此外，阿富汗的社會矛盾還有兩個方麵。首先是政府的世俗化政策與保守勢力的矛盾。阿富汗王室與政府一直致力於世俗化，尤其是在1959年，政府大力提倡婦女不戴麵紗，從而使阿婦女的解放運動推進了一大步。此後，婦女在教育、就業、參與社會活動等方麵均取得重大的進展。但是，此舉激怒了國內的保守勢力，他們曾於1959年發動了騷亂。其次，盡管經濟發展緩慢，但畢竟出現了階級分化，特別是在大城市中，這孕育了新的衝突。
穆沙希班王朝從阿馬努拉的失敗中吸取了教訓，而致力於漸進的現代化政策。有：（1）左翼，包括親蘇的人民民主黨和主張走中國農村包圍城市道路的火焰派；（2）伊斯蘭主義，即穆斯林青年會；（3）自由主義派，如進步民主黨；（4）保守的宗教勢力，支持君主製，但反對世俗化改革和左翼。1965-1968年，國內出現了大規模的學潮、工潮，甚至農民也參加了示威運動，而左翼與保守勢力發生了正麵衝突。麵對政局的動蕩，身受左右翼夾攻的王室從過去依靠知識分子推進現代化，轉而依靠保守力量對付左翼。在1969年選舉出的國會中，部落酋長的席位明顯增長，而宗教領袖則是人數最多的職業集團。
從表麵上看，20世紀60年代阿富汗的社會矛盾係由社會分化而來（後來發動政變的親蘇軍官也出自中下階層），並展現為不同意識形態的分歧，但實際情況更為複雜。從深層次看，阿富汗的社會政治危機是由現代化的初步發展所造成的新的矛盾與原有社會矛盾相互交織的產物。
盡管阿富汗的經濟仍相當落後，但現代化畢竟有一定發展，由此形成了一定數量的產業工人、知識分子和其他中等階層。知識人才的供過於求、政府公務員（包括教師）的低工資、各社會集團從有限的現代化發展中獲益不均、主張世俗化的城市階層和婦女與保守勢力的摩擦等是造成60年代後期至70年代初政局動蕩的重要原因，而新興的反對派分別從國外（左翼和自由主義）和傳統文化（伊斯蘭教）中尋求思想武器和政治支持。
但是，這種意識形態的鬥爭與阿既有的社會矛盾又相互交織。例如，人民民主黨的人民派主要來自普什圖人中地位較低的吉爾查依人，而旗幟派則來自上層、包括杜拉尼人中的失意者；火焰派基本上是社會地位低下的什葉派，尤其是哈紮拉人；非普什圖少數民族也在反對派中占據了突出位置，如穆斯林青年會的領導人之一拉巴尼、馬蘇德和旗幟派領袖卡爾邁勒均為塔吉克人。從社會階層上看，各反對派組織的領袖主要是知識分子，其中一些人甚至曾留學美國（如人民派領袖阿明）。從社會思潮上看，它們表現出兩極化傾向，即以激進左翼和保守派別為主體，而溫和的自由主義派則力量弱小，這既是阿富汗社會經濟發展現狀的反映，也是外來勢力（蘇聯）插手的結果。
20世紀60年代，上述政治力量中實力最為雄厚的為左翼的兩大組織，即人民民主黨和火焰派。在蘇聯的扶植下，前者逐漸居於上風，其中的旗幟派並與前首相達烏德聯合於1973年推翻了君主製，建立共和國，查希爾國王流亡海外。達烏德在內政外交上基本繼承了查希爾的路線，並在政權穩固後將人民民主黨逐步排除在權力之外。1975年，穆斯林青年會發動了第一次反政府騷亂，預示著伊斯蘭主義作為一支重要政治力量的崛起。
三、蘇聯入侵與阿富汗政治結構的解體
1978年以前，奉行中立、不結盟政策的阿富汗與東西方同時保持著平衡的關係，而東西方也在阿富汗維持著某種默契。阿富汗是蘇聯與中東交界的南翼唯一未加入西方主導的軍事條約的國家，美國默認蘇聯在阿的獨特地位，但希望保持阿富汗的中立地位，以經濟、文化滲透對抗蘇聯的經濟、軍事和政治滲透。盡管東西方在阿保持著大體上的平衡，但蘇聯向阿軍隊的滲透對阿富汗的主權和獨立構成潛在的威脅。
