首先，胡塞爾企圖克服他認為在布倫塔諾那裏存在的心理主義的錯誤。其次，胡塞爾相信他能夠證明被布倫塔諾看做是語言上的虛構的普遍概念是實際存在著的，因此必須假定有某種邏輯——觀念性的存在。第三，胡塞爾認為布倫塔諾對心理行為分析的結果是粗糙的和含義模糊的，他著手通過更細密的區別來改善它們。第四，他力求用一種新方法，即本質直觀（die wessensschau），來為哲學研究提供一種更富成效的基礎。
由此可見，胡塞爾的現象學方法論，是從批判邏輯學中的心理主義和經驗論開始的。胡塞爾認為，邏輯並非正確思維的工藝學，而是一門純理論性學科。邏輯學的心理主義必然導致經驗論、懷疑論和相對主義，從而否認真理的絕對性、客觀性。
胡塞爾在意識的現象學中，首先試圖弄清“表達”（Ausdruck）和“意義”（Bedeutung）這兩種現象。他認為，所有表達的共同點就是那種明確地提出任何思想的意向，因此，表達與意義密切相關。表達中可以顯示出兩種引起意義的作用，其一是賦予意義的意義意向（die Bedeutungsintention）的本質性作用。其二是以直觀的功能性作用使意義充實（die Bedeutungserfullungen）。無論如何表達，意義都是不受時間限製的，觀念性的。
其次，在意識的現象學中，胡塞爾研究了意向行為的結構。胡塞爾的《邏輯研究》全麵完整地提出作為其現象學理論和方法的邏輯起點意向性理論。
胡塞爾首先指出現象學所關注的是“作為任何一種或‘心理行為’‘意向體驗’的總稱”的意識。純粹現象學隻把握體驗概念，而“在排斥所有與體驗——實在此在（與人或自然動物）的關係的情況下來把握這個概念”這就要求從自然態度和前現象學的實體性思維模式轉向意向性思維模式。“現象學世界在這裏就僅僅是指顯現的世界，而關於這個世界的存在與否的所有問題——連同在它之中顯現的經驗自我——都始終是被排斥的”並且事物的顯現（體驗）不是顯現的事物（即被我們誤認為在生動的自身性的“對立之物”）。“顯現被我們體驗到，它們隸屬於意識聯係，事物對我們顯現出來，它們隸屬於現象世界”在這裏，受到關注的僅僅是現象，即事物在意識中的顯現，特別是不同的顯現方式。
胡塞爾從布倫塔諾繼承了“意識總是關於某物的意識”的思想。在胡塞爾看來，隻有認識到意向體驗的特性，“對象處在某些行為之中”，才能夠理解“對象本身又如何能夠成為對象”。因為，“行為‘朝向’一些行為的特性，在這些行為中，某物顯現出來；或者，行為朝向經驗自我並且朝向它與對象的關係。在這裏構成自我的現象學核心的是行為，它們使我們‘意識’到對象，自我在它們之中‘朝向’有關的對象”在《邏輯研究》中，胡塞爾認為重要的是意向體驗本身，正是意向體驗才“建立起”意識與意向對象的關聯。他認為，“意識”可區分為三種意義：其一是在經驗中發現的那種心理體驗往體驗流的整體之中的結合。其二是對於自身體驗的內在感知。其三是一切心理活動或意向體驗的總稱。他認為，意向的本質就在於，在意向中有對象“被意指”，有對象“被作為目標”，但在意識本身中並不能找到這一對象或某種與之相對應的東西。以體驗方式出現的隻是意向行為本身。
第三，在意識的現象學中，胡塞爾研究了認識的現象學。胡塞爾認為，由於“表達”“意義”“意義意向”作用下的認識行為是對於被思想的對象的本質的直觀。對於對象的“知覺和空的意向以及與直觀的東西接近的想象作為諸部分意向同時可以結合為一個整體的意向”，這就是意識現象對於對象的認識過程，即意義意向直觀對象本質的過程。在這一過程中，感性認識是意向得以充實。這就產生了現象學的本質直觀（即本質還原）方法。
