八金剛界曼荼羅
大凡佛菩薩之繪像，任舉一尊，皆以表大日如來一門之德，其為具足大三法羯四種曼荼羅也，自不待論。但普通所謂曼荼羅者，多指其依一定形式而繪多數菩薩者而言。若尊勝曼荼羅、請雨經曼荼羅、星供曼荼羅，種類繁多，尊形各異。其稱為密教根本曼荼羅者，則金剛胎藏兩部曼荼羅是也。
金胎兩部之所由區別，殆由觀察方麵之不同，蓋自心之圓具萬德也。在眾生不滅，在佛不增。說此為法爾之理。本來具有之相者，為胎藏界，故此曼荼羅亦可稱為本有曼荼羅、理曼荼羅、因曼荼羅。
如來無邊智慧，悉與真理冥合。示此觀照之智之差別相者，為金剛界。此雖佛智，亦非眾生所無，至佛果而始生也。固亦為本有，然在金剛界則以顯佛果上之智的差別。故金剛界曼荼羅，亦稱修生曼荼羅、智曼荼羅、果曼荼羅。
密教之以金剛為譬喻也，取其二義：一曰自體堅固，一曰業用銳利。如來智慧之德，能摧破惑障以證實相之理，其堅固銳利，有如金剛。界有差別與性德二義，差別者對胎藏而雲差別，又此堅固稅利，皆是本具之性德，故稱為界。
《廣本金剛頂經》，具說十八會之曼荼羅。現圖所列者，僅其九會。蓋傳法阿闍黎拔出圖之也。中央之會名成身會，示行者依於五相三密之觀行而成佛之相，故有此名。是為第二以下諸會曼荼羅之總體，故亦名根本會。三十七尊，色相莊嚴，即大曼荼羅也。第二三昧耶會，示成身會諸尊之內證本誓。第三羯磨會，此會諸尊皆住三股金剛杵中。三股表事業成就義，故曰羯磨。諸尊入金剛杵中，其相微細。心佛眾生差別不可得故，即是法曼荼羅也。第四供養會，諸尊皆捧其三昧耶形於蓮華，以供養心王大日如來，故有此名。以供養為事業故，即羯磨曼荼羅也。以上四會，示大三法羯之四曼各別而二之法門也。然四曼本相互融會而不離，為顯此義，故會四曼於一處而為四印會。四印會者，合四種曼荼羅於一處也。雖會四曼於一處，然菩薩尚具各別之相，次之一印會，則四曼之別相。悉歸於一實相之極理，故此會惟列大日一尊。
金剛界九會之圖羯磨會三十七尊之圖
以上六會，皆以大日如來為中心，是為自性輪身之曼荼羅。大日者萬有之自性，本地之佛體，故名自性輪身。
次之理趣會，是以金剛薩埵為中心之曼荼羅。金剛薩埵者，大日化現菩薩之身，以正法廣濟眾生者也，是名正法輪身。此會所顯之理趣，在不改吾人欲、觸、愛、慢四煩惱之麵貌，而直化為菩提之眷屬，最顯著說明凡夫即佛之深理者也。
大日如來雖以正法輪攝受眾生，然如大自在天之剛強難化者，非寂靜之法門所得度。故不得不化現忿怒之降三世明王以調伏之，使其服從教令。凡明王皆為教令輪身，故降三世之羯磨會及三昧耶會，均為教令輪身之曼荼羅。
普通所雲三世者，謂過去現在及未來也。此處之三世為三毒三界之意，蓋退治貪嗔癡之煩惱，降伏欲界色界無色界之迷妄，使成正覺，故名降三世。此降三世明王足踏大自在天與烏摩妃，此二天者，煩惱障與所知障之人格化者也。前者有妨涅槃，後者有妨菩提，非摧斷之，不能成佛。此兩會尊數略同。第八會為大曼荼羅，第九會明前會諸尊之忿怒本誓者也。
