4月，蒙軍入汴京。當時為逃避戰亂留居汴京者147萬人，皆得保全性命。
1234年正月，蒙、宋合兵攻入蔡州，金國遂告滅亡。河南初平，蒙軍俘獲甚多。軍隊返回途中，逃走的俘虜十有七八。
窩闊台汗下令：凡是收留逃民和供給他們衣食的人，一家都處死，同時鄉親鄰裏也要受到連坐。
由此逃者不敢求舍，沿途不敢留宿，以致餓殍遍野。
耶律楚材念及民心向背，又進諫說：“河南既然平定，那裏的百姓都是陛下的子民，他們還能走到哪裏去呢？何必因為一個俘虜，讓數百或幾十人一同連坐處死。”
窩闊台汗醒悟，遂撤銷此禁令。
金亡之後，西部秦、鞏等20餘州久未能攻下。耶律楚材向窩闊台汗獻計說：“過去我們百姓中的逃犯，可能集中在這些地方，所以他們拚死抵抗，如果準許不殺他們，那麼這幾個州將會不攻自下的。”
窩闊台汗下詔赦免逃亡舊罪，又宣布廢棄殺降之法。諸城果然接連請降。
自窩闊台汗即位後，中原已在蒙古軍掌握之中，此時此際，力興文教，崇奉儒術，已經是當務之急。耶律楚材在進入汴京後，趕忙遣人入城收求孔子後人，找到了孔子第五十一代孫孔元措，奏請襲封為“衍聖公”。並給予孔元措林田廟地，為之修孔廟，建林苑。
耶律楚材還命令招收太常寺因戰亂散亡的那些禮樂生，還征召著名的儒生梁陟、王萬慶、趙著等人，叫他們把儒家經典譯成口頭語，講解給太子聽。
耶律楚材親自帶領大臣們的子孫，手捧著經書解釋其中意義，使他們領會聖人的學說。耶律楚材在燕京設立編修所，在平陽設置經籍所。正由於這樣，文化事業興旺發達起來了。
蒙古貴族崇尚武功，根本沒有稅製觀念。耶律楚材深知如今的蒙古國已是一個多民族的國家，長治久安之計是推行漢人的做法，大力發展農業，如果保守地強調畜牧是狹隘的，是不合國情的落後政策。
基於這樣的認識，耶律楚材對窩闊台汗說：“陛下您將南上征伐，軍需物資應該及時供給，如果能合理地製訂中原地區的地稅、商稅及鹽、酒、鐵冶和山林河泊等項上繳國家的稅收，每年可以得到白銀50萬兩、帛絹80000匹和糧食40餘萬石，足以滿足軍隊的需要，這不遠勝於變農為牧嗎？”
窩闊台汗經過認真考慮，認為頗有道理，便命耶律楚材全權籌劃，實行征稅製度。
窩闊台汗滅金之後，蒙古君臣計議編製中原民戶，以便征收賦稅。經過多次爭議，最後按耶律楚材的想法實行。
這樣，用老、幼年牽製著青、壯年，使初步編製的戶口比較穩定地存在下來。等大臣獻上各地戶籍時，窩闊台汗一時忘乎所以，竟許諾把部分州縣賜給各親王和功臣。
耶律楚材對此陳述了分封之害：“分割土地和人民，容易產生彼此間的猜疑與矛盾，不如多賞賜給他黃金和絹帛。”
可是，窩闊台汗既已許諾，苦於不便食言，楚材便為之想了個變通辦法：“那就朝廷設置官吏，到各州縣去收賦稅，每年年終把賦稅頒發給諸王功臣，使他們不能擅自科征，這樣就行得通了。”
窩闊台汗依計而行，遂確定了財政稅收辦法及數額。
就這樣，元朝的稅製初步健全，形成按戶、地、丁三者並行科稅的製度。
耶律楚材還著手製訂了手工業、商業和借貸等項製度，統一度量衡，確立錢鈔通行之法等。
在一次蒙古諸親王的集會上，窩闊台汗親自給耶律楚材奉觴賜酒，由衷地說：“我之所以推心置腹地任用你，這是因為先帝太祖的遺命。沒有你，就沒有中原的今天。我之所以能夠高枕無憂，都是你努力的結果。”
由於這樣的知遇之情，也由於耶律楚材的氣質和膽略，使他能夠在國家政治生活中發揮著極重要的作用。