林命名為“喬依一號”。
第一次蘇聯的核試爆也引起了美國民眾的強烈恐慌，並加深了他們慣有的反共情緒。
特別是一些右派的政治家們更是開始灌輸一個觀念，那就是美國是被自己的人給出賣了。
另外，國會的委員會亦開始調查一般美國人及公眾人物的政治信仰。
這些國會團體中，最激進的就是眾議院中的“非美活動委員會”反共機構。這個委員會開始調查於第二次世界大戰前後時期，在伯克利厄尼·勞倫斯的回旋加速器實驗室中相當出名的共產黨活動。
由於奧本海默曾經和實驗室裏的年輕科學家們交往頻繁，他就很自然地成為重點調查對象。
1949年，“非美活動委員會”的調查員傳喚奧本海默作證。委員會也對奧本海默的弟弟弗蘭克十分有興趣，他在一份銷路頗廣的報紙報道中更透露出他自己永遠是共產黨員的身份。
大戰期間，弗蘭克在田納西州的精鈾製造廠工作，該廠產品主要是提供給三一基地的核研究使用，對許多議員來說，這可真不是什麼利好消息。恰恰相反，這個消息更令人大為不快。
一開始，奧本海默的作證還進行得十分順利。
想必是這些國會議員也折服於他的名聲之下。委員會中的一位助理說，委員會“並不想為難你”，又說，“你的忠誠記錄，還會有格羅夫斯將軍出麵擔保”。
委員會成員接下去又問到奧本海默以前的學生——羅西·洛曼尼茲以及其他認為可以聯想到的人。
然而，奧本海默盡力地為大多數人辯護著，除了伯納德·彼得斯外。他認為，彼得斯這個人太過激進，不足以委任任何政府的機密工作。
他對彼得斯的指控，激怒了許多他在伯克利及其他地方的朋友、同事，並使他與在30年代參與激進政治活動時，所結識的許多朋友的友誼關係畫下了永久的休止符。
接下來，委員會又問奧本海默有關他弟弟在共產黨內的活動。
對這一點，他則提出了一個大膽的要求。他說：
“主席先生，我請求你們不要逼問我有關我弟弟的問題；如果這些問題真的很重要，就請去問我弟弟他本人。如果您非要堅持來詢問我，我仍會據實地來回答。但是，我還是想在此提一個要求，請你們別問我這些關於我弟弟的問題。”
最令人不可思議的是，這個以絕不接受任何證人意見出名的委員會，這次竟然一改常態，一致同意奧本海默的意見。
在圓滿地結束這場對全國最受尊崇的科學家之一——奧本海默的質詢後，多位議員，其中包括來自加州的理查德·尼克鬆，均公開地讚揚了奧本海默。
根據在場的一位“原子能委員會”律師說，奧本海默當時是“令全場的議員為之傾倒”！
奧本海默在此次“受審”的下一個星期，又出席了另一個國會委員會。這次他的主要任務是為另一項技術事件作證，他又再次作了一場不同凡響的公開演講。
在這次聽證會上，他展露出自己超乎尋常的口才，以及為他樹敵無數的、天生的諷刺態度。