晚期胡塞爾的現象學，繼承了康德的唯心主義先驗論思想，轉向批判心理主義，認為數學、邏輯規律是純粹觀念之間的聯係的規律，而純粹觀念（本質、共相）是實在的，又是先驗的，即是不依賴於經驗的自我存在的、也不能用經驗歸納的方法，從個別之中抽象出來。他提出用現象學還原的方法，即通過反省主觀意識的方法從呈現在每個經驗自我的意識中的現象之中揭示出本質。後來他又進一步提出了把“先驗的意識”“先驗的自我”作為世界的本原。
胡塞爾認為，現象學的根本任務是，建立一門科學的哲學，發現一個絕對的本質領域，“獲得一個新的存在領域”。而哲學要想成為科學的哲學，就隻能接受在意向行為中直接給予的東西。那麼，如何達到對於本質的洞察？他認為，現象學的還原法能夠完成這一任務。
胡塞爾的現象學還原法是通過以下幾個步驟實現的。
第一步是麵向“事物本身”。
胡塞爾現象學自覺繼承了笛卡兒哲學的理性傳統，其基本問題仍然是主體性問題，他麵對的“事情”仍是“意識之主體性”這是海德格爾在《哲學的終結與思的任務》中的表述方式。
現象學認識論的第一步就是要求在對象上麵向“事物本身”，而這裏的事物並不是我們所說的客觀存在的物理客體，而是指一個人所意識到的任何東西，或者說是呈現在一個人的意識中的一切東西，諸如自然對象、數學實體、價值、情感、意誌、願望、情緒等，不論是物理的或者是心理的東西。胡塞爾把所有這些呈現在意識中的東西都稱為現象，他認為這些現象是哲學認識的起點。而必須排除任何有關存在的假定，排除關於存在之時空結構的判斷，排除任何有關實際存在和實際意識的判斷。所謂麵向“事物本身”，就是返還到“現象”，也就是返還到意識領域。隻有從此處開始才能避開心物分裂的認識，避免傳統的唯心論或唯物論。由此可見，胡塞爾認為，意識中的意義意向與人們對於事物本質的直覺“存在著同一性”。因而，認識毋庸置疑應從意識中的意向開始，並忠實於意向。因此，現象學與意識本身的結構有關，同純粹意識的先驗的、超曆史的結構有關，這些結構構成了經驗知識和理論知識的可能性條件。現象學的對象是純粹真理和先驗意義的王國。
第二步是進行“現象學的懸置”。
胡塞爾開出了一條與近代哲學主流大相徑庭的新途徑。胡塞爾在“意向性”（INTENATIONALITY）概念的基礎上，最精辟地澄清了近代哲學在主體問題上的一係列含混，開出了一條與近代哲學主流大相徑庭的新途徑；同時，解決了被老笛卡兒主義忽視了的“曆史性”和“生存性”問題，因此，胡塞爾現象學可以稱為新笛卡兒主義，它是近代西方哲學的出路之一。
現象學麵臨的主要論題：“一切奇跡中的奇跡”是什麼？
海德格爾曾經將之概括為“意識之主體性”。因此，現象學首先要分析的是意識及其與世界的關係，這不同於主客關係。胡塞爾通過對“我思”即意識及其本性就是意象性的分析，正麵了結了自“我思故我在”命題提出以來圍繞著主體問題的一係列迷霧。現象學的主體概念區別於近代哲學主體概念的關鍵在於它克服了後者與客體的隔絕（如絕對精神意義上的主體）或外在關聯（如靈魂實體意義上的主體）。
