二是毛澤東思想活的靈魂的三個基本點，實事求是、群眾路線、獨立自主。這是具有中國共產黨人特色、並貫串於毛澤東思想各個理論和組成部分的最基本的立場、觀點、方法。學習馬列主義理論，主要學習它的立場、觀點、方法和思想，雖然不是毛澤東和中國共產黨人最先提出的，但卻是以毛澤東為代表的中國共產黨人在延安時期，針對黨內嚴重存在的教條主義傾向而特別加以強調的。毛澤東提出，要堅決反對隻片麵地引用馬列主義的個別語句，而不會運用其立場、觀點、方法解決實際問題的教條主義，強調要區分創造性的馬克思主義和教條式的馬克思主義，隻有善於應用馬克思主義的立場、觀點、方法，去正確分析和解決中國的實際問題，這才算真正掌握了馬克思主義的精神實質。對馬克思主義的立場、觀點、方法的強調和掌握，這是毛澤東的一個重大理論貢獻。馬克思主義有立場、觀點、方法問題，毛澤東思想也有立場、觀點、方法問題。它們在本質上是一致的。但是，由於毛澤東思想具有中國的、民族的特色，因而其立場、觀點、方法的某些側重點會有所不同。根據毛澤東思想的創立，中國共產黨人最強調的思想觀點看，最基本的立場、觀點、方法就是實事求是、群眾路線、獨立自主。因此，第二個《曆史決議》在重構毛澤東思想體係時，將這三個基本點概括為毛澤東思想的靈魂。毛澤東思想的靈魂，是具有普遍意義的。對毛澤東思想，同對馬列主義一樣，也有一個科學態度問題。隻有堅持毛澤東思想活的靈魂，正確地掌握它的立場、觀點、方法，才能不斷地與時俱進，發展毛澤東思想。
三是新民主主義理論。在毛澤東思想諸多理論中，最重要的是新民主主義理論。這是毛澤東思想所以能夠成為毛澤東思想的根本標誌。這個理論包括革命和建設兩方麵的內容。它通過對中國曆史和社會狀況的分析，闡明了中國革命的規律和特點，論述了新民主主義革命的時代背景和革命的性質、任務、對象、動力、領導、目標和前途等根本問題，規定了新民主主義革命的總路線，總結了中國革命取得勝利的三大法寶等。同時，又通過對黨領導的抗日民主根據地建設、解放區建設和新中國初期建設新民主主義經驗的總結，不僅提出而且不斷豐富了建設“新民主主義社會”的思想。毛澤東在抗日戰爭期間，初步製定了建設新民主主義社會的政治、經濟、文化的基本綱領和政策；解放戰爭時期又闡述了由新民主主義革命向新民主主義建設轉變的問題，明確提出要建立無產階級領導的、以工農聯盟為基礎的人民民主專政的新民主主義共和國的國體；建國之際製定了新民主主義的共同綱領等，進一步豐富了新民主主義社會理論。包括革命和建設兩個部分的新民主主義理論，是對馬克思主義的革命和革命轉變理論的偉大創新，具有重大的理論意義。
四是毛澤東哲學理論。八十多年來，在黨的眾多領導人中，有專門的哲學理論著作，形成係統的哲學理論，建構起有特色的哲學體係，並對馬克思主義哲學理論做出重要發展，真正稱得上大哲學家的，隻有毛澤東。盡管他的某些哲學觀點，在哲學界存有異議，但這不妨礙他被尊為辯證法大師的崇高地位。他的大量科學著作都有哲理性，尤其是《反對本本主義》、《中國革命戰爭的戰略地位》、《實踐論》、《矛盾論》、《論十大關係》、《關於正確處理人民內部矛盾的問題》等著作，既普及了馬克思主義哲學的基本觀點，又豐富和發展了馬克思主義哲學理論；既運用馬克思主義哲學深刻地分析了中國革命和建設的一係列重大問題，又對中國革命和建設實踐中的許多經驗上升到哲學高度進行概括。這些著作中的某些具體問題，會隨著時間的流逝而成為曆史，但貫串其中的思想方法和闡述的哲學理論，會長時期起作用。毛澤東的正確哲學理論，是毛澤東思想的哲學基礎。它會隨著毛澤東思想一樣，對黨發揮重要指導作用。
毛澤東思想已經教育了一代又一代中國共產黨人。它還將是繼續哺育新一代共產黨人成長的乳汁。鄧小平理論和“三個代表”重要思想，是在新時期21世紀對它的繼承和發展。