在國內，阿富汗政治的三大支柱是王室及自由化地主、知識階層（包括官僚、軍官等）和保守勢力（部落酋長、宗教領袖、少數民族領袖）。王室主張漸進地推動現代化改革，致力於經濟、社會、行政、軍事、文化的現代化，但在政治民主方麵則十分謹慎，其依靠對象是知識分子。但另一方麵，為了製衡追求政治民主化的知識分子，確保自身統治的合法性，王室又不得不維持與保守勢力的關係，其地位較為脆弱。隨著社會政治危機的加深，從知識階層中出現的左翼和伊斯蘭主義派對王朝統治構成嚴峻的挑戰。此外，王室內部還存在著查希爾與達烏德的個人鬥爭。
1978年，人民民主黨發動政變，建立了親蘇政權。戰後原有的政治結構和中立傳統終於被打破，穆沙希班家族的統治土崩瓦解。軍事政變之後，人民派與旗幟派發生衝突，前者獨掌權力；接著，人民派的溫和派領袖、黨的總書記塔拉基與激進派領袖阿明又起齟齬，阿明最終清除了塔拉基。人民民主黨、尤其是阿明奉行的激進的土地改革、婦女政策和親蘇外交引起了民眾的強烈不滿，由伊斯蘭主義主導的反政府運動最終形成燎原之勢。由於擔心伊斯蘭主義浪潮危及中亞地區，以及在阿多年經營毀於一旦，蘇聯於1979年正式入侵阿富汗。
因此，阿富汗的悲劇是國內國外兩方麵原因形成的，而阿富汗原有的政治和外交架構在1978-1979年完全解體。阿富汗人民將1978年建立的人民民主黨政權視為非伊斯蘭的蘇聯傀儡，從而開始了一場包括社會各方麵的廣泛的反政府武裝鬥爭，這一鬥爭在蘇聯入侵後則演變為一場空前規模的全民抗蘇戰爭。
阿富汗的抵抗組織數量眾多，基礎不一。概而言之，他們可以分為兩大類，即基於意識形態的組織和傳統組織，前者包括伊斯蘭主義、左翼和自由主義的組織，後者包括遜尼派傳統主義組織及部族、地區組織。最後，抵抗組織依據教派劃分，分別成立遜尼派七黨聯盟和什葉派八黨聯盟，總部分別設在巴基斯坦和伊朗。
因此，抵抗組織的政治結構是相當鬆散的。七黨聯盟是實力最強的政治聯盟，但內部圍繞著阿富汗未來的國家結構和前國王的作用（傳統主義三黨支持前國王）、內部權力分配和對有關各方和平倡議的態度等問題上均有分歧。有時，各組織的遊擊隊甚至發生火並，如伊斯蘭黨曾與馬蘇德的部隊發生多次流血衝突。
在對外關係方麵，抵抗組織得到了西方國家和伊斯蘭國家的廣泛支持。其中，美國、英國、巴基斯坦、沙特阿拉伯和伊朗是最主要的援助國，這些國家提供了大量的金錢、武器和人員培訓。因此，阿富汗成為美蘇全球冷戰的主戰場之一。但是，各援助國之間也存在分歧。美國、巴基斯坦和沙特隻援助遜尼派的七黨聯盟，尤其是激進的普什圖族的伊斯蘭黨，而伊朗向什葉派八黨聯盟提供援助。
阿富汗戰爭還有一個重要的方麵，即它為激進的世界穆斯林反對“異教徒”提供了一個理想的場所。這些穆斯林來自伊斯蘭教世界，尤其是阿拉伯國家，其中不乏伊斯蘭主義者，而最著名的即是沙特富翁本·拉登。美國同樣為部分外籍“聖戰者”提供了培訓。
四、冷戰結束後的阿富汗及其未來前景
1989年，蘇聯被迫撤出了阿富汗。1991年蘇聯的解體，宣告了冷戰的結束。北方鄰國暫時退出了在阿富汗的角逐，這也為美國卸下了一個負擔，華盛頓轉而采取間接方式操縱阿富汗。
從19世紀以來，阿富汗第一次不再有大國的幹涉。於是，抵抗組織內部的矛盾開始表麵化，這些矛盾涉及意識形態、部落、民族、教派及領袖個人的爭權奪利。各個組織開始相互爭奪地盤，廝殺不休。最重要的競爭對手是拉巴尼的伊斯蘭促進會、希克馬蒂亞爾的伊斯蘭黨、什葉派的團結黨（原八黨聯盟）、從原喀布爾政權軍隊變節而來的烏茲別克民兵（領袖為杜斯塔姆），最後是新興的塔利班。內戰的血腥程度甚至超過蘇聯占領時期，因為城市第一次成為戰場，阿富汗遭到前所未有的破壞。1996年，以極端的伊斯蘭主義為特點的塔利班占領喀布爾，並逐漸控製了全國90%的領土，北方聯盟退居北方一隅。由一個伊斯蘭主義政權取代另一個伊斯蘭主義政權（盡管塔利班並未得到國際社會的廣泛承認），這在伊斯蘭世界尚屬首次。