如何實現麵對“事物本身”，如何從“現象”開始？胡塞爾認為必須把對於世界的“自然觀點”和“科學觀點”以及曆史上出現並遺留下來的對於世界的看法即傳統哲學的觀點，統統都加以懸置起來，這就是所謂“現象學的懸置”。胡塞爾認為，我所意識到的世界是自然觀點的世界，它在空間上和時間上都是無限伸展的，這個世界的一小部分，被朦朧地意識到的不確定的現實的視界包圍著，直觀地呈現在我麵前。這種自然觀點的世界應該被“括到括弧裏”（eingeklammert）。胡塞爾又借用數學上的術語，把這種“懸置”稱為加括號，意思是將對於世界的上述種種觀點放在括號裏，存而不論。胡塞爾認為，自然的態度、科學的態度以及傳統哲學的觀點都是以某種預先的假設為前提條件的，並且往往把自己的假設擴大開來，用來解釋一切實在，因而歪曲了對世界的根本認識。從現象學的觀點來看，真正科學的哲學是應當沒有任何預先的假設的，也就是沒有任何先決條件（前提）。現象學的“懸置”就是把種種假設擱置起來，使人擺脫這些假設的幹擾，從而澄清被各種假設所充塞了的人的意識，也就是使人能轉向意識的內容本身（即呈現在意識中的一切“事物本身”），或者說轉向“現象”。但是，這並不意味著懷疑世界的實在性。相反，這隻是說，我們不應該使用關於世界的信念，不應該使用這種自然的論斷，即“中止判斷”（Epoché）。
那麼，如何“懸置”（加括弧）呢？胡塞爾認為，第一方麵是曆史的加括弧。這就是指把我們不論是從日常生活中，還是從科學中，甚至從宗教信仰領域中接受來的理論或意見中的一切都放在括弧裏，存而不論。而應談論的隻是直接給予的東西（意識內容中的直接意義意向）。第二方麵就是存在的加括弧，也就是放棄一切有關存在的判斷，甚至連具有絕對自明性的判斷（譬如像關於我自己的存在）也要放棄。因為哲學的認識是對本質的認識，而考察的對象實際上是非本質的，因此應該被排除掉。通過這兩個加括弧的方麵，要求認識直接還原為意識內容的“現象”。但是，這種“現象”尚不是本質，因此，還必須有下一步還原——本質的還原。
第三步是進入本質的還原。
胡塞爾認為，通過現象學的懸置或加括號的活動，一個人就能使意識擺脫種種前哲學的或傳統哲學的假設，結果他就會意識到，呈現在意識中的現象不僅有事物感性的、具體的、外在的那些東西，而且有使該物成為該物的東西，也就是事物的一般、共相的東西。胡塞爾後來稱其為本質（Eidos）。胡塞爾把“事實”（Faktum）與“本質”（Eidos）區別開來。通過本質還原實現由事實的東西到本質的精神上的轉變。他認為，所有個體的實在都屬於或附屬於某種本質，這種本質是可以被精神所理解的，對這種本質的理解決定著認識的主要的和最後的結論。現象學就是關於本質的科學。他認為，本質不像現象主義者所認為的那樣是在現象背後的東西，又不是柏拉圖式的超越於個別事物的理念，也不是笛卡兒式的天賦觀念或康德式的心靈的構造。本質是觀念的、先驗的，但又是直接地呈現在意識中的，也就是在現象中的；本質是現象中的穩定的、一般的、變中之不變的東西，也就是所謂諸變體間不變的“常識”。
胡塞爾認為普遍性、必然性，是相對之中的絕對，是變中的不變，唯其如此，經驗才具有統一性，才使經驗知識（科學知識）得以成為可能。本質正是經驗的意義和結構，本質是一個人的經驗世界的組成部分；同時，本質也被經驗所充實和具體化，並通過經驗而在意識中呈現出來。
胡塞爾認為，要使哲學成為一門嚴密的科學，就必須獲得這種先驗的本質，因為隻有這種本質才能為科學認識提供可靠的基礎，使之具有普遍性、必然性。這樣，胡塞爾就把現象學發展成為一種“本質的科學”，把現象學的方法發展為“本質的還原”。