如以上之說明，自大日如來垂跡為變化等流諸身，以化濟眾生，所謂從果向因之順序也。亦可逆而上轉，以說明行者修證之階段，則為從因至果之順序。蓋真言行者既發無上菩提之心，必先降伏三毒，斷除二障，示此意趣者，降三世三昧耶會及其羯磨會也。以上二會，以三毒為可除，以二障為可斷，視煩惱與菩提，猶有隔執，是未悟以前之見解也。既已悟達，則欲、觸、愛、慢之煩惱，即是本不生之功德。顯此真理者，是為理趣會，行者已得究竟之悟境，不特自身與大日如來一致冥合。即一切諸尊，亦皆攝入此中，故為一印會。次從大日一身，出現四佛，圓滿五智卅七智等，蓋即開發成佛之位之智德，而為無邊智智，所謂自身流出無量眷屬者此也。此等曼荼羅會之諸佛菩薩，有供養之業用，有說法之語言，有本誓之意誌，有相好端嚴之身體，故自四印會以迄成身會。而究竟佛果之說明，於以完全。
九會諸尊之總數，凡千四百六十一尊。常所稱說之卅七尊者，中央成身會之主尊也。此會以大日如來為總體，住中央月輪中。其旁有金剛波羅密、寶波羅密、法波羅密、羯磨波羅密四菩薩，為大日之四親近。阿等四如來，住四方月輪中，為大日之四大眷屬，蓋總體中之別體也。此別體又各具有四眷屬，即阿之旁，有薩、王、愛、喜四親近菩薩。寶生之旁，有寶、光、幢、笑四親近菩薩。彌陀之旁，有法、利、因、語四親近菩薩。不空成就之旁，有業、護、牙、拳四親近菩薩。所謂十六大菩薩也。次有嬉、鬘、歌、舞四菩薩，為四佛所現以供養大日如來者，稱為內四供。又有香、華、燈、塗四菩薩，係大日現以供養四佛者，稱為外四供。以上皆自證之德，再有鉤、索、鎖、鈴四攝智菩薩，配置四門，以攝化一切眾生，為化他之德。蓋如以鉤召眾生入於佛界，以索引之，以鎖係之，以妙音令其歡喜而不複流轉也。
十六大菩薩為慧門之尊，皆屬男性。除主尊之五如來亦男性外，其四波羅蜜八供養四攝智諸菩薩，均為女性，以表定慧均等，故其數亦為十六。
九胎藏界曼荼羅
胎藏曼荼羅，為大日經宗之法體，本名大悲胎藏生曼荼羅。胎藏者，含藏攝持之義，謂本有之菩提心，具足無量功德，而未即顯現。如嬰兒之含育於母胎，故名胎藏。自此本有菩提心，隨十界眾生類而發現種種之相狀。凡此發生顯現者，不外大慈大悲之作用。故名大悲胎藏生曼荼羅，其不雲胎藏法而雲胎藏界，蓋準金剛界而言，非正名也。
胎藏曼荼羅，有經疏所說與阿闍黎所傳，種種不同。今所稱兩部現圖曼荼羅者，皆惠果和尚命李真圖繪以授弘法大師者也。此圖之胎藏界凡四百十四尊，共分十二院，左右三重，上下四重，本為十三大院，茲以四大護院攝於四門相向守護之天。其圖如次：
胎藏十二院之圖中台八葉院之圖
中台八葉院，為胎藏曼荼羅之根本總體，即以表眾生之心識。大日如來者，第九庵摩羅識。寶幢者，第八阿賴耶識。開敷華王者，第七末那識。阿彌陀者，第六意識。天鼓雷音者，前五識。此五佛心王，為一曼荼羅之總體。其外三重之諸尊，皆自此流出之心所法也。吾人之心識，即是五佛，是以可雲凡聖不二。而庵摩羅識又為賴耶等識之總體，是以四佛悉為大日之眷屬。然其對於外三重之諸尊，又為本地之佛身也。因位之九識，即本有之五智。五智為本有之果，對此本有之果之本有因行，即普賢文殊等之四隅菩薩也。八葉蓮華，以象眾生肉團之心。赤色為慈愛之色，彼金剛界為智慧門之曼荼羅。智以照了為義，故諸尊所住月輪皆白色，而此為赤色。
遍知院亦名佛母院，其中央有三角形，名一切如來智印，以表降魔之義。十方三世諸佛成就遍知之德時，無不降伏四魔乃成正覺，故以此智印及大勇猛菩薩佛眼佛母等表三部五部之能生。
