噶爾丹果然率30000騎兵自科布多東進，沿克魯倫河東下，大舉內犯。
在此形勢下，康熙決定再次親征。1696年2月，康熙調集90000軍隊，分東中西三路進擊：東路9000人，由黑龍江將軍薩布素率領越興安嶺西進，出克魯倫河實行牽製性側擊；西路46000人，由撫遠大將軍費揚古為主將，分別出歸化、寧夏越過沙漠，北上切斷噶爾丹西逃之路；康熙自率中路北上，與其他兩路約期夾攻。
噶爾丹見康熙親率精銳前來，又聞西路清軍已過土剌河，有遭夾擊的危險，便連夜率部西逃。
1696年5月13日，清西路軍進抵土剌河上遊的昭莫多，距噶爾丹軍15千米紮營。昭莫多，蒙語為大森林，位於肯特山之南，土剌河之北，汗山之東。
清撫遠大將軍費揚古鑒於軍隊長途跋涉，饑疲不堪，決定采取以逸待勞、設伏截擊的方針，以一部依山列陣於東，一部沿土剌河布防於西，將騎兵主力隱蔽於樹林之中；振武將軍孫思克率步兵居中，扼守山頂。
戰鬥開始後，清軍先以400騎兵挑戰，誘使噶爾丹軍入伏。噶爾丹果然率兵進擊，企圖攻占清軍控製的山頭。孫思克率兵據險防守，雙方激戰一天，不分勝負。
此時費揚古指揮沿河伏騎分兵一部迂回敵陣，另一部襲擊其陣後家屬、輜重，據守山頭的孫思克部也奮呼出擊。
噶爾丹軍大亂，奪路北逃，清軍乘夜追擊15千米以外，俘殲數千人，收降3000人，擊斃噶爾丹之妻。噶爾丹僅率數十騎西逃。
此戰，清軍利用昭莫多的地理條件，以逸待勞，設伏截擊，迂回包抄，終於贏得了勝利。
在噶爾丹率軍東侵喀爾喀之際，其後方基地伊犁地區被其侄策妄阿拉布坦所襲占。加之連年戰爭，噶爾丹精銳喪亡，牲畜皆盡，噶爾丹兵敗窮蹙，無所歸處，所率殘部不過千人，旦羸弱不堪，內部異常混亂。
1697年2月，康熙鑒於噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹聞訊，在眾叛親離的情況下，服毒自殺而死。至此，康熙時期平定噶爾丹叛亂之戰始告結束，喀爾喀地區重新統一於清政府。
噶爾丹的失敗，從根本上說，他的行動違背了我國多民族國家走向統一與鞏固的曆史潮流，到頭來不免走上覆滅的道路。
[旁注]
準噶爾部 是厄拉特蒙古的一支部落。17世紀至18世紀，準噶爾部控製天山南北，在西起巴爾喀什湖，北越阿爾泰山，東到吐魯番，西南至吹河、塔拉斯河的廣大地區，建立史上最後的遊牧帝國。清代，因大汗噶爾丹的分裂行為被清軍重創。
噶爾丹 （1644年～1697年），清代厄魯特蒙古準噶爾部首領，巴圖爾琿台吉第六子。康熙時期，噶爾丹進攻喀爾喀蒙古土謝圖汗部，繼而進軍內蒙古烏朱穆秦地區，威逼北京。康熙帝曾三次親征，主力軍被清軍擊潰，部眾叛離。卒於科布多。
喀爾喀 我國清代漠北蒙古族諸部的名稱。初見於明代，以分布於喀爾喀河得名。清初編旗，屬內劄薩克旗即內蒙古；格埒森紮留居故地，仍號所部為喀爾喀，轄地逐漸擴大。
盛京將軍 清代武官職務，原為正一品武職，後降為從一品武職。盛京將軍是統轄盛京地區的最高軍政長官。盛京地區就是現在的遼寧大部及內蒙古一部。1907年，歸東三省總督兼管。
吉林將軍 全稱“鎮守吉林烏拉等地方將軍”。東北地區三個將軍之一。原為正一品武職，後降為從一品武職。駐於吉林烏拉，就是現在的吉林省吉林市。轄今吉林省東部、黑龍江省東部和俄羅斯濱海邊疆區全部、哈巴羅夫斯克邊疆區東南部，為“三將軍”中轄域最大者。
烏蘭布通 位於克什克騰旗之西，今內蒙古翁牛特旗西南。1690春，準噶爾部噶爾丹率叛軍抵達烏蘭布通，以上萬頭駱駝擺成一條防線，稱為“駝城”，康熙帝聚集十萬之眾一舉擊潰。這就是烏蘭布通之戰。
薩布素 （1629年～1701年），清初寧古塔即黑龍江寧安縣人，滿族鑲黃旗人，姓富察氏。行伍出身。薩布素曆任數十年“忠直無隱”、“家無餘財”。降職後仍率卜魁即齊齊哈爾民眾治理水患。薩布素因積鬱成疾，卒於黑龍江將軍衙門。
費揚古 （1645年～1701年），滿洲正黃旗人。年輕的費揚古在安親王嶽樂帳下效力，因戰功卓著被授予領侍衛內大臣、議政大臣。費揚古不是憑借外戚的身份，而是憑借自己的功績而躋身於政壇。在清王朝抗擊準噶爾部首領噶爾丹的戰爭中，費揚古更是大顯身手。
昭莫多 位於今蒙古國烏蘭巴托南宗英德。“昭莫多”蒙語意為大樹林。清朝康熙帝親征噶爾丹時，清軍曾和準部叛軍激戰於此，清軍取得“昭莫多大捷”。
孫思克 （1628年～1700年），字藎臣，漢軍正白旗人。康熙時期的綠營名將，在平定吳三桂之亂時，立有大功，與張勇、趙良棟、王進寶合稱為“河西四漢將”。
策妄阿拉布坦 蒙古準噶爾汗國大汗。是準噶爾部原首領僧格之長子。1690年，噶爾丹出兵喀爾喀蒙古，策妄阿拉布坦趁此機會發兵占領了原準噶爾領土，將噶爾丹遏製在科布多無法西還。此後，策妄阿拉布坦與康熙皇帝合作，徹底擊敗噶爾丹。
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清康熙皇帝平定厄魯特蒙古準噶爾部噶爾丹叛亂後，於1703年禦製兩通刻碑，用以紀念平叛的勝利，表彰兩寺喇嘛助戰功績。
兩通石碑均用滿、蒙古、藏、漢4種文字銘刻，每碑各建有一座八角攢尖頂式碑亭。碑文表彰兩寺喇嘛功績的文字稍異。
席力圖召的石碑尚存原地；小召的石碑已移存內蒙古博物館內。碑文記載賜予小召的甲胄、寶刀，過去每年春節公開展覽，名為晾甲，屆時傾城出動前往觀賞，今亦由內蒙古博物館收藏。