劉屈看到田仁放跑了太子，便要殺掉他。
禦史大夫暴勝之（即前文鎮壓農民起義的那位）認為劉屈是擅殺重臣。
劉屈把此事報告給漢武帝，武帝把暴勝之責問下獄，暴勝之自殺身亡；田仁也遭腰斬，全族誅滅；所有在太子宮門進出過的一切賓客，也全部遭殺；隨太子起兵的賓客，都以造反罪全族抄斬，而受太子劫掠參加造反的一般士卒囚徒，則被充軍敦煌。
漢武帝還下令收回衛皇後印綬，衛皇後被迫自殺；太子正妃史良娣、太子之子史皇孫、史皇孫妃王夫人，以及太子之女皇女孫及其丈夫，均一並致死。
隻有太子的一個剛生下數月的孫子，下於獄中，沒被殺害，他就是日後的漢宣帝。
衛太子逃出長安後，東至湖縣（今河南唐河），藏匿於鳩裏，後被發現，官吏前往追捕之時，太子上吊自殺，隨同太子的皇孫兩人也同時遭害。
三、巫蠱之禍的影響
巫蠱之禍首先以某種方式實現了漢武帝改換繼嗣的目的。
劉據是衛子夫的兒子，漢武帝的長男，生於元朔元年（前１２８）。
劉據的出生使二十九歲才獲子的漢武帝欣喜若狂，三個月後即冊立衛子夫為皇後。
元狩元年（前１２２），年僅七歲的劉據就被漢武帝立為皇太子，並讓他學習儒家經典，寵愛有加。
此時，漢武帝正處於事業發展的高峰時期，他希望太子劉據同自己一樣具有雄才大略，以繼承自己的事業。
但當劉據稍稍長大以後，武帝逐漸看出了他“仁恕溫謹”的秉性，“嫌其能少不類己”，便產生了不滿。
加上此後其他皇子的陸續出生，繼嗣有了選擇的餘地，因此，衛皇後、衛太子便逐漸由寵盛變為寵衰了。
可以說，衛皇後寵衰主要是由於衛太子寵衰，衛太子寵衰主要是由於他的才能誌向不能合漢武帝開邊、興利之意。
由此看出，宮廷裏的變化主要是出於政治原因，而絕非色衰之類。
但是，此後很長一段時間裏，漢武帝仍然處於猶豫之中，因為“太子敦厚好靜，必能安天下，不使朕憂，欲求守文之者，安有賢於太子者乎！”
此時，漢武帝也確實需要這樣的繼嗣來“安天下”。
他既不滿意衛太子的“仁恕溫謹”，又需要像衛太子這樣堪為“守文”的人作為繼嗣。
這顯然是一對矛盾。
但是，隨著這時矛盾的發展，在朝廷中形成了兩類官僚，一類是追隨漢武帝的開邊、興利、用法之臣，他們明顯占多數，另一類是擁護衛太子的臣僚。
這樣，漢武帝和衛太子的關係就超越了宮廷生活中的父子關係和個人權勢關係，形成了兩種政治勢力的矛盾。
在特殊的情況下，這兩種矛盾就有可能激化起來，表現為漢武帝和衛太子不可兩立的抗爭。
巫蠱之禍正是江充利用這種矛盾，激化這種矛盾，導致皇帝和太子的直接衝突，以致父子兵戎相見，衛太子自殺。
漢武帝萬萬沒想到，改換繼嗣竟以此種形式而實現。
征和三年（前９０），經過調查，巫蠱事件大多屬誣告、陷害，實為一場殘害無辜的災難。
當時壺關三老令狐茂、高寢郎官田千秋，先後都上書為衛太子申冤。
漢武帝終於醒悟了，於是他便詔令夷滅江充三族，其黨徒蘇文被燒死於渭橋之上，在鳩裏因追捕太子而封侯升官的人，也都被誅滅。
為了追思太子，漢武帝在湖縣建造了“思子宮”，高築“歸來望思之台”，以示自己悔過之意。
其實，這不過是為衛太子昭雪的一種手段而已，更有其為轉變晚年統治政策掃清道路的目的。
因此，我們不能僅從巫蠱之禍後漢武帝的悔過表現來說明他無意於改換繼嗣。
《資治通鑒·漢紀十四》載：“群臣寬厚長者皆附太子，而深酷用法者皆毀之；邪臣多黨與，故太子譽少而毀多。”江充充當了深酷用法的臣僚代表，秉承漢武帝旨意，憑借黨羽的優勢，用非法手段摧毀以衛太子為代表的“守文”勢力，這也許是漢武帝大興巫蠱之獄的真正目的，衛太子自然難免自殺命運，漢武帝改換繼嗣的目的也自然實現。
當然，衛太子死後，漢武帝又不得不在其他皇子中作艱難選擇，而這種選擇直到他死前兩天才正式確定。
巫蠱之禍的餘波還導致貳師將軍李廣利兵敗沙場，投降匈奴。
衛太子劉據自殺之後，再立太子問題也就成為朝廷政治旋渦的中心。
衛太子死後第二年，即征和三年（前９０），漢武帝命貳師將軍李廣利率領七萬大軍出攻匈奴。
李廣利為李夫人之弟，而其女又為丞相劉屈的兒媳婦。
在李廣利出征前的告別宴上，這對兒女親家為儲君之位空懸打起了主意。
李廣利極希望其姐之子昌邑王劉能立為太子，繼承漢朝大統，那時他就可以以國舅的身份執掌朝政了。
因此他便讓丞相劉屈在漢武帝麵前美言此事，而劉屈也一口應承下來了。
此後，正當李廣利在戰場上大勝之際，有人告發李廣利和劉屈二人有暗立昌邑王劉為皇太子之意，並說丞相夫人亦為巫蠱詛咒皇上。
漢武帝勃然大怒，處死了劉屈及其夫人，李廣利遠在疆場，他的妻子則被下了獄。
消息傳到前線，李廣利想速立大功贖妻之罪，不料引起軍中叛變，最終被匈奴大敗，全軍覆沒，自己也投降了敵人。
此次戰敗，是漢武帝時期對匈奴戰爭中失利最為嚴重的一次，與巫蠱之禍不無關係。
李廣利降敵使漢武帝震怒異常，他更下令族滅其全家。
靠著李夫人“興旺發達”的李氏家族滅亡了。
巫蠱之禍還直接導致了漢武帝晚年統治思想和統治政策的轉變。
為此，後文辟有專章論述，在這裏就存而不論了。
自從漢武帝開巫蠱之禍先河後，後世因巫蠱而罹罪者，不勝枚舉。
像西漢廣陵厲王、中山孝王太後、息夫躬，東漢和帝陰後、靈帝宋後、和帝幸人吉成、光武子阜陵質王延，乃至三國之孫亮，無不遭此禍害。
可見，巫蠱之禍流毒深遠。