持明院亦名五大院，明即真言。此五尊為總持明咒之王，故中央般若菩薩為大日正法輪身。以攝受之德持明，不動降三世大威德勝三世之四明王，為教令輪身。以折服之德持明，此院雖顯攝受折伏二德，而以攝受之德為本，故以般若位於中央。中台之右有蓮花部之觀音院，其左有金剛部之金剛手院，蓋以表大日如來大悲大智之二德也。不具慈悲之智慧，非真智慧。不兼智慧之慈悲，非真慈悲。為顯悲智之相須而不可離，故以二部分配於中台左右，其尊數位置，兩兩對照，義極顯然。然觀音既在八葉院，茲複列觀音者何也？中台八葉皆屬自性法身，為顯教化眾生之本誓而漸次外出，是故外三重亦有文殊普賢等尊也。
地藏院與除蓋障院，亦為相對之法門，分主悲智。或謂觀音院與金剛手院為悲智之體，此二院者為其所起之作用。
釋迦院表大日如來方便攝化之德者也，蓋在中台則為成所作智之天鼓雷音如來，自此智流出而為說法教化之作用，是為方便。釋迦如來共有三重：(1)中台八葉之天鼓雷音如來，如釋迦之自性身，與大日不二一體者也。(2)釋迦院中之釋迦為變化法身，住於法界宮，對於密教之機說密教，為樹下成道之釋迦之本質。(3)菩提樹下成道之釋迦，專對不堪聽聞密法之徒，說三乘一乘之顯教，然即此釋迦。有時對於能聞密教之徒，亦說密教。蓋非離釋迦院中之釋迦而別有其體也，為顯一佛二用。故舍利佛目犍連等二乘之人，亦列此院中。
文殊院為自中台之智德所開出者。前述之金剛手院，雖為大智之德，然彼為本有之智、寶相之智，此為修生之智、觀照之照。且智德與福德不可偏廢，故此院與虛空藏院，亦為相對法門。文殊兼福德而以智德為本，是以振智劍，斬戲論，視眾生根機而為說法也。虛空藏兼智德而以福德為本，是以左持如意寶珠，而在金剛界則為寶部之尊也。
蘇悉地院與虛空藏院，有相通之關係。蘇悉地譯意為妙成就，虛空藏表萬德圓滿之果體。此則自其果德出生之大悲利他之行，即其果德之作用。
外金剛部院，位於曼荼羅之四方。天神外道畜生餓鬼，無不包括。蓋十界之當相不離，而宛然即真實道，殆具體的以表示“煩惱即菩提”“娑婆即淨土”也。
要之胎藏諸尊之德用，皆為對於大日之理之說明。而大日如來者，實為本來眾生心中所具有。自中台之佛菩薩平等流現，以至於外道惡趣，亦無所漏，故或稱胎藏為十界本具之曼荼羅。
胎藏諸尊，概可分為三部。即十二大院之中央一行為佛部、觀音院地藏院及北方之外部為蓮華部、金剛手院除蓋障院及南方之外部為金剛部，胎藏界以化度利生為行相。故以三部顯如來大定大智大悲之三德，在金剛界則加入寶部羯磨部而為五部。寶部者，顯諸佛之福德無邊。羯磨部者，顯利生之事業成辦。金剛界轉九識而成五智，為除障成佛之儀式，是故建立五部。而大日阿等五佛，各為五部之部主。三部五部之不同，不過開合之異而已。
十兩部不二
密教之原理，自兩部曼荼羅而成立。金剛界者智差別之法門，胎藏界者理平等之法門也。無論何物，不外差別平等之二種觀察，如彼春日之山。以差別之眼見之，桃也、柳也、草木也。為山上所附種種植物，以平等之眼見之，則但為青青之山色耳。此信心。信心者，信菩提之可求也。佛果之內容，如前章所述，概括言之，則自心本自具足無量之功德。佛與眾生，平等無二。吾人首當深信者，即此凡聖不二之理。雖雲凡聖不二，而事實上不免凡聖之差別者何也。吾人無始以來，為無明煩惱所覆，造業受苦，無有窮期，惟不自覺悟故。斯名凡夫，能覺悟者即為佛陀。聖凡之分，在於迷悟。因果曆曆，不爽絲發。既深信凡聖不二，與夫迷悟因果之不虛，而決欲從凡以入聖。若無適當之方法可循，則其願望亦托空言耳。三密之妙行，為如來內證之境界。但能如說精修，頓證菩提，有如操券。所謂大悲為根本者，不外以大悲為立腳點，勤修三密，以積累種種功德善根，而成佛之方法備矣。是知信心不可缺之要件有三，即信凡聖不二，迷悟因果，以及三密之法門也。