胡塞爾所謂的“本質的還原”是一種直覺（直觀）的方法，所以胡塞爾把本質的還原稱為“本質的直覺”，胡塞爾所謂的“直覺”就是直接地“看”，審視自己的意識領域，從呈現在意識領域內的現象之中，排除那些感性的、具體的、偶然的和混雜了虛假成分的或被歪曲了的東西，即非純粹的現象，從而將純粹的現象，也就是直接呈現在意識中的“事物本身”描述出來，這種純粹的現象是非具體的非感性的，也就是本質。因此，所謂本質的還原或直覺，也就是通過反省自己的主觀意識獲得事物本質的方法。（不同於感性的直觀）
胡塞爾又把本質的直覺稱為“自由想象的變換”，這就是在反省自己主觀意識的過程中，通過想象（自由），用增減法變換各種例子，從這些例子中找出貫穿於各種情況（例子）中的共同的一般的東西（常識），也就是本質。所以胡塞爾把本質視作事物的“原型”。
第四步是上升為先驗的還原。
胡塞爾認為，意識具有一定的結構，即意向性。意識和對象、世界之間的關係是“構成”的過程。意識具有積極的能動的活動作用，這種活動就是所謂“構造”，這種“構造”活動是“先驗的”。意思是說，意識並不是實際地產生這些印象或這個對象，而是說意識的活動是將那些特殊實體的經驗加以統一的必要條件，是一切經驗得以成立、具有意義的必要的前提條件，換句話說，先驗的“構造”是意識的一種形式的能力，規範的能力。胡塞爾把發現意識的意向的結構和世界整體的過程稱為先驗的還原。他區別了“現實”與“非現實”。通過先驗的還原，在樸素意識中被給予的東西，變成了在“純粹意識”中的先驗現象。
隻有通過先驗的還原，“自然”觀點的樸素性才能得以消除。對“先驗地被淨化的意識”進行現象學的分析，是哲學的基本任務。
如果說本質的還原使人獲得本質，從而使科學認識成為可能的話，那麼，先驗的還原則把人引向世界的始原，即把世界最終歸結（還原）為先驗自我的意識構造活動，它是世界的理性的基礎，也是本質、從而也是知識的確實可靠的最後根據。由現象學的還原所造成的在思想上“消除世界”之後所殘存的東西，就是純粹自我或者純粹意識的絕對領域。胡塞爾的現象學，就是要提供一種關於在這個絕對的領域中所能夠發現的那種體驗的本質的純粹現象學。
通過現象學還原法的應用過程，人應該把世界重顧一遍，“水平域”概念集中反映了人化世界的實存。胡塞爾認為科學與人類是一致的，反對實證主義流派對此二者的割裂。
總而言之，現象學在方法論上要求認識主體（觀察者）從“自然的態度”和“科學的態度”轉向“哲學的態度”，擺脫或拋棄一切預先的假設，從感覺經驗轉向“事物本身”，或者說返回“現象”，返回純粹意識，通過“直覺”和意識的意向性分析，從呈現在意識中的現象之中去把握事物的本質，追溯世界的本原。而一旦達到了這個目的，作為方法論的現象又成了一種終極的、科學的哲學，方法論與世界觀兩者合為一體。
胡塞爾最大的抱負就是要使哲學第一次建立在嚴格科學的和絕對可靠的基礎上。事實上，胡塞爾的哲學為哲學奠定了新的積極的基礎，他消除了對相對主義和懷疑論的憂慮，給年輕一代哲學家注入了解決實際問題的勇氣。他的現象學方法論，開一代新思想之先河，使人類在新的哲學視角與高度審視意識現象本身。
但是，胡塞爾的現象學在本體論上“排除存在的判斷”必然導致主觀唯心主義；方法論上的“直覺”、“自由想象”成為典型的非理性主義，脫離自然科學的方法論基礎；認識論上循環論等都是其致命的缺陷。盡管如此，現象學對於科學主義和實證主義的尖銳批判方麵，無疑是對於歐洲文化中唯科學主義的實證、實用理性的一種有益反省，由此引導了一係列以重新審視人類自身，特別是審視人的精神意識世界的人文主義思潮。