上述三者，均為信心之對象，即所信之境也。釋摩訶衍論又就此能信之心，舉其十義：一澄淨之義、二決定之義、三歡喜之義、四無厭之義、五隨喜之義、六尊重之義、七隨順之義、八讚歎之義、九不壞之義、十愛樂之義。其一一之說明頗繁，茲不具列。
菩提心論分菩提心為三種說明，即行願心、勝義心、三摩地心，與弘法大師所分之後四種相當。
行願心者，憐湣一切眾生之大悲心也，弘法大師加以說明雲：“觀法界無緣一切眾生，猶如己身。所以然者，善人之用心，先他後己，又達觀三世，皆是我四恩，非我誰能拔濟？是故發此大慈大悲心，大慈能與樂，大悲能拔苦。拔苦與樂之本，不如絕源。源之本，不若授法。”
勝義心者，即屬舍劣得勝之心。吾人雖欲濟拔眾生，而方法多途。就一佛法之中，亦不無大小淺深之別。要當以真實之智慧，精密簡擇，惟取最上究竟教法，以達上轉進趣之目的。即就道理與境界，選取殊勝之義也。
梵語三摩地，為靜心專注一境入於無念無想狀態之意，亦即禪定波羅密也。一切眾生，本來具有與佛平等之佛性，而蔽於煩惱，不能如實見之。如來特垂方便，使其於內心中觀想月輪，是為三摩地心。晦朔之間，月影微茫，日複一日，其光漸增，至十等相異之觀察，不能斷其孰為真理，孰非真理也。兩部雖皆周遍法界，本來不二，然胎藏界以理為本，故諸尊坐於蓮華上之月輪。金剛界以智為本，故諸尊坐於月輪蓮花上之蓮花，蓮花者本有之理，若人之肉團心也。月輪者修生之智，吾人之覺心也。蓮花上置月輪者，表理中之有智。月輪中置蓮花者，表智中之有理。兩部本來平等，同時具足，其關係可以“二而不二”之一語明之。惟其為二也，不必於二者之外別求不二。亦惟其不二也，故合二者觀之，而不二之義愈明。至若色心之別，生佛之見，準是觀之可也。茲據而二之義，配列其所詮表者如次：
而二金剛界智差別精神心法豎識大大智陽佛歸納法
胎藏界理平等物質色法橫五大大悲陰眾生演繹法不二
十一發菩提心
《大日經·住心品》，如來對金剛手因根究竟之問，而答以“菩提心為因，大悲為根本，方便為究竟”。《大疏》謂此三句義中，悉攝一切佛法秘密神力甚深之事。弘法大師以為千經萬論，亦不出此三句。蓋三句所示，為行者從因至果之次第。必先有希求菩提之心，乃能修習大悲之萬行。或徒發心而不修行，亦不能圓滿無上究竟之佛果。其次序一定而不可或紊也。
菩提之語義為覺，大覺乃佛陀之境界。故菩提即指佛果。菩提心者，即指希求佛果之決心也。凡人欲為善之與惡，皆先標其心而後成其誌。未有意不在是，而其結果能底於成者。菩提心之為成佛正因，亦複如是。《大疏》謂此心猶如幢旗，是眾行導首。猶如種子，是萬德根本。吾人不以佛果為目的則已，一旦有誌於此，其功德之廣大無涯，雖如來經曆長劫，說不能盡。菩提心論所謂“誓心決定故，魔宮震動，十方諸佛，皆悉證如”者。綿行者一念發心之